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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dnk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human KRAS G12C covalently bound with Taiho WO2020/085493A1 compound 6 | ||||||
要素 | Isoform 2B of GTPase KRas | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Inhibitor / GTPase | ||||||
機能・相同性 | small monomeric GTPase / Ca2+ pathway / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-U50 / Isoform 2B of GTPase KRas 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å | ||||||
データ登録者 | Mohr, C. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Comput.Aided Mol.Des. / 年: 2022 タイトル: Modeling receptor flexibility in the structure-based design of KRAS G12C inhibitors. 著者: Zhu, K. / Li, C. / Wu, K.Y. / Mohr, C. / Li, X. / Lanman, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dnk.cif.gz | 54.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dnk.ent.gz | 35.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dnk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dnk_validation.pdf.gz | 992.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8dnk_full_validation.pdf.gz | 1007.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8dnk_validation.xml.gz | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dnk_validation.cif.gz | 12.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/8dnk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/8dnk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8dniC 8dnjC 6oimS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 21133.867 Da / 分子数: 1 / 変異: C51S,C80L,C118S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: G12C variant / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / Variant: VAR_006839 G12C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116-2, small monomeric GTPase |
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-非ポリマー , 5種, 46分子
#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#3: 化合物 | ChemComp-GDP / |
#4: 化合物 | ChemComp-U50 / |
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.85 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS pH 8.5, 2.0 M Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.99999 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月18日 |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.23→64.48 Å / Num. obs: 12603 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38.4 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.23→2.27 Å / 冗長度: 40.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 627 / CC1/2: 0.757 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6OIM 解像度: 2.23→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 5.7 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 119.75 Å2 / Biso mean: 39.259 Å2 / Biso min: 20.39 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.23→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.231→2.289 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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