PDB-8bvd: FimH lectin domain in complex with mannose C-linked to quinoline

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bvd

タイトル

FimH lectin domain in complex with mannose C-linked to quinoline

要素

Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin

キーワード

CELL ADHESION / Type-1 fimbriae / Escherichia coli / FimH / Adhesin / Lectin / Anti-adhesives / C-linked mannose

機能・相同性

機能・相同性情報

pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / cell adhesion
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli UTI89 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.995 Å

データ登録者

Bouckaert, J. / Bridot, C.

資金援助

フランス,

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: Pharmaceutics / 年: 2023
タイトル: Insightful Improvement in the Design of Potent Uropathogenic E. coli FimH Antagonists.
著者: Mousavifar, L. / Sarshar, M. / Bridot, C. / Scribano, D. / Ambrosi, C. / Palamara, A.T. / Vergoten, G. / Roubinet, B. / Landemarre, L. / Bouckaert, J. / Roy, R.

履歴

登録	2022年12月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bvd.cif.gz	144.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bvd.ent.gz	110.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bvd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/8bvd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/8bvd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5abz
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin

B: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin

C: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin

D: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin

ヘテロ分子

69 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance, The assembly is one chain with one ligand.
17.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	151.784, 151.784, 225.034
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-322- HOH
2	1	B-382- HOH
3	1	C-328- HOH
4	1	D-316- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 1 / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 158 / Label seq-ID: 1 - 158

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2
5	3	3
6	3	3
7	4	4
8	4	4
9	5	5
10	5	5
11	6	6
12	6	6

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin / Protein FimH 分子量: 16916.828 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli UTI89 (大腸菌) / 株: UTI89 / 遺伝子: fimH, b4320, JW4283 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P08191
#2: 化合物	ChemComp-RLO / (2R,3S,4R,5S,6R)-2-(hydroxymethyl)-6-[(E)-3-quinolin-6-ylprop-2-enyl]oxane-3,4,5-triol / (2R,3S,4R,5S,6R)-2-(hydroxymethyl)-6-((E)-3-(quinolin-6-yl)allyl)tetrahydro-2H-pyran-3,4,5-triol 分子量: 331.363 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₁NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 77.75 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 3.0M NaCl and 0.1M BIS-TRIS at pH=5.5 / PH範囲: 5.25 - 5.75

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978565 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978565 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.995→49.732 Å / Num. obs: 31057 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 39.4 % / CC_1/2: 0.996 / R_rim(I) all: 0.464 / Net I/σ(I): 12.41
反射シェル	解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 40.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.37 / Num. unique obs: 4900 / CC_1/2: 0.615 / R_rim(I) all: 3.422 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.995→49.732 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.881 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.83 / WR_factor R_free: 0.243 / WR_factor R_work: 0.206 / SU B: 17.437 / SU ML: 0.302 / Average fsc free: 0.9258 / Average fsc work: 0.9484 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.669 / ESU R Free: 0.41 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3034	1439	4.974 %	RANDOM
R_work	0.2512	27492	-	-
all	0.254	-	-	-
obs	-	28931	91.874 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.611 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.117 Å²	-0.059 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.117 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.381 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.995→49.732 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4784	0	96	224	5104

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.011	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.01	0.016	4388
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.387	1.669	6888
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.506	1.568	10208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.665	5	628
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.735	5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.291	10	672
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.377	10	204
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	808
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5680
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	996
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	929
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	4288
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	2359
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	2730
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.227	0.2	204
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.091	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.118	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.251	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.2	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.497	5.873	2524
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.494	5.873	2524
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.352	8.766	3148
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.35	8.768	3149
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.698	5.816	2484
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.697	5.815	2485
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.264	8.65	3740
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.264	8.65	3741
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.972	69.583	5355
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.971	69.577	5356
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.145	0.05	4519
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.138	0.05	4639
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.119	0.05	4804
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.14	0.05	4638
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.15	0.05	4555
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.122	0.05	4739

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14491	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14491	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13789	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13789	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11854	0.05009
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11854	0.05009
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13999	0.05009
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13999	0.05009
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15045	0.05008
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15045	0.05008
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12229	0.05009
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12229	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.995-3.073	0.35	34	0.315	756	0.316	2255	0.915	0.93	35.0333	0.291
3.073-3.157	0.415	75	0.34	1465	0.344	2237	0.894	0.914	68.8422	0.317
3.157-3.248	0.469	101	0.325	1912	0.331	2139	0.85	0.923	94.1094	0.295
3.248-3.348	0.389	105	0.284	1992	0.29	2099	0.896	0.939	99.9047	0.248
3.348-3.457	0.415	100	0.341	1895	0.345	2045	0.876	0.915	97.555	0.296
3.457-3.577	0.362	97	0.29	1854	0.293	1960	0.919	0.942	99.5408	0.256
3.577-3.712	0.352	92	0.34	1737	0.341	1916	0.925	0.919	95.4593	0.298
3.712-3.862	0.317	92	0.267	1748	0.269	1840	0.926	0.952	100	0.233
3.862-4.033	0.349	82	0.304	1583	0.306	1767	0.919	0.938	94.2275	0.256
4.033-4.229	0.25	85	0.202	1617	0.205	1702	0.956	0.974	100	0.174
4.229-4.456	0.266	81	0.191	1544	0.195	1625	0.957	0.976	100	0.165
4.456-4.723	0.235	77	0.19	1456	0.193	1533	0.967	0.977	100	0.165
4.723-5.046	0.211	73	0.186	1383	0.187	1456	0.973	0.978	100	0.16
5.046-5.446	0.206	68	0.196	1292	0.197	1360	0.974	0.974	100	0.171
5.446-5.959	0.273	63	0.219	1192	0.221	1255	0.946	0.966	100	0.192
5.959-6.65	0.313	58	0.236	1104	0.24	1162	0.928	0.961	100	0.205
6.65-7.656	0.264	51	0.23	979	0.232	1030	0.96	0.964	100	0.202
7.656-9.322	0.277	45	0.23	852	0.232	897	0.95	0.965	100	0.212
9.322-12.957	0.281	36	0.224	687	0.227	723	0.942	0.962	100	0.208
12.957-49.732	0.294	24	0.298	444	0.298	468	0.923	0.94	100	0.279

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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