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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8djy | ||||||
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タイトル | The N-terminal domain of PA endonuclease from the influenza H1N1 viral polymerase in complex with 6-Bromo-2-(4,5-dihydro-1H-imidazol-2-yl)-3-hydroxypyridin-4(1H)-one | ||||||
要素 | Polymerase acidic protein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / HYDROLASE/INHIBITOR / Drug discovery / metal-binding pharmacophore / isosteres / influenza endonuclease / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / viral RNA genome replication / RNA binding / : / Chem-U3L / Protein PA-X 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Kohlbrand, A.J. / Stokes, R.W. / Karges, J. / Seo, H. / Sankaran, B. / Cohen, S.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2023 タイトル: Carboxylic Acid Isostere Derivatives of Hydroxypyridinones as Core Scaffolds for Influenza Endonuclease Inhibitors. 著者: Stokes, R.W. / Kohlbrand, A.J. / Seo, H. / Sankaran, B. / Karges, J. / Cohen, S.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8djy.cif.gz | 104.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8djy.ent.gz | 69.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8djy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8djy_validation.pdf.gz | 717.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8djy_full_validation.pdf.gz | 719.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8djy_validation.xml.gz | 10.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8djy_validation.cif.gz | 13.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/8djy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/8djy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7v04C 8ctfC 8dalC 8ddbC 8ddeC 8dhnC 8djvC 6e6vS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22424.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/California/04/2009(H1N1) / 遺伝子: PA / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: C6Y817 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-U3L / ( | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.29 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 32% PEG4000, 100 mM Tris, pH 8.35, 200-220 mM sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→44.29 Å / Num. obs: 13372 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.1 % / Biso Wilson estimate: 51.67 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 1.243 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 732 / CC1/2: 0.86 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6E6V 解像度: 2.5→44.29 Å / SU ML: 0.4031 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.7712 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.49 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: B
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