[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-8dsr: Structure of Plasmepsin X (PM10, PMX) from Plasmodium falciparum ... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8dsr | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of Plasmepsin X (PM10, PMX) from Plasmodium falciparum 3D7 in complex with UCB7362 | ||||||
![]() | Plasmepsin X | ||||||
![]() | HYDROLASE / Plasmepsin X / Plasmodium falciparum / PM10 / PMX | ||||||
Function / homology | ![]() MHC class II antigen presentation / Neutrophil degranulation / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Aspartic endopeptidases / protein autoprocessing / transport vesicle / protein processing / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Abendroth, J. / Lorimer, D.D. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Discovery and Characterization of Potent, Efficacious, Orally Available Antimalarial Plasmepsin X Inhibitors and Preclinical Safety Assessment of UCB7362 . Authors: Lowe, M.A. / Cardenas, A. / Valentin, J.P. / Zhu, Z. / Abendroth, J. / Castro, J.L. / Class, R. / Delaunois, A. / Fleurance, R. / Gerets, H. / Gryshkova, V. / King, L. / Lorimer, D.D. / ...Authors: Lowe, M.A. / Cardenas, A. / Valentin, J.P. / Zhu, Z. / Abendroth, J. / Castro, J.L. / Class, R. / Delaunois, A. / Fleurance, R. / Gerets, H. / Gryshkova, V. / King, L. / Lorimer, D.D. / MacCoss, M. / Rowley, J.H. / Rosseels, M.L. / Royer, L. / Taylor, R.D. / Wong, M. / Zaccheo, O. / Chavan, V.P. / Ghule, G.A. / Tapkir, B.K. / Burrows, J.N. / Duffey, M. / Rottmann, M. / Wittlin, S. / Angulo-Barturen, I. / Jimenez-Diaz, M.B. / Striepen, J. / Fairhurst, K.J. / Yeo, T. / Fidock, D.A. / Cowman, A.F. / Favuzza, P. / Crespo-Fernandez, B. / Gamo, F.J. / Goldberg, D.E. / Soldati-Favre, D. / Laleu, B. / de Haro, T. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 329.5 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 220 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1023.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 33 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7ry7S S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.978551022, -0.0533473445209, -0.198977280552), (-0.0489741413555, -0.998439377323, 0.0268392117709), (-0.200098552773, -0.0165187966437, -0.979636513476)Vector: -12. ...NCS oper: (Code: given Matrix: (0.978551022, -0.0533473445209, -0.198977280552), Vector: |
-
Components
#1: Protein | Mass: 52764.504 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: PlfaA.17789.b.HE11 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q8IAS0, Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Aspartic endopeptidases #2: Chemical | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.9 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9.4 Details: RigakuReagents JCSG A7 optimization screen: 100mM Tris HCl / NaOH pH 9.4, 17.86% PEG 8000: PlfaA.17789.b.HE11.PD38363 at 11.4mg/ml: cryo: 20% EG: tray: 3908603 D3: puck qpu2-2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Apr 18, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: C111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.85→50 Å / Num. obs: 22559 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 3.683 % / Biso Wilson estimate: 68.75 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 0.915 / Net I/σ(I): 12.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: apo structure 7ry7, minus pro domain Resolution: 2.85→47.99 Å / SU ML: 0.4296 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 34.1224 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 78.08 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.85→47.99 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Type: Torsion NCS / Rms dev position: 0.619444188874 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|