PDB-8djf: Crystal structure of RPA3624, a beta-propeller lactonase from Rho...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8djf

タイトル

Crystal structure of RPA3624, a beta-propeller lactonase from Rhodopseudomonas palustris, with active-site bound tetrahedral intermediate

要素

Gluconolactonase

キーワード

HYDROLASE / gamma-valerolactone

機能・相同性

gluconolactonase / gluconolactonase activity / Senescence marker protein-30 (SMP-30) / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / metal ion binding / (5S)-5-methyloxolane-2,2-diol / Possible gluconolactonase

機能・相同性情報

生物種

Rhodopseudomonas palustris CGA009 (光合成細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Bingman, C.A. / Hall, B.W. / Smith, R.W. / Fox, B.G. / Donohue, T.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: A broad specificity beta-propeller enzyme from Rhodopseudomonas palustris that hydrolyzes many lactones including gamma-valerolactone.
著者: Hall, B.W. / Bingman, C.A. / Fox, B.G. / Noguera, D.R. / Donohue, T.J.

履歴

登録	2022年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年1月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8djf.cif.gz	213.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8djf.ent.gz	141.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8djf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8djf_validation.pdf.gz	822.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8djf_full_validation.pdf.gz	824.3 KB	表示
XML形式データ	8djf_validation.xml.gz	13.3 KB	表示
CIF形式データ	8djf_validation.cif.gz	18.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/8djf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/8djf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7risSC 7rizC 8djzC 8dk0C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (3) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Gluconolactonase

ヘテロ分子

33.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.510, 47.510, 199.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-569- HOH

#1: タンパク質	Gluconolactonase 分子量: 33126.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris CGA009 (光合成細菌) 株: ATCC BAA-98 / CGA009 / 遺伝子: RPA3624 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6N3R9, gluconolactonase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-SGU / (5S)-5-methyloxolane-2,2-diol 分子量: 118.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% PEG3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M NaAcetate pH 4.5, crystals soaked 300 seconds in reservoir supplemented with 20% S-gamma valerolactone

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→38.03 Å / Num. obs: 38815 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.427 % / B_iso Wilson estimate: 33.936 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.08 / R_rim(I) all: 0.084 / Χ²: 0.882 / Net I/σ(I): 13.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.55-1.59	10.46	2.948	1.2	2796	0.643	3.099	99.1
1.59-1.64	10.873	2.316	1.62	2742	0.81	2.429	99.2
1.64-1.68	10.872	1.825	2.1	2644	0.896	1.915	99.4
1.68-1.74	10.829	1.312	2.87	2567	0.928	1.377	99.5
1.74-1.79	10.871	0.901	3.85	2538	0.961	0.945	99.5
1.79-1.86	10.91	0.624	5.17	2435	0.979	0.655	99.6
1.86-1.93	10.861	0.435	7.06	2369	0.989	0.457	99.6
1.93-2	10.812	0.279	9.31	2287	0.994	0.293	99.7
2-2.09	10.713	0.218	11.48	2185	0.996	0.229	99.8
2.09-2.2	10.69	0.159	14.65	2089	0.996	0.168	99.7
2.2-2.31	10.366	0.142	16.77	2000	0.996	0.15	99.7
2.31-2.46	10.459	0.116	19.53	1912	0.996	0.122	100
2.46-2.62	10.263	0.095	21.8	1820	0.997	0.1	100
2.62-2.84	10.046	0.079	25.52	1680	0.997	0.083	99.9
2.84-3.11	9.766	0.066	29.86	1540	0.997	0.07	99.6
3.11-3.47	9.363	0.056	32.57	1430	0.997	0.06	100
3.47-4.01	9.224	0.051	34.84	1279	0.998	0.054	100
4.01-4.91	9.388	0.045	36.93	1090	0.999	0.047	99.7
4.91-6.94	8.939	0.046	35.37	888	0.998	0.049	99.8
6.94-38.03	7.781	0.042	33.09	524	0.997	0.045	96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1-4487	精密化
XDS	VERSION Feb 5, 2021	データ削減
XSCALE	VERSION Feb 5, 2021	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7ris

7ris

解像度: 1.55→38.03 Å / SU ML: 0.1727 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.8056
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2115	2998	7.75 %
R_work	0.1781	35667	-
obs	0.1806	38665	99.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→38.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2178	0	10	120	2308

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0096	2267
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0583	3088
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0663	338
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0117	409
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.5315	834

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.58	0.3601	139	0.3503	1643	X-RAY DIFFRACTION	98.78
1.58-1.61	0.2962	137	0.3113	1638	X-RAY DIFFRACTION	98.83
1.61-1.63	0.3601	142	0.2938	1681	X-RAY DIFFRACTION	98.49
1.63-1.67	0.2929	134	0.2687	1627	X-RAY DIFFRACTION	98.99
1.67-1.7	0.2827	142	0.2607	1697	X-RAY DIFFRACTION	99.24
1.7-1.74	0.2747	133	0.2205	1642	X-RAY DIFFRACTION	99.27
1.74-1.78	0.2941	140	0.2258	1674	X-RAY DIFFRACTION	99.34
1.78-1.82	0.2241	143	0.1972	1712	X-RAY DIFFRACTION	99.46
1.82-1.87	0.2527	138	0.1995	1652	X-RAY DIFFRACTION	99.39
1.87-1.93	0.2981	141	0.206	1676	X-RAY DIFFRACTION	99.45
1.93-1.99	0.2301	142	0.1798	1685	X-RAY DIFFRACTION	99.29
1.99-2.06	0.2201	144	0.177	1703	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.06-2.14	0.2038	141	0.1736	1664	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.14-2.24	0.2352	137	0.1767	1694	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.24-2.36	0.231	143	0.1813	1708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.51	0.2085	147	0.1832	1732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.7	0.2087	144	0.1726	1688	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.7-2.97	0.2372	150	0.1886	1754	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.97-3.4	0.2015	145	0.167	1754	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.4-4.28	0.195	153	0.1562	1765	X-RAY DIFFRACTION	99.9
4.29-38.03	0.1693	163	0.1601	1878	X-RAY DIFFRACTION	99.22

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.05849811209	-0.605546833664	-0.471622449929	2.5244556408	0.228752031853	2.54546350065	0.0572816910722	-0.110120678203	0.0980886859422	0.00156498971885	-0.000858823379465	-0.473661540029	-0.0106980975517	0.629750647436	-0.00280431676154	0.265590121472	0.0407977689071	0.0423919865171	0.347019222224	0.0435902673099	0.331793195833	23.837705887	8.98574760407	-19.4857354929
2	1.29704142645	-0.0821078571599	-1.16486678685	1.9833867288	0.454915698054	3.57956799671	-0.0279360270436	0.0826543129812	-0.0645751992635	-0.0335798269876	-0.147952513515	0.118913017697	0.330234032544	-0.289543410684	-0.00113232985411	0.243582842334	0.0167981102576	0.0329750397587	0.231828263352	-0.0195564858449	0.242839693021	8.08175613431	6.14148351522	-15.9199628385

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 124 )	2 - 124	1 - 116
2	2	chain 'A' and (resid 125 through 309 )	125 - 309	117 - 293

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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