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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ddb | ||||||
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タイトル | The N-terminal domain of PA endonuclease from the influenza H1N1 viral polymerase in complex with 4-(benzyloxy)-6-bromo-3-hydroxypicolinic acid | ||||||
![]() | Polymerase acidic protein | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / HYDROLASE/INHIBITOR / Drug discovery / metal-binding pharmacophore / isosteres / influenza endonuclease / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kohlbrand, A.J. / Stokes, R.W. / Karges, J. / Seo, H. / Sankaran, B. / Cohen, S.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Carboxylic Acid Isostere Derivatives of Hydroxypyridinones as Core Scaffolds for Influenza Endonuclease Inhibitors. 著者: Stokes, R.W. / Kohlbrand, A.J. / Seo, H. / Sankaran, B. / Karges, J. / Cohen, S.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 113.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 471 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 473.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7v04C ![]() 8ctfC ![]() 8dalC ![]() 8ddeC ![]() 8dhnC ![]() 8djvC ![]() 8djyC ![]() 6e6vS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 22367.428 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: swl A/California/04/2009 H1N1 / 遺伝子: PA / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: C3W5S0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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-非ポリマー , 5種, 85分子 ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/R6X.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/R6X.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACT / | #4: 化合物 | ChemComp-R6X / | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.74 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 32% PEG4000, 100 mM Tris, pH 8.35, 200-220 mM sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→66.05 Å / Num. obs: 21524 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25 % / Biso Wilson estimate: 53.93 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/av σ(I): 25.6 / Net I/σ(I): 25.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / Rmerge(I) obs: 1.288 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 1158 / CC1/2: 0.876 / Rpim(I) all: 0.4 / Rrim(I) all: 1.314 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6E6V 解像度: 2.15→58.02 Å / SU ML: 0.284 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.424 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70.49 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→58.02 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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