PDB-8d3k: Crystal structure of human Apoptosis-Inducing Factor (AIF) comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8d3k

タイトル

Crystal structure of human Apoptosis-Inducing Factor (AIF) complexed with 8-fluoro-2-methylquinolin-4-amine

要素

(Apoptosis-inducing factor 1, ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / mitochondrial import / oxidative phosphorylation / SAXS

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; その他が電子受容体 / regulation of apoptotic DNA fragmentation / mitochondrial respiratory chain complex assembly / NAD(P)H oxidase H2O2-forming activity / poly-ADP-D-ribose binding / cellular response to aldosterone / positive regulation of necroptotic process / protein import into mitochondrial intermembrane space / chromosome condensation / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Brosey, C.A. / Tainer, J.A.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	R35 CA220430	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	P01 CA092584	米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)	RP180813	米国

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Chemical screening by time-resolved X-ray scattering to discover allosteric probes.
著者: Brosey, C.A. / Link, T.M. / Shen, R. / Moiani, D. / Burnett, K. / Hura, G.L. / Jones, D.E. / Tainer, J.A.

履歴

登録	2022年6月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8d3k.ent.gz	411.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8d3k_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8d3k_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8d3k_validation.xml.gz	33.9 KB	表示
CIF形式データ	8d3k_validation.cif.gz	47.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/8d3k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/8d3k	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8d3eC 8d3gC 8d3hC 8d3iC 8d3jC 8d3nC 8d3oC 4bv6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (3) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

B: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

ヘテロ分子

121 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS
60.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
60.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	91.389, 115.024, 124.121
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 128 through 152 or resid 154...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 128 through 152 or resid 154...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	ALA	ALA	A	2 - 26
d_1	2	ens_1	ASP	LYS	A	29 - 67
d_1	3	ens_1	GLY	LYS	A	71 - 128
d_1	4	ens_1	LEU	ALA	A	130 - 382
d_1	5	ens_1	GLY	GLN	A	384 - 438
d_1	6	ens_1	C11	C11	B
d_2	1	ens_1	ALA	ALA	C	1 - 25
d_2	2	ens_1	ASP	SER	C	27 - 55
d_2	3	ens_1	PRO	LYS	C	58 - 125
d_2	4	ens_1	LEU	GLY	C	127 - 182
d_2	5	ens_1	SER	HIS	C	185 - 432
d_2	6	ens_1	VAL	GLN	C	435 - 438
d_2	7	ens_1	C11	C11	D

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.530070383182, -0.845638696056, -0.0626145718284), (-0.847649611898, 0.530410951393, 0.0124240931509), (0.0227051606828, 0.0596608613267, -0.997960448767)ベクター: ...

-
Apoptosis-inducing factor 1, ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial / Programmed cell death protein 8 分子量: 59502.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIFM1, AIF, PDCD8 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 参照: UniProt: O95831, 酸化還元酵素; その他が電子受容体
#2: タンパク質	Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial / Programmed cell death protein 8 分子量: 59486.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIFM1, AIF, PDCD8 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 参照: UniProt: O95831, 酸化還元酵素; その他が電子受容体

#1: タンパク質

Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial / Programmed cell death protein 8

分子量: 59502.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIFM1, AIF, PDCD8 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2
参照: UniProt: O95831, 酸化還元酵素; その他が電子受容体

#2: タンパク質

Apoptosis-inducing factor 1, mitochondrial / Programmed cell death protein 8

分子量: 59486.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIFM1, AIF, PDCD8 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2
参照: UniProt: O95831, 酸化還元酵素; その他が電子受容体

-
非ポリマー , 5種, 255分子

#3: 化合物	ChemComp-QC6 / 8-fluoro-2-methylquinolin-4-amine 分子量: 176.190 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₉FN₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.9 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 0.36 M Li2SO4, 25-26% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→124.12 Å / Num. obs: 58766 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 42.22 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.076 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 21.6
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 0.707 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 4468 / CC_1/2: 0.939 / R_pim(I) all: 0.199 / R_rim(I) all: 0.735 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BV6

