PDB-8c39: X-ray structure of HEWL upon reaction with a Ruthenium(II)-arene ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8c39

タイトル

X-ray structure of HEWL upon reaction with a Ruthenium(II)-arene Complexed with Glycosylated Carbene Ligands (5)

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / ruthenium / carbene / protein binding

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ruthenium(II)-arene Complexes with Glycosylated Carbene Ligands: Synthesis, Characterization, Antiproliferative Activity, In Solution and Crystallographic Evidences of Macromolecule Binding
著者: Annunziata, A. / Cucciolito, M.E. / Di Ronza, M. / Ferraro, G. / Hadiji, M. / Merlino, A. / Scopelliti, R. / Ruffo, F. / Dyson, P.

履歴

登録	2022年12月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8c39.cif.gz	51.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8c39.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8c39.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8c39_validation.pdf.gz	794 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8c39_full_validation.pdf.gz	795.2 KB	表示
XML形式データ	8c39_validation.xml.gz	10.5 KB	表示
CIF形式データ	8c39_validation.cif.gz	15.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/8c39 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/8c39	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8c3bC 193lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Lysozyme

ヘテロ分子

15.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.430, 77.430, 37.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-211- NO3
2	1	AAA-211- NO3
3	1	AAA-328- HOH
4	1	AAA-360- HOH
5	1	AAA-472- HOH
6	1	AAA-474- HOH
7	1	AAA-476- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Lysozyme 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698

-
非ポリマー , 5種, 190分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-T8K / [1-[(3R,4S,5R,6R)-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]-3-methyl-imidazol-1-ium-2-yl]-nitrooxy-tris(oxidanyl)ruthenium / (4'~{R},6'~{S},7'~{S})-17'-fluoranyl-4',6'-dimethyl-13'-[(4~{S})-4-methyl-2-oxidanylidene-1,3-oxazolidin-3-yl]spiro[1,3-diazinane-5,8'-5,15-dioxa-2,14-diazatetracyclo[8.7.0.0^{2,7}.0^{12,16}]heptadeca-1(17),10,12(16),13-tetraene]-2,4,6-trione 分子量: 458.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₉N₃O₁₁Ru / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 20% ethylene glycol, 0.1 M sodium acetate buffer at pH 4.0, 0.6 M sodium nitrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→34.63 Å / Num. obs: 37300 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 37.7
反射シェル	解像度: 1.2→1.21 Å / 冗長度: 15 % / R_merge(I) obs: 1.789 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1825 / CC_1/2: 0.832 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 193L

193l

解像度: 1.2→34.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 0.837 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.055 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2212	1804	5.08 %
R_work	0.1791	33707	-
all	0.181	-	-
obs	-	35511	97.006 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.694 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.035 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.035 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→34.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	68	176	1245

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	1186
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.845	1.65	1601
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.589	1.602	2378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.343	5	147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.636	20.143	70
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.455	15	192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.725	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	142
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1429
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	318
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	281
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	954
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	530
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	481
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.208	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.105	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.221	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.264	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.687	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.549	1.706	566
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.527	1.705	566
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.249	2.571	721
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.257	2.575	722
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.643	2.102	619
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.326	2.013	563
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.783	3.027	880
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.646	2.915	818
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.873	22.028	1413
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.603	20.949	1356

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.231-1.265	0.307	119	0.26	2135	X-RAY DIFFRACTION	86.9263
1.265-1.302	0.298	113	0.252	2267	X-RAY DIFFRACTION	94.9721
1.302-1.342	0.288	126	0.252	2310	X-RAY DIFFRACTION	99.2261
1.342-1.386	0.29	119	0.24	2265	X-RAY DIFFRACTION	99.9581
1.386-1.434	0.307	117	0.225	2186	X-RAY DIFFRACTION	100
1.434-1.488	0.263	97	0.222	2129	X-RAY DIFFRACTION	99.9551
1.488-1.549	0.248	110	0.211	2050	X-RAY DIFFRACTION	99.9537
1.549-1.618	0.25	110	0.194	1942	X-RAY DIFFRACTION	100
1.618-1.697	0.211	111	0.186	1865	X-RAY DIFFRACTION	99.8989
1.697-1.788	0.228	102	0.187	1785	X-RAY DIFFRACTION	99.947
1.788-1.897	0.257	86	0.183	1715	X-RAY DIFFRACTION	99.9445
1.897-2.027	0.206	83	0.177	1594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.027-2.19	0.225	71	0.162	1508	X-RAY DIFFRACTION	99.8735
2.19-2.398	0.181	71	0.15	1401	X-RAY DIFFRACTION	100
2.398-2.681	0.171	63	0.158	1262	X-RAY DIFFRACTION	100
2.681-3.094	0.194	63	0.152	1131	X-RAY DIFFRACTION	100
3.094-3.787	0.197	50	0.153	967	X-RAY DIFFRACTION	100
3.787-5.342	0.184	37	0.148	775	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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