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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cgs | ||||||
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タイトル | Crystal structure of arsenite oxidase from Alcaligenes faecalis (Af Aio) bound to antimony oxyanion | ||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE / arsenite oxidase / molybdenum cofactor / MGD / arsenic oxyanion / antimony oxyanion | ||||||
機能・相同性 | ![]() arsenate reductase (azurin) / arsenate reductase (azurin) activity / oxidoreductase complex / molybdopterin cofactor binding / cellular respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Engrola, F. / Correia, M.A.S. / Romao, M.J. / Santos-Silva, T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Arsenite oxidase in complex with antimonite and arsenite oxyanions: Insights into the catalytic mechanism. 著者: Engrola, F. / Correia, M.A.S. / Watson, C. / Romao, C.C. / Veiros, L.F. / Romao, M.J. / Santos-Silva, T. / Santini, J.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 842.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 672.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 167.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 247.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ccqC ![]() 8cffC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH
#1: タンパク質 | 分子量: 92032.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: aioA, aoxB, asoA / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 14190.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 16種, 3382分子 ![](data/chem/img/MGD.gif)
![](data/chem/img/O.gif)
![](data/chem/img/4MO.gif)
![](data/chem/img/F3S.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/UJI.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/O.gif)
![](data/chem/img/4MO.gif)
![](data/chem/img/F3S.gif)
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![](data/chem/img/CL.gif)
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![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-MGD / #4: 化合物 | ChemComp-O / #5: 化合物 | ChemComp-4MO / #6: 化合物 | ChemComp-F3S / #7: 化合物 | ChemComp-PEG / #8: 化合物 | ChemComp-ACT / #9: 化合物 | ChemComp-PO4 / #10: 化合物 | ChemComp-UJI / #11: 化合物 | ChemComp-CL / #12: 化合物 | ChemComp-GOL / #13: 化合物 | #14: 化合物 | ChemComp-FES / #15: 化合物 | #16: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #17: 化合物 | ChemComp-NA / | #18: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.18 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 15% v/v PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 5.5 and 0.2 M ammonium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.84→48.47 Å / Num. obs: 365490 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 4.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.84→1.87 Å / Num. unique obs: 17998 / CC1/2: 0.848 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.392 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.84→116.27 Å
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拘束条件 |
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