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- PDB-8djf: Crystal structure of RPA3624, a beta-propeller lactonase from Rho... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8djf | ||||||
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Title | Crystal structure of RPA3624, a beta-propeller lactonase from Rhodopseudomonas palustris, with active-site bound tetrahedral intermediate | ||||||
![]() | Gluconolactonase | ||||||
![]() | HYDROLASE / gamma-valerolactone | ||||||
Function / homology | gluconolactonase / gluconolactonase activity / Senescence marker protein-30 (SMP-30) / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / metal ion binding / (5S)-5-methyloxolane-2,2-diol / Possible gluconolactonase![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bingman, C.A. / Hall, B.W. / Smith, R.W. / Fox, B.G. / Donohue, T.J. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: A broad specificity beta-propeller enzyme from Rhodopseudomonas palustris that hydrolyzes many lactones including gamma-valerolactone. Authors: Hall, B.W. / Bingman, C.A. / Fox, B.G. / Noguera, D.R. / Donohue, T.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 213.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 141.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 822.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 824.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 18.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7risSC ![]() 7rizC ![]() 8djzC ![]() 8dk0C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 33126.734 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC BAA-98 / CGA009 / Gene: RPA3624 / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-CA / |
#3: Chemical | ChemComp-NA / |
#4: Chemical | ChemComp-SGU / ( |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.96 Å3/Da / Density % sol: 37.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 20% PEG3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M NaAcetate pH 4.5, crystals soaked 300 seconds in reservoir supplemented with 20% S-gamma valerolactone |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Nov 10, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.55→38.03 Å / Num. obs: 38815 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 10.427 % / Biso Wilson estimate: 33.936 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 0.882 / Net I/σ(I): 13.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7ris Resolution: 1.55→38.03 Å / SU ML: 0.1727 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.8056 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 37.69 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→38.03 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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