PDB-8dg6: Scaffold Hopping via Ring Opening Enables Identification of Acycl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dg6

タイトル

Scaffold Hopping via Ring Opening Enables Identification of Acyclic Compounds as New Complement Factor D Inhibitors

要素

Complement factor D

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / serine protease inhibitor complex / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

complement factor D / Alternative complement activation / complement activation / complement activation, alternative pathway / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / response to bacterium / Platelet degranulation / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.986 Å

データ登録者

Raman, K. / Babu, Y.S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Scaffold hopping via ring opening enables identification of acyclic compounds as new complement Factor D inhibitors.
著者: Zhang, W. / Wu, M. / Vadlakonda, S. / Juarez, L. / Cheng, X. / Muppa, S. / Chintareddy, V. / Vogeti, L. / Kellogg-Yelder, D. / Williams, J. / Polach, K. / Chen, X. / Raman, K. / Babu, Y.S. / Kotian, P.

履歴

登録	2022年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dg6.cif.gz	59.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dg6.ent.gz	40 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dg6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8dg6_validation.pdf.gz	793.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dg6_full_validation.pdf.gz	795.3 KB	表示
XML形式データ	8dg6_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	8dg6_validation.cif.gz	14.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/8dg6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/8dg6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8d95C 8deaC 1dicS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Complement factor D

ヘテロ分子

24.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: none

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.507, 44.955, 63.417
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.312, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Complement factor D / Adipsin / C3 convertase activator / Properdin factor D 分子量: 24438.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFD, DF, PFD / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 器官 (発現宿主): kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): embroyonic / 参照: UniProt: P00746, complement factor D
#2: 化合物	ChemComp-S7X / 1-{2-[(2S)-2-{[(3-chloro-2-fluorophenyl)methyl]carbamoyl}pyrrolidin-1-yl]-2-oxoethyl}-1H-indazole-3-carboxamide 分子量: 457.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₁ClFN₅O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.93 % / 解説: rods
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 / 詳細: peg4k 20-30% / PH範囲: 5.8-6.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 150 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 12847 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.916 / CC star: 0.978 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.044 / R_sym value: 0.087 / Χ²: 0.937 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 1.98→2.05 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 1138 / CC_1/2: 0.916 / CC star: 0.978 / R_pim(I) all: 0.16 / % possible all: 87.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0350	精密化
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1dic

1dic

解像度: 1.986→37.218 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 4.593 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.192 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2512	662	5.167 %
R_work	0.1974	12149	-
all	0.2	-	-
obs	-	12811	98.199 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.135 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.027 Å²	-0 Å²	-0.02 Å²
2-	-	0.06 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.044 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.986→37.218 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1595	0	32	87	1714

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	1664
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1521
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.428	1.632	2269
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.485	1.554	3540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.97	5	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	16.386	9.474	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.77	10	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.359	10	67
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	253
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	309
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	317
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	1465
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	789
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	929
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.152	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.212	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.962	2.476	844
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.96	2.476	844
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.794	3.698	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.794	3.699	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.895	2.865	820
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.894	2.865	821
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.412	4.142	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.41	4.141	1222
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.44	35.063	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.418	35.029	1796

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.986-2.037	0.268	42	0.195	775	0.198	953	0.955	0.977	85.7293	0.171
2.037-2.093	0.276	61	0.208	817	0.213	919	0.952	0.973	95.5386	0.188
2.093-2.153	0.278	40	0.224	857	0.226	918	0.956	0.968	97.7124	0.205
2.153-2.219	0.291	49	0.202	802	0.207	859	0.954	0.974	99.0687	0.185
2.219-2.292	0.212	37	0.181	831	0.183	874	0.973	0.98	99.3135	0.17
2.292-2.372	0.271	38	0.194	781	0.197	824	0.953	0.977	99.3932	0.178
2.372-2.461	0.289	36	0.215	745	0.218	782	0.955	0.972	99.8721	0.203
2.461-2.561	0.236	36	0.206	750	0.208	787	0.965	0.974	99.8729	0.195
2.561-2.674	0.306	32	0.197	695	0.201	730	0.952	0.977	99.589	0.191
2.674-2.804	0.213	45	0.194	653	0.195	700	0.974	0.978	99.7143	0.186
2.804-2.955	0.279	30	0.209	639	0.212	671	0.943	0.973	99.7019	0.207
2.955-3.133	0.254	36	0.227	609	0.229	646	0.952	0.968	99.8452	0.23
3.133-3.347	0.287	35	0.222	571	0.226	610	0.944	0.97	99.3443	0.233
3.347-3.613	0.251	33	0.215	512	0.217	545	0.964	0.971	100	0.221
3.613-3.954	0.236	18	0.184	506	0.185	524	0.966	0.979	100	0.204
3.954-4.415	0.257	30	0.164	438	0.169	469	0.97	0.983	99.7868	0.186
4.415-5.086	0.241	12	0.159	403	0.162	415	0.971	0.986	100	0.183
5.086-6.2	0.265	19	0.196	343	0.199	363	0.977	0.98	99.7245	0.219
6.2-8.649	0.192	24	0.199	258	0.198	282	0.973	0.981	100	0.223
8.649-37.218	0.132	9	0.197	164	0.194	174	0.971	0.967	99.4253	0.232

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