PDB-8bth: Notum Inhibitor ARUK3004552

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8bth

タイトル

Notum Inhibitor ARUK3004552

要素

Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor Notum

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-containing complex destabilizing activity / [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase / protein depalmitoleylation / palmitoleyl hydrolase activity / Release of Hh-Np from the secreting cell / C-type glycerophospholipase activity / regulation of bone mineralization / negative regulation of Wnt signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Zhao, Y. / Jones, E.Y. / Fish, P.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Designed switch from covalent to non-covalent inhibitors of carboxylesterase Notum activity.
著者: Atkinson, B.N. / Willis, N.J. / Zhao, Y. / Patel, C. / Frew, S. / Costelloe, K. / Magno, L. / Svensson, F. / Jones, E.Y. / Fish, P.V.

履歴

登録	2022年11月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model / Item: _pdbx_initial_refinement_model.source_name
改定 1.2	2023年6月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8bth.cif.gz	165.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8bth.ent.gz	128 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8bth.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/8bth ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/8bth	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8bspC 8bsqC 8bsrC 8bszC 8bt0C 8bt2C 8bt5C 8bt7C 8bt8C 8btaC 8btcC 8bteC 8btiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM

ヘテロ分子

44.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.760, 71.860, 78.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質

Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM / hNOTUM

分子量: 43567.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NOTUM, OK/SW-CL.30 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q6P988, [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 134分子

#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-RJ0 / 1-(2,3-dihydroindol-1-yl)prop-2-en-1-one / 1-アクリロイルインドリン分子量: 173.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₁NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.06 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.5 M Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Citrate, pH4.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→47.45 Å / Num. obs: 83289 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / Num. unique obs: 4076 / CC_1/2: 0.352

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→47.45 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2126	4031	4.85 %
R_work	0.1835	-	-
obs	0.1849	83189	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→47.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2840	0	72	123	3035

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2994
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.786	4070
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.976	1082
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	431
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	517

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.32	0.3571	156	0.3307	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
1.32-1.33	0.3504	129	0.3042	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
1.33-1.35	0.3207	148	0.283	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.35-1.37	0.3091	153	0.2734	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.37-1.38	0.2716	142	0.2524	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
1.38-1.4	0.3085	127	0.2486	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4-1.43	0.2855	146	0.232	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.45	0.2324	136	0.2141	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.47	0.2592	154	0.2028	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.5	0.2392	145	0.1936	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.52	0.1965	138	0.1885	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.55	0.2391	115	0.1632	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.58	0.2425	139	0.1645	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.62	0.2095	132	0.1661	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
1.62-1.66	0.1976	138	0.1594	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.7	0.2063	137	0.1549	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.74	0.2115	129	0.1516	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.8	0.1751	164	0.145	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.85	0.19	141	0.1452	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.92	0.1871	124	0.1504	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-2	0.1985	126	0.1535	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.09	0.1886	130	0.1585	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.2	0.176	136	0.1599	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.34	0.1818	146	0.171	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.52	0.2101	140	0.178	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.77	0.2171	125	0.1958	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-3.17	0.2249	148	0.1986	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.99	0.1994	158	0.1913	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
3.99-47.45	0.2275	129	0.1887	2972	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

-
非ポリマー , 5種, 134分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

-非ポリマー , 5種, 134分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

-
非ポリマー , 5種, 134分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)