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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bt7 | ||||||
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タイトル | Notum Inhibitor ARUK3004903 | ||||||
要素 | Palmitoleoyl-protein carboxylesterase NOTUM | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Inhibitor Notum | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase / protein depalmitoleylation / palmitoleyl hydrolase activity / phospholipase C activity / Release of Hh-Np from the secreting cell / regulation of bone mineralization / negative regulation of Wnt signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / bone development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway ...[Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase / protein depalmitoleylation / palmitoleyl hydrolase activity / phospholipase C activity / Release of Hh-Np from the secreting cell / regulation of bone mineralization / negative regulation of Wnt signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / bone development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Wnt signaling pathway / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / endoplasmic reticulum lumen / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, Y. / Jones, E.Y. / Fish, P. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: Designed switch from covalent to non-covalent inhibitors of carboxylesterase Notum activity. 著者: Atkinson, B.N. / Willis, N.J. / Zhao, Y. / Patel, C. / Frew, S. / Costelloe, K. / Magno, L. / Svensson, F. / Jones, E.Y. / Fish, P.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bt7.cif.gz | 164.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bt7.ent.gz | 129.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bt7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/8bt7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/8bt7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8bspC 8bsqC 8bsrC 8bszC 8bt0C 8bt2C 8bt5C 8bt8C 8btaC 8btcC 8bteC 8bthC 8btiC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 43567.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NOTUM, OK/SW-CL.30 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q6P988, [Wnt protein] O-palmitoleoyl-L-serine hydrolase |
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#2: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 5種, 121分子
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-DMS / | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | ChemComp-RL6 / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.96 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 1.5 M Ammonium Sulphate 0.1 M Sodium Citrate, pH4.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→71.75 Å / Num. obs: 66642 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.43 Å / Num. unique obs: 3262 / CC1/2: 0.679 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→52.82 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.8 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→52.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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