4bv6

解像度: 2.3→71.55 Å / SU ML: 0.2383 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.4856
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2197	2957	5.04 %
R_work	0.1893	55730	-
obs	0.1909	58687	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→71.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6543	0	161	245	6949

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0026	6853
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5993	9320
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0511	1049
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0035	1179
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.8948	2390

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.888377043016 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.34	0.2564	130	0.2287	2613	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.34-2.38	0.2502	124	0.2174	2612	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.38-2.42	0.2585	139	0.218	2620	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.42-2.47	0.2614	134	0.2329	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.47-2.52	0.2668	129	0.2156	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.52-2.57	0.2848	128	0.2069	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.57-2.63	0.2371	126	0.195	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.63-2.7	0.2376	119	0.2029	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.7-2.77	0.2336	126	0.1947	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.77-2.85	0.2598	139	0.1989	2615	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.85-2.95	0.2265	160	0.2102	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.95-3.05	0.2481	157	0.2155	2616	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.05-3.17	0.2585	144	0.2264	2626	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.17-3.32	0.26	156	0.2053	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.32-3.49	0.2335	147	0.1977	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.49-3.71	0.2377	131	0.1911	2669	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.71-4	0.2095	158	0.1777	2646	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4-4.4	0.1826	133	0.1468	2695	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.4-5.04	0.1652	159	0.1405	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
5.04-6.34	0.188	140	0.186	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
6.35-71.55	0.2148	178	0.2052	2834	X-RAY DIFFRACTION	99.67

