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- PDB-8dof: Pseudomonas aeruginosa MurC with WYH9-2-P - OSA_001044 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dof
タイトルPseudomonas aeruginosa MurC with WYH9-2-P - OSA_001044
要素UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
キーワードLIGASE / MurC / WYH9-2-P - OSA_001044 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase / Mur ligase, N-terminal catalytic domain / Mur ligase family, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-T4L / UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Horanyi, P.S. / Wang, Y. / Todd, M.H. / Abendroth, J. / Edwards, T. / Lorimer, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pseudomonas aeruginosa MurC with WYH9-2-P - OSA_001044
著者: Horanyi, P.S. / Wang, Y. / Todd, M.H. / Abendroth, J. / Edwards, T. / Lorimer, D.
履歴
登録2022年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8037
ポリマ－52,0401
非ポリマー7636
水63135
1
A: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子

A: UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,60614
ポリマ－104,0812
非ポリマー1,52612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-1/21
Buried area3090 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area24640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.210, 76.210, 132.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number93
Space group name H-MP4222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-605-

HOH

21A-634-

HOH

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要素

#1: タンパク質 UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine synthetase


分子量: 52040.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: murC, PA4411 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9HW02, UDP-N-acetylmuramate-L-alanine ligase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-T4L / (2R)-2-cyclohexyl-2-[(4-{[5-(propan-2-yl)-1H-pyrazol-3-yl]amino}-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-6-yl)amino]ethan-1-ol


分子量: 384.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H28N8O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.55 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Morpheus II - A5; 30mM Lithium sulfate, 30mM Sodium sulfate, 30mM Potassium sulfate, 100mM 7.5 BES, Triethanolamine (TEA), 15% w/v PEG 3000, 20% v/v 1, 2, 4-Butanetriol, 1% w/v NDSB 256, 2mMcompound

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→38.25 Å / Num. obs: 12656 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.75 % / Biso Wilson estimate: 54.9 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 14.96
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Num. unique obs: 910 / CC1/2: 0.989

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6x9n

6x9n


解像度: 2.6→38.25 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2416 1233 9.76 %
Rwork0.1876 11399 -
obs0.1926 12632 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 110.27 Å2 / Biso mean: 59.1475 Å2 / Biso min: 39.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→38.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2208 0 50 35 2293
Biso mean--64.91 55.24 -
残基数----301
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.70.32071220.252712421364100
2.7-2.830.32371320.234812401372100
2.83-2.980.32881490.227312111360100
2.98-3.160.31431370.23512531390100
3.16-3.410.27691460.211512341380100
3.41-3.750.25211340.183612491383100
3.75-4.290.19811450.17112761421100
4.29-5.40.18821230.158713171440100
5.41-38.250.22061450.17581377152299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.92051.199136.5755-3.77318.66580.2377-0.1931-0.0736-0.21960.03180.86490.6394-1.0187-0.26430.366-0.04930.00030.5252-0.0990.4931-20.099523.7658-13.2399
28.5898-2.0046-2.54891.00881.67322.9644-0.0236-0.0975-0.0837-0.0439-0.05290.04540.1718-0.09740.05330.47180.04370.00710.271-0.00660.37830.546322.1876-14.9644
34.1476-1.51-0.00713.951-0.6724.38080.17580.1276-0.0299-0.1648-0.1725-0.08760.22620.2114-0.01330.36010.09580.03480.3539-0.03160.328415.702123.1533-21.517
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 15 through 99 )A15 - 99
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 100 through 177 )A100 - 177
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 178 through 318 )A178 - 318

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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