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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dnj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human KRAS G12C covalently bound with AstraZeneca WO2020/178282A1 compound 76 | ||||||
要素 | Isoform 2B of GTPase KRas | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Inhibitor / GTPase | ||||||
機能・相同性 | small monomeric GTPase / Ca2+ pathway / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-U4U / Isoform 2B of GTPase KRas 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å | ||||||
データ登録者 | Mohr, C. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Comput.Aided Mol.Des. / 年: 2022 タイトル: Modeling receptor flexibility in the structure-based design of KRAS G12C inhibitors. 著者: Zhu, K. / Li, C. / Wu, K.Y. / Mohr, C. / Li, X. / Lanman, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dnj.cif.gz | 124 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dnj.ent.gz | 93.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dnj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dnj_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8dnj_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8dnj_validation.xml.gz | 23.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dnj_validation.cif.gz | 31.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/8dnj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/8dnj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8dniC 8dnkC 6oimS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21133.867 Da / 分子数: 3 / 変異: C51S,C80L,C118S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: G12C variant / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / Variant: VAR_006839 G12C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116-2, small monomeric GTPase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.58 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.001M MgCl2, 0.1 M MES pH 6.5, 30% PEG 4000, 10% Ethanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.99999 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月18日 |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.81→112.11 Å / Num. obs: 43236 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.948 / Net I/σ(I): 4.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.81→1.84 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1996 / CC1/2: 0.564 / % possible all: 95.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6OIM 解像度: 1.81→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 7.927 / SU ML: 0.214 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 70.31 Å2 / Biso mean: 25.834 Å2 / Biso min: 12.54 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.81→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.81→1.857 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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