PDB-8bw4: PanDDA analysis -- Crystal Structure of PHIP in complex with Z198...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bw4

タイトル

PanDDA analysis -- Crystal Structure of PHIP in complex with Z198194396 synthetic derivative

要素

PH-interacting protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / brodomain / automated chemistry / reaction product

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of cell morphogenesis / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / RHOBTB2 GTPase cycle / cytoskeleton organization / positive regulation of mitotic nuclear division / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of protein phosphorylation / lysine-acetylated histone binding / insulin receptor binding / insulin receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Grosjean, H. / Aimon, A. / Hassell-Hart, S. / Bradshaw, W.J. / Krojer, T. / Talon, R. / Douangamath, A. / Koekemoer, L. / Biggin, P.C. / Spencer, J. / von Delft, F.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: PanDDA analysis -- Crystal Structure of PHIP in complex with Z198194396 synthetic derivative
著者: Grosjean, H. / Aimon, A. / Hassell-Hart, S. / Bradshaw, W.J. / Krojer, T. / Talon, R. / Douangamath, A. / Koekemoer, L. / Biggin, P.C. / Spencer, J. / von Delft, F.

履歴

登録	2022年12月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2022年12月21日	ID: 5S9I
改定 1.0	2022年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bw4.cif.gz	92.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bw4.ent.gz	53.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bw4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8bw4_validation.pdf.gz	649.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8bw4_full_validation.pdf.gz	650.7 KB	表示
XML形式データ	8bw4_validation.xml.gz	8.9 KB	表示
CIF形式データ	8bw4_validation.cif.gz	12.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/8bw4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/8bw4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bw2C 8bw3C 7av9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PH-interacting protein

ヘテロ分子

18 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Biological assembly 1 assigned by authors and generated by PISA (software)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.789, 27.009, 55.563
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.944, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	PH-interacting protein / PHIP / DDB1- and CUL4-associated factor 14 / IRS-1 PH domain-binding protein / WD repeat-containing protein 11 分子量: 17627.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHIP, DCAF14, WDR11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WWQ0
#2: 化合物	ChemComp-Y3S / (2R)-4-(3-fluoranylthiophen-2-yl)carbonyl-N-(4-methoxyphenyl)-2-methyl-piperazine-1-carboxamide 分子量: 377.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₀FN₃O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 28.03 %
結晶化	温度: 277.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 20% PEG 8000, 0.04M POTASSIUM PHOSPHATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9127 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9127 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→40.28 Å / Num. obs: 17568 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3 % / CC_1/2: 0.96 / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 863 / CC_1/2: 0.544

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7AV9

7av9

解像度: 1.55→40.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.865 / SU B: 9.725 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.134 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3161	1078	6.139 %
R_work	0.2346	16483	-
all	0.239	-	-
obs	-	17561	99.024 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.628 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.42 Å²	0 Å²	0.566 Å²
2-	-	0.672 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.216 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→40.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	990	0	26	150	1166

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.016	920
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.389	1.671	1406
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.514	1.562	2151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.334	5	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.338	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.978	10	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.676	10	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1189
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	219
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.249	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	876
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.2	533
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.07	0.2	535
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.085	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.249	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.301	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.801	1.753	475
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.797	1.751	475
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.508	2.648	592
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.506	2.65	593
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.825	2.42	566
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.821	2.421	567
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.701	3.46	814
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.698	3.475	815
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.454	42.502	1349
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.898	39.168	1301
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.371	3	1961

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.59	0.384	72	0.354	1220	X-RAY DIFFRACTION	98.1017
1.59-1.634	0.373	89	0.319	1129	X-RAY DIFFRACTION	98.7835
1.634-1.681	0.362	69	0.275	1159	X-RAY DIFFRACTION	99.6753
1.681-1.733	0.323	71	0.268	1118	X-RAY DIFFRACTION	99.8321
1.733-1.789	0.356	61	0.276	1093	X-RAY DIFFRACTION	98.886
1.789-1.852	0.346	66	0.248	1019	X-RAY DIFFRACTION	97.7477
1.852-1.922	0.442	83	0.306	992	X-RAY DIFFRACTION	97.8162
1.922-2	0.331	64	0.281	952	X-RAY DIFFRACTION	99.1219
2-2.089	0.339	87	0.241	914	X-RAY DIFFRACTION	99.0109
2.089-2.19	0.26	56	0.191	890	X-RAY DIFFRACTION	99.789
2.19-2.309	0.311	57	0.203	846	X-RAY DIFFRACTION	98.7965
2.309-2.448	0.297	52	0.222	818	X-RAY DIFFRACTION	99.3151
2.448-2.616	0.267	49	0.286	764	X-RAY DIFFRACTION	99.7546
2.616-2.825	0.376	46	0.24	705	X-RAY DIFFRACTION	99.6021
2.825-3.093	0.315	33	0.206	675	X-RAY DIFFRACTION	99.4382
3.093-3.456	0.207	28	0.2	610	X-RAY DIFFRACTION	99.2224
3.456-3.985	0.303	35	0.196	531	X-RAY DIFFRACTION	98.6063
3.985-4.869	0.247	23	0.176	465	X-RAY DIFFRACTION	99.7955
4.869-6.837	0.378	25	0.215	361	X-RAY DIFFRACTION	99.2288
6.837-40.28	0.176	12	0.195	222	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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