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- PDB-8ces: Crystal structure of monkeypox virus methyltransferase VP39 in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ces
タイトルCrystal structure of monkeypox virus methyltransferase VP39 in complex with inhibitor TO500
要素Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase
キーワードVIRAL PROTEIN / viral / methyltransferase / vp39 / monkeypox / mpox / capping / enzyme / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mRNA 3'-end processing / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / methylation / methyltransferase cap1 / methyltransferase cap1 activity
類似検索 - 分子機能
mRNA methyltransferase-like / Poxvirus/kinetoplastid-type cap-specific nucleoside 2-O-methyltransferase / Poxvirus cap-specific nucleoside 2-O-methyltransferase / Poly A polymerase regulatory subunit / Poxvirus/kinetoplastid-type ribose 2'-O-methyltransferase (EC 2.1.1.57) family profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UH2 / Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Klima, M. / Silhan, J. / Boura, E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Discovery and structural characterization of monkeypox virus methyltransferase VP39 inhibitors reveal similarities to SARS-CoV-2 nsp14 methyltransferase.
著者: Silhan, J. / Klima, M. / Otava, T. / Skvara, P. / Chalupska, D. / Chalupsky, K. / Kozic, J. / Nencka, R. / Boura, E.
履歴
登録2023年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase
B: Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9464
ポリマ－71,8992
非ポリマー1,0472
水75742
1
A: Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4732
ポリマ－35,9491
非ポリマー5241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4732
ポリマ－35,9491
非ポリマー5241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.606, 84.055, 154.054
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase


分子量: 35949.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
遺伝子: PAPS, MPXV-M2940_FCT-085, MPXV-M2957_Lagos-085, MPXV-M3021_Delta-085, MPXV-M5312_HM12_Rivers-085, MPXV-M5320_M15_Bayelsa-078, MPXV-Nig_SEV71_2_82-080, MPXV-Singapore-085, MPXV-UK_P1-085, ...遺伝子: PAPS, MPXV-M2940_FCT-085, MPXV-M2957_Lagos-085, MPXV-M3021_Delta-085, MPXV-M5312_HM12_Rivers-085, MPXV-M5320_M15_Bayelsa-078, MPXV-Nig_SEV71_2_82-080, MPXV-Singapore-085, MPXV-UK_P1-085, MPXV-UK_P2-085, MPXV-UK_P3-085, MPXV-W_Nigeria-080, MPXV297957_076, MPXV298464_067, PDLMKLCO_00090
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F6N8X1, methyltransferase cap1
#2: 化合物 ChemComp-UH2 / (2~{S})-2-azanyl-4-[[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[4-azanyl-5-[2-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)ethynyl]pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylsulfanyl]butanoic acid


分子量: 523.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H25N7O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.06 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200 mM lithium citrate, 14.5% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.93 Å / Num. obs: 22141 / % possible obs: 91.12 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 37.9 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1896 / Rpim(I) all: 0.08119 / Rrim(I) all: 0.207 / Net I/σ(I): 8.47
反射 シェル解像度: 2.5→2.589 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.239 / Mean I/σ(I) obs: 1.27 / Num. unique obs: 1864 / CC1/2: 0.558 / CC star: 0.846 / Rpim(I) all: 0.5534 / Rrim(I) all: 1.365 / % possible all: 78.45

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSxdsapp v3.0データ削減
XDSxdsapp v3.0データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9.6モデル構築
PHENIX1.20_4459精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→48.93 Å / SU ML: 0.3733 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.7717
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2818 1094 5.01 %random selection
Rwork0.2358 20746 --
obs0.238 21840 91.14 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4548 0 74 42 4664
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00464750
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69246450
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0449713
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063817
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.85351780
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.610.39731170.30592218X-RAY DIFFRACTION79.26
2.61-2.750.38191220.31522306X-RAY DIFFRACTION82.14
2.75-2.920.35951300.26682455X-RAY DIFFRACTION88.44
2.92-3.150.28121380.262637X-RAY DIFFRACTION94.16
3.15-3.470.32261440.27532734X-RAY DIFFRACTION96.35
3.47-3.970.32761380.28152611X-RAY DIFFRACTION91.48
3.97-50.21191480.16892814X-RAY DIFFRACTION98.44
5-48.930.22111570.19072971X-RAY DIFFRACTION98.15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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