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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8c0z | ||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of a tungsten-containing aldehyde oxidoreductase from Aromatoleum aromaticum | ||||||||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE / Tungsten-containing enzyme / nanowires. | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Oxidoreductases; Acting on the aldehyde or oxo group of donors; With an iron-sulfur protein as acceptor / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, iron-sulfur protein as acceptor / iron-sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å | ||||||||||||
![]() | Winiarska, A. / Ramirez-Amador, F. / Hege, D. / Gemmecker, Y. / Prinz, S. / Hochberg, G. / Heider, J. / Szaleniec, M. / Schuller, J.M. | ||||||||||||
資金援助 | European Union, ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A bacterial tungsten-containing aldehyde oxidoreductase forms an enzymatic decorated protein nanowire. 著者: Agnieszka Winiarska / Fidel Ramírez-Amador / Dominik Hege / Yvonne Gemmecker / Simone Prinz / Georg Hochberg / Johann Heider / Maciej Szaleniec / Jan Michael Schuller / ![]() ![]() 要旨: Aldehyde oxidoreductases (AORs) are tungsten enzymes catalyzing the oxidation of many different aldehydes to the corresponding carboxylic acids. In contrast to other known AORs, the enzyme from the ...Aldehyde oxidoreductases (AORs) are tungsten enzymes catalyzing the oxidation of many different aldehydes to the corresponding carboxylic acids. In contrast to other known AORs, the enzyme from the denitrifying betaproteobacterium (AOR) consists of three different subunits (AorABC) and uses nicotinamide adenine dinucleotide (NAD) as an electron acceptor. Here, we reveal that the enzyme forms filaments of repeating AorAB protomers that are capped by a single NAD-binding AorC subunit, based on solving its structure via cryo-electron microscopy. The polyferredoxin-like subunit AorA oligomerizes to an electron-conducting nanowire that is decorated with enzymatically active and W-cofactor (W-co) containing AorB subunits. Our structure further reveals the binding mode of the native substrate benzoate in the AorB active site. This, together with quantum mechanics:molecular mechanics (QM:MM)-based modeling for the coordination of the W-co, enables formulation of a hypothetical catalytic mechanism that paves the way to further engineering for applications in synthetic biology and biotechnology. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 345.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 277.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 16376MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 3種, 5分子 ABCFE
#1: タンパク質 | 分子量: 65954.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ebA5005 / 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: Q5P143, Oxidoreductases; Acting on the aldehyde or oxo group of donors; With an iron-sulfur protein as acceptor #2: タンパク質 | 分子量: 20524.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: AorA (chain C,F in the model) is fused to a N-terminal Twin-Strep-tag (two Strep-tags linked by a glycin/serin peptide) for purification purposes. 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ebA5004 / 発現宿主: ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 45798.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: TM0395, ebA5007 / 発現宿主: ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 17分子 ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/T7R.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/BEZ.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/T7R.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/BEZ.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-SF4 / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-FAD / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Tungsten-containing aldehyde oxidoreductase from Aromatoleum aromaticum タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.304 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 15 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 実像数: 896 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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画像処理 |
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CTF補正 |
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粒子像の選択 |
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対称性 |
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3次元再構成 |
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精密化 | 最高解像度: 3.22 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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