PDB-8c3b: X-ray structure of RNase A upon reaction with a Ruthenium(II)-are...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8c3b

タイトル

X-ray structure of RNase A upon reaction with a Ruthenium(II)-arene Complexed with Glycosylated Carbene Ligands (5)

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / ruthenium / carbene / protein binding

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.24 Å

データ登録者

Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ruthenium(II)-arene Complexes with Glycosylated Carbene Ligands: Synthesis, Characterization, Antiproliferative Activity, In Solution and Crystallographic Evidences of Macromolecule Binding
著者: Annunziata, A. / Cucciolito, M.E. / Di Ronza, M. / Ferraro, G. / Hadiji, M. / Merlino, A. / Scopelliti, R. / Ruffo, F. / Dyson, P.

履歴

登録	2022年12月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8c3b.cif.gz	75.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8c3b.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8c3b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8c3b_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8c3b_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8c3b_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	8c3b_validation.cif.gz	23.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/8c3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/8c3b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8c39C 1jvtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

AAA: Ribonuclease pancreatic

BBB: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

28.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.740, 32.920, 72.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.008, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	BBB-427- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease

-
非ポリマー , 5種, 326分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-R6U / (1,3-dimethylimidazol-1-ium-2-yl)-tris(oxidanyl)ruthenium 分子量: 248.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁N₂O₃Ru / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-T9L / (1,3-dimethylimidazol-1-ium-2-yl)-tetrakis(oxidanyl)ruthenium 分子量: 265.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂N₂O₄Ru / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-T9U / (1,3-dimethyl-2~{H}-imidazol-2-yl)-oxidanyl-oxidanylidene-ruthenium 分子量: 231.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀N₂O₂Ru / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: 22% PEG4k, 10 mM sodium citrate pH 5.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.24→72.63 Å / Num. obs: 59589 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 21.7
反射シェル	解像度: 1.37→1.39 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.863 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2458 / CC_1/2: 0.763 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1jvt

1jvt

解像度: 1.24→72.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 1.127 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.061 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2269	2940	4.934 %
R_work	0.1916	56649	-
all	0.193	-	-
obs	-	59589	87.982 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.745 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.026 Å²	-0 Å²	-0.066 Å²
2-	-	0.078 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.052 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.24→72.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1902	0	38	322	2262

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	2096
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1832
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.795	1.665	2845
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.508	1.59	4260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.198	5	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.095	24.369	103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.214	15	361
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.328	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	281
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2503
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	475
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.237	0.2	411
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	1695
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	989
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	964
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	188
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.107	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.176	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.219	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.025	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.533	2.587	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.533	2.587	1054
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.966	3.872	1338
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.965	3.872	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.998	2.812	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.946	2.806	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.629	4.091	1507
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.591	4.082	1466
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.783	31.846	2366
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.66	31.083	2269

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.389-1.434	0.317	236	0.279	4175	X-RAY DIFFRACTION	98.7022
1.434-1.485	0.274	221	0.249	4022	X-RAY DIFFRACTION	98.8123
1.485-1.541	0.269	203	0.241	3855	X-RAY DIFFRACTION	99.0723
1.541-1.603	0.242	236	0.222	3771	X-RAY DIFFRACTION	99.1586
1.603-1.675	0.228	171	0.204	3604	X-RAY DIFFRACTION	99.4206
1.675-1.756	0.246	179	0.203	3503	X-RAY DIFFRACTION	99.2988
1.756-1.851	0.225	161	0.201	3308	X-RAY DIFFRACTION	99.4838
1.851-1.964	0.241	151	0.197	3146	X-RAY DIFFRACTION	99.3372
1.964-2.099	0.223	149	0.191	2948	X-RAY DIFFRACTION	99.7102
2.099-2.267	0.202	124	0.185	2775	X-RAY DIFFRACTION	99.4511
2.267-2.483	0.229	138	0.18	2514	X-RAY DIFFRACTION	99.6243
2.483-2.776	0.226	137	0.182	2275	X-RAY DIFFRACTION	99.2184
2.776-3.205	0.216	95	0.177	2065	X-RAY DIFFRACTION	99.631
3.205-3.923	0.205	93	0.163	1733	X-RAY DIFFRACTION	99.1852
3.923-5.54	0.186	64	0.149	1350	X-RAY DIFFRACTION	98.5366

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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