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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dtw | ||||||
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タイトル | The crystal structure of I38T mutant PA endonuclease (2009/H1N1/CALIFORNIA) in complex with compound SJ001023036 | ||||||
要素 | Protein PA-X | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / NUCLEASE / INFLUENZA / INHIBITOR RESISTANCE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å | ||||||
データ登録者 | Cuypers, M.G. / Slavish, J.P. / Rankovic, Z. / White, S.W. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: Chemical scaffold recycling: Structure-guided conversion of an HIV integrase inhibitor into a potent influenza virus RNA-dependent RNA polymerase inhibitor designed to minimize resistance potential. 著者: Slavish, P.J. / Cuypers, M.G. / Rimmer, M.A. / Abdolvahabi, A. / Jeevan, T. / Kumar, G. / Jarusiewicz, J.A. / Vaithiyalingam, S. / Jones, J.C. / Bowling, J.J. / Price, J.E. / DuBois, R.M. / ...著者: Slavish, P.J. / Cuypers, M.G. / Rimmer, M.A. / Abdolvahabi, A. / Jeevan, T. / Kumar, G. / Jarusiewicz, J.A. / Vaithiyalingam, S. / Jones, J.C. / Bowling, J.J. / Price, J.E. / DuBois, R.M. / Min, J. / Webby, R.J. / Rankovic, Z. / White, S.W. #1: ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: Chemical scaffold recycling: Structure-guided conversion of an HIV integrase inhibitor into a potent influenza virus RNA-dependent RNA polymerase inhibitor designed to minimize resistance potential. 著者: Slavish, P.J. / Cuypers, M.G. / Rimmer, M.A. / Abdolvahabi, A. / Jeevan, T. / Kumar, G. / Jarusiewicz, J.A. / Vaithiyalingam, S. / Jones, J.C. / Bowling, J.J. / Price, J.E. / DuBois, R.M. / ...著者: Slavish, P.J. / Cuypers, M.G. / Rimmer, M.A. / Abdolvahabi, A. / Jeevan, T. / Kumar, G. / Jarusiewicz, J.A. / Vaithiyalingam, S. / Jones, J.C. / Bowling, J.J. / Price, J.E. / DuBois, R.M. / Min, J. / Webby, R.J. / Rankovic, Z. / White, S.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dtw.cif.gz | 111.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dtw.ent.gz | 70.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dtw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dtw_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8dtw_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8dtw_validation.xml.gz | 10.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dtw_validation.cif.gz | 13.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/8dtw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/8dtw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6v6xC 6v9eC 6vbrC 6vg9C 6vivC 6vjhC 6vl3C 6wijC 6wj4C 7k87C 7lm4C 7lw6C 7m0nC 7mpfC 7mtyC 7n47C 7n55C 7n68C 7n8fC 7rkpC 7umrC 7uuhC 8dipC 8dpjC 8e4sC 5vptS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 23136.289 Da / 分子数: 1 / 変異: i38t / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: PA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C6H0Y9 |
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-非ポリマー , 6種, 62分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-TLR / | #4: 化合物 | ChemComp-QQ4 / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MG / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.62 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M HEPES PH 7.8, 1 M AMMONIUM SULFATE, 10 MM MNCL2, 10 MM MGCL2, 0.5% PVP K15 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.33→74.45 Å / Num. obs: 11499 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 68.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 14.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.33→2.41 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1142 / CC1/2: 0.873 / Rpim(I) all: 0.386 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5vpt 解像度: 2.33→44.78 Å / SU ML: 0.4303 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.0949 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 80.93 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.33→44.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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