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.78317196601	0.61337071529	-0.174702573931	3.07246336489	1.15173608095	1.63198838684	-0.00417932941122	0.0466657568576	-0.0153650577107	0.0200806454921	0.184364427897	-0.737921064619	-0.114517602055	0.131806808937	-0.162627943097	0.268648573645	-0.000342959622764	-0.022279031332	0.290440925077	-0.0595920482413	0.423421360733	50.6246229056	3.79553608576	23.6156449739
2	1.24695780517	-0.446800852793	-0.0665808765361	2.76288745147	1.68764625595	1.32517463865	-0.00658677783828	0.117271900794	0.092753578501	-0.184914813897	0.111358129834	-0.596481227736	-0.143512628508	0.0750258295567	-0.0816656233962	0.350481279963	-0.0309368715065	0.0806581810243	0.380135400553	0.00617528265351	0.369601295264	47.7642277863	5.62453074606	17.5793029909
3	2.89615973518	-0.379093729105	-0.840997775637	3.27016047549	0.200272376446	1.57927654741	-0.048995494828	-0.0755923510409	0.197891548593	-0.0857228845405	0.0957835733481	-0.122184306156	-0.12339489574	0.169473303427	-0.0609670467978	0.410272512405	-0.049333298373	0.0193477590386	0.325468571851	-0.0210237019367	0.479918388816	45.5246638245	30.3811989864	29.7452902677
4	1.65733448896	1.13338836224	0.173871033581	2.91916578008	0.0504913021776	0.951557626401	0.000671864863732	0.017513707815	0.156842426109	0.054514634868	0.0426690166965	-0.000813556306077	-0.0935694896977	-0.0280364679433	-0.0387344339768	0.335121937301	0.0296056431651	-0.0388799882801	0.347540140241	-0.0206516097987	0.247485708598	35.9835380251	12.3413012521	25.8764021364
5	2.82913858198	-0.792791685438	1.11294605674	3.22043977613	0.787022541876	4.14891746559	0.101548030938	-0.250579987013	-0.00496911589004	0.215987808902	0.00449583465437	0.529640722758	-0.00760662593502	-0.461551438722	-0.0908227817996	0.489397956087	-0.0328526682057	0.0796650379664	0.512179422194	0.06781606885	0.427426732791	33.5123056332	15.3826144386	48.4557606678
6	0.399119687933	0.149528021248	0.405943395615	1.5503145957	-2.14800442448	4.09639535117	-0.46740864059	-0.256089269295	0.418918304452	-0.527917454347	0.133365627202	0.454436903307	-0.504098324477	0.433035046008	0.316345738638	0.95774126349	0.441949189547	-0.177027054471	1.69495553406	0.115407455034	0.63232279643	27.7157508964	26.4795159335	49.9165133626
7	3.84084952798	-0.871373169105	0.269123898146	2.15259518022	-0.692535809394	0.72917327088	0.108230732432	-0.271209764786	-0.793892413375	0.0465389824193	-0.0108647194169	0.24113494083	0.106695286339	-0.0702154760822	-0.107050390809	0.37320522925	-0.019267601581	0.00782034464582	0.408629230328	0.0766742542369	0.4721607159	6.08861435111	-19.0438489843	27.6384594796
8	2.14372769207	-0.435617830833	-0.709944860753	4.39769306546	0.161924692406	1.82273480285	0.0692361627369	-0.153895790392	0.0248240150963	-0.0600330228598	0.092375613998	0.746924119473	-0.0203797558578	0.0306359653117	-0.162795905961	0.327890386316	-0.00297427781866	0.0162855161403	0.448232857969	0.0716109248833	0.615476184573	-14.041528187	-4.60207141503	21.6185625544
9	3.33883724141	-0.0688561526635	0.3760495129	1.59075428768	-0.154862735948	0.341416827647	0.0684900561513	-0.0132067779411	0.11197102193	0.0576138232085	0.0202661258809	0.308628826277	-0.0161698839417	0.0493136116654	-0.0801734745721	0.336055656291	0.00694492621216	-0.0133314497064	0.335276116764	0.011596408763	0.293233585211	2.69728052772	-2.11429235717	20.0316129215
10	2.49775753148	0.0231753120591	0.205167507473	2.41098530906	0.688638901369	2.49913590675	0.304460908755	-0.0936269870787	0.200891850472	-0.13518979073	-0.0966080700459	0.00990675844694	-0.387772630762	0.141229991818	-0.218881377572	0.647793490418	-0.0831005378883	0.0323633778867	0.561657218801	-0.0354274401895	0.378347521925	3.26172109962	0.612080182859	-1.51249230596
11	2.01058083344	0.495102783031	-1.48502233204	7.40690272352	-3.67351095436	3.7562428251	0.915467949633	0.961633898046	0.404356464165	-0.364248482724	-0.0213448167913	0.587045198405	-0.207063139605	-0.218637201382	-0.851683041633	1.07464711884	0.139819674529	-0.0676559513445	0.834926072588	0.00166172254356	0.779906650837	-4.80665545583	9.54794540084	-4.65121025786

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 127 through 190 )	A	A	127 - 190	1 - 63
2	2	chain 'A' and (resid 191 through 279 )	A	A	191 - 279	64 - 152
3	3	chain 'A' and (resid 280 through 368 )	A	A	280 - 368	153 - 241
4	4	chain 'A' and (resid 369 through 489 )	A	A	369 - 489	242 - 362
5	5	chain 'A' and (resid 490 through 611 )	A	A	490 - 611	363 - 434
6	6	chain 'A' and (resid 616 through 619 )	A	A	616 - 619	435 - 438
7	7	chain 'B' and (resid 128 through 279 )	B	C	128 - 279	1 - 149
8	8	chain 'B' and (resid 280 through 345 )	B	C	280 - 345	150 - 217
9	9	chain 'B' and (resid 346 through 490 )	B	C	346 - 490	218 - 362
10	10	chain 'B' and (resid 491 through 611 )	B	C	491 - 611	363 - 432
11	11	chain 'B' and (resid 614 through 619 )	B	C	614 - 619	433 - 438

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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