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万見
- PDB-8cie: Crystal structure of the human CDKL5 kinase domain with compound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cie
タイトルCrystal structure of the human CDKL5 kinase domain with compound YL-354
要素Cyclin-dependent kinase-like 5
キーワードTRANSFERASE / KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cilium assembly / regulation of dendrite development / ciliary tip / positive regulation of dendrite morphogenesis / regulation of postsynapse organization / positive regulation of dendritic spine development / dendritic growth cone / postsynaptic density, intracellular component / positive regulation of axon extension / cyclin-dependent kinase ...regulation of cilium assembly / regulation of dendrite development / ciliary tip / positive regulation of dendrite morphogenesis / regulation of postsynapse organization / positive regulation of dendritic spine development / dendritic growth cone / postsynaptic density, intracellular component / positive regulation of axon extension / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / dendrite cytoplasm / ciliary basal body / positive regulation of GTPase activity / neuron migration / modulation of chemical synaptic transmission / small GTPase binding / kinase activity / protein autophosphorylation / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / glutamatergic synapse / perinuclear region of cytoplasm / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-US0 / Cyclin-dependent kinase-like 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Richardson, W. / Chen, X. / Newman, J.A. / Bakshi, S. / Lakshminarayana, B. / Brooke, L. / Bullock, A.N.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiative875510 スイス
引用ジャーナル: Acs Chem Neurosci / 年: 2023
タイトル: Discovery of a Potent and Selective CDKL5/GSK3 Chemical Probe That Is Neuroprotective.
著者: Ong, H.W. / Liang, Y. / Richardson, W. / Lowry, E.R. / Wells, C.I. / Chen, X. / Silvestre, M. / Dempster, K. / Silvaroli, J.A. / Smith, J.L. / Wichterle, H. / Pabla, N.S. / Ultanir, S.K. / ...著者: Ong, H.W. / Liang, Y. / Richardson, W. / Lowry, E.R. / Wells, C.I. / Chen, X. / Silvestre, M. / Dempster, K. / Silvaroli, J.A. / Smith, J.L. / Wichterle, H. / Pabla, N.S. / Ultanir, S.K. / Bullock, A.N. / Drewry, D.H. / Axtman, A.D.
履歴
登録2023年2月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase-like 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6773
ポリマ－35,2321
非ポリマー4452
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area13060 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)88.660, 88.660, 131.513
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Space group name HallP6c2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z
#10: -y,-x,-z+1/2
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase-like 5 / Serine/threonine-protein kinase 9


分子量: 35231.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDKL5, STK9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O76039, cyclin-dependent kinase
#2: 化合物 ChemComp-US0 / 4-[[3,5-bis(fluoranyl)phenyl]carbonylamino]-~{N}-piperidin-4-yl-1~{H}-pyrazole-3-carboxamide


分子量: 349.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17F2N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M tri-sodium citrate, 1.1 M lithium sulfate, 0.4 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→44.33 Å / Num. obs: 16108 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 39 % / Biso Wilson estimate: 38.31 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Num. unique obs: 759 / CC1/2: 0.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→44.33 Å / SU ML: 0.3558 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 35.3313 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3098 786 4.89 %
Rwork0.2876 15285 -
obs0.2887 16071 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→44.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2193 0 30 37 2260
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00542270
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90393080
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0572346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065395
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.20181377
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.340.37881220.36462473X-RAY DIFFRACTION99.16
2.34-2.520.33741530.34962450X-RAY DIFFRACTION99.73
2.52-2.770.32021330.33522505X-RAY DIFFRACTION99.77
2.77-3.170.35411180.32672539X-RAY DIFFRACTION99.89
3.17-40.32341390.26892557X-RAY DIFFRACTION100
4-44.330.2581210.25072761X-RAY DIFFRACTION99.65
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.460229103461.02230459653-4.764974739078.867456988640.3823139449847.23032626023-0.731325932099-1.07225073856-0.4769470551550.2233868267540.134909537839-0.5392337283661.079717606610.7483496348360.595307224290.503595519810.02177938576260.1671522332410.4522351406850.04921266668870.34844840708226.758208025321.14138119618.66823548659
2-0.0292937714353-0.747922346226-0.9716935818072.489476347432.822345782874.52317176975-0.9298535129280.0246136073959-0.712750761024-0.692781494004-0.1847186133230.5059511360161.39557257106-0.03116060907970.8450365758681.245754418490.09295937287620.3549804726660.4618611774570.0003842896401840.77434780318225.67509968239.55776717096-1.96602125574
32.04923968413-2.371882032163.014540059055.30790770021-2.643204317954.87832164486-0.532495071684-0.354162974862-0.6094876373610.0302299000809-0.102942248319-0.2689362813581.688663370481.479712098430.6041296317850.7106505292960.2189943344240.1820106970590.5380018544430.07399370630080.48527664270832.611203721716.3482177396-0.66524600595
44.989363041310.602467762644-1.332940378522.48738746755-2.458951394627.23624447515-0.0877204795109-0.4036608783710.23161976043-0.0742545702955-0.0600531946857-0.3069065003320.02271189418580.8492460306910.1935993477550.296907947489-0.0731007760870.04663956535640.256702439178-0.001478486645280.23820209461928.136087592627.9841471674-13.6656167641
55.34275746007-1.71564530652-2.527226325772.742270276640.2991627463834.99813347139-0.69014671556-0.537861069892-1.06451498574-0.0773093688029-0.08549698114750.3949658103671.720183961810.1220916627780.5041630290170.911465508022-0.04211659558730.249194582430.2538458502830.0503290316060.46947998356823.002303997917.2860795164-10.228769552
62.08020294383-0.806537351409-0.2231372464214.565393134390.7574323713417.6655955841-0.3536812971790.458294579779-0.313625378551-0.2580522962980.1741806342790.2615718447270.698438018081-1.8762887540.1917270947440.609653297072-0.3307803652930.08423501012330.538409988249-0.1513625846410.39359184729113.187454924523.9191790747-20.4310016493
72.687310570920.3253304337670.9410449224321.858665837580.06405214387060.2709601097620.05928274304880.649117586116-0.197028208957-0.5365903587140.3473791422850.668984842140.877278866395-1.88051061482-0.1565449194940.934939081376-0.749533899904-0.07776849797771.20558945214-0.07009191414170.5419201745215.4393058703422.8165896181-28.5992702155
84.239751639590.6450747726561.000882940935.56556470547-0.09280972736543.31345880783-0.3641193225060.430310870438-0.300512728915-0.4839323657390.239346940935-0.3525764967470.4314748748920.06392592498610.1273229923650.514497185971-0.115221272350.1501709195580.276461718758-0.03626094552460.3824100942128.085633944626.9978398299-27.74946786
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 14 through 38 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 39 through 67 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 68 through 91 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 92 through 130 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 131 through 172 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 173 through 228 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 229 through 262 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 263 through 304 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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