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万見
- PDB-8db9: Adenosine/guanosine nucleoside hydrolase bound to inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8db9
タイトルAdenosine/guanosine nucleoside hydrolase bound to inhibitor
要素Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / Nucleoside / Hydrolase / Adenosine / Guanosine / Parasitic / Inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


purine nucleosidase activity / purine nucleoside catabolic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase domain / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase / Ribonucleoside hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R1Y / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Muellers, S.N. / Allen, K.N. / Stockman, B.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R15AI128585 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: Structure-Guided Insight into the Specificity and Mechanism of a Parasitic Nucleoside Hydrolase.
著者: Muellers, S.N. / Nyitray, M.M. / Reynarowych, N. / Saljanin, E. / Benzie, A.L. / Schoenfeld, A.R. / Stockman, B.J. / Allen, K.N.
履歴
登録2022年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein
B: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein
C: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein
D: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,79511
ポリマ－133,9054
非ポリマー8907
水00
1
A: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein
B: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein
C: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein
ヘテロ分子

D: Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,79511
ポリマ－133,9054
非ポリマー8907
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area46260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.406, 75.382, 88.856
Angle α, β, γ (deg.)65.466, 80.791, 87.323
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質
Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family protein


分子量: 33476.336 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_213720 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2EYV3
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-R1Y / 1-beta-D-ribofuranosyl-1H-1,2,4-triazole-3-carboximidamide / ビラミジン


分子量: 243.220 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13N5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗ウイルス剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.26 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 25% PEG-3350, and 0.1 M Bis-tris, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→38.13 Å / Num. obs: 23552 / % possible obs: 87.89 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 61.28 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.192 / Rpim(I) all: 0.105 / Rrim(I) all: 0.22 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.89→2.993 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2425 / CC1/2: 0.408 / Rpim(I) all: 0.738 / Rrim(I) all: 0.149 / % possible all: 88.09

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold model

解像度: 2.89→38.13 Å / SU ML: 0.587 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 39.3732
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3411 1358 5.87 %
Rwork0.2604 21787 -
obs0.265 23145 88.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→38.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9352 0 55 0 9407
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01059600
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.252713053
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07081484
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00671705
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.22693498
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.89-2.990.41751300.34592207X-RAY DIFFRACTION88.09
2.99-3.110.41551400.34782111X-RAY DIFFRACTION87.08
3.11-3.250.38181350.32382203X-RAY DIFFRACTION88.69
3.25-3.430.39321300.33882099X-RAY DIFFRACTION84.08
3.43-3.640.44991330.33452168X-RAY DIFFRACTION87.79
3.64-3.920.39851340.30892111X-RAY DIFFRACTION85.3
3.92-4.320.35021340.24792162X-RAY DIFFRACTION87.77
4.32-4.940.28281410.21632267X-RAY DIFFRACTION90.73
4.94-6.220.3421380.24532220X-RAY DIFFRACTION90.17
6.22-38.130.24111430.17322239X-RAY DIFFRACTION90.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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