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万見
- PDB-8cc4: LasB bound to phosphonic acid based inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cc4
タイトルLasB bound to phosphonic acid based inhibitor
要素Elastase
キーワードHYDROLASE / LasB / (4-methyl-1-oxo-1-((4-(trifluoromethyl)phenyl)amino)pentan-2-yl)phosphonic acid inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pseudolysin / protein transport by the Sec complex / protein secretion by the type II secretion system / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / single-species biofilm formation / metalloendopeptidase activity / endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain / Fungalysin/Thermolysin Propeptide Motif / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-U7F / Elastase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Mueller, R. / Sikandar, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2023
タイトル: Inhibitors of the Elastase LasB for the Treatment of Pseudomonas aeruginosa Lung Infections.
著者: Konstantinovic, J. / Kany, A.M. / Alhayek, A. / Abdelsamie, A.S. / Sikandar, A. / Voos, K. / Yao, Y. / Andreas, A. / Shafiei, R. / Loretz, B. / Schonauer, E. / Bals, R. / Brandstetter, H. / ...著者: Konstantinovic, J. / Kany, A.M. / Alhayek, A. / Abdelsamie, A.S. / Sikandar, A. / Voos, K. / Yao, Y. / Andreas, A. / Shafiei, R. / Loretz, B. / Schonauer, E. / Bals, R. / Brandstetter, H. / Hartmann, R.W. / Ducho, C. / Lehr, C.M. / Beisswenger, C. / Muller, R. / Rox, K. / Haupenthal, J. / Hirsch, A.K.H.
履歴
登録2023年1月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elastase
B: Elastase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2418
ポリマ－66,3512
非ポリマー8896
水97354
1
A: Elastase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6204
ポリマ－33,1761
非ポリマー4453
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Elastase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6204
ポリマ－33,1761
非ポリマー4453
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.404, 77.114, 152.205
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Elastase / Neutral metalloproteinase / PAE / Pseudolysin / LasB


分子量: 33175.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: lasB, PA3724 / 発現宿主: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: P14756, pseudolysin
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-U7F / [(2~{R})-4-methyl-1-oxidanylidene-1-[[4-(trifluoromethyl)phenyl]amino]pentan-2-yl]phosphonic acid


分子量: 339.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H17F3NO4P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 0.1 M Tris-Cl pH 8.5, and 1.6 Ammonium sulfate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→44.4 Å / Num. obs: 14190 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rpim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.598 / Num. unique obs: 1888 / CC1/2: 0.864 / Rpim(I) all: 0.242

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.1_4122: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→44.4 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2605 686 4.84 %
Rwork0.2033 --
obs0.206 14159 94.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→44.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4629 0 48 54 4731
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074797
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7636508
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.458684
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047649
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.014862
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.910.30741400.24642687X-RAY DIFFRACTION96
2.91-3.20.34371460.24292702X-RAY DIFFRACTION96
3.2-3.660.26071360.2072676X-RAY DIFFRACTION95
3.66-4.610.22761260.16912671X-RAY DIFFRACTION93
4.62-44.40.23041380.19642737X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4086-0.72960.5151.79-0.06532.0976-0.0559-0.5535-0.13330.31590.1047-0.06060.0306-0.0873-0.06770.29640.0264-0.00040.26450.0160.223916.56838.440420.0266
22.3265-0.98170.3362.34440.32032.45850.09970.02530.02830.3389-0.0346-0.04750.0976-0.0047-0.08380.2509-0.02320.010.2060.00680.25344.137513.90358.7433
31.9973-0.65310.52761.6088-0.63310.5522-0.04190.25540.2313-0.0497-0.01450.08360.08790.2384-0.02220.25970.00980.01490.24080.00930.24957.056517.5199-0.3173
42.0964-0.24220.88731.43680.12292.76810.01880.07760.2812-0.2520.0470.2524-0.3999-0.3106-0.05450.38620.0576-0.02470.32990.05170.2984-5.973224.57990.7852
51.91950.29250.66084.4405-1.37712.6832-0.43950.029-0.2091-0.56790.19710.17180.4268-0.13250.01520.3654-0.04930.04820.2775-0.14870.4033-3.514834.231329.8335
63.59270.7650.40761.8620.17622.1125-0.3661-0.4154-0.98030.24380.2227-0.10270.0762-0.05470.01480.47490.020.15590.470.1070.50375.137828.463940.097
74.3012-0.5924-0.38441.655-0.37971.9688-0.2836-0.51120.03150.16010.21120.02920.1690.1080.12830.32780.00220.0120.3219-0.02370.26149.352237.475834.3882
84.3444-0.9942-0.92321.5221-1.26371.91010.0421-0.64130.22340.14680.08050.03190.01940.3529-0.00070.36450.0298-0.03220.2354-0.10790.276221.599441.556529.6287
94.21282.72160.86425.59180.82892.22120.010.09070.99820.3651-0.14830.8-0.1433-0.02370.12290.2532-0.0009-0.02870.3299-0.02720.358416.446941.882522.0907
103.0625-0.0241-0.59741.41751.03582.8349-0.25160.13770.2058-0.18650.2267-0.0145-0.19920.27280.06980.3041-0.0242-0.00940.2846-0.0070.245416.248348.322218.6198
113.14711.26130.58864.19571.69484.35630.02620.37040.0831-0.460.2726-0.63010.07990.844-0.26630.2667-0.01410.06840.3613-0.01520.381631.289742.45116.4528
123.27591.83860.05997.30051.29692.8895-0.16171.00720.0681-1.04570.32920.0088-0.29780.6504-0.22160.4858-0.08440.04280.56480.11490.27726.505545.87898.1122
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 134 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 135 through 179 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 180 through 257 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 258 through 298 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 17 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 18 through 61 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 62 through 134 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 135 through 156 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 157 through 179 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 180 through 257 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 258 through 279 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 280 through 298 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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