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- PDB-8boq: A. vinelandii Fe-nitrogenase FeFe protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8boq
タイトルA. vinelandii Fe-nitrogenase FeFe protein
要素
  • Fe-only nitrogenase, beta subunit
  • Nitrogenase iron-iron protein delta chain
  • Nitrogenase protein alpha chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / biological nitrogen fixation / metalloenzyme / Fe-only nitrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / nitrogenase / nitrogenase activity / nitrogen fixation / iron-sulfur cluster binding / iron ion binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrogenase iron-iron, delta subunit / Nitrogenase iron-iron protein, alpha chain / Nitrogenase iron-iron, beta subunit / Vanadium/alternative nitrogenase delta subunit / Vanadium/alternative nitrogenase delta subunit / Nitrogenase alpha chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. ...Nitrogenase iron-iron, delta subunit / Nitrogenase iron-iron protein, alpha chain / Nitrogenase iron-iron, beta subunit / Vanadium/alternative nitrogenase delta subunit / Vanadium/alternative nitrogenase delta subunit / Nitrogenase alpha chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. / Nitrogenase/oxidoreductase, component 1 / : / Nitrogenase component 1 type Oxidoreductase / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE(8)-S(7) CLUSTER / HYDROSULFURIC ACID / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / OXYGEN ATOM / FeFe cofactor / Fe-only nitrogenase, beta subunit / Nitrogenase iron-iron protein delta chain / Nitrogenase protein alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.547 Å
データ登録者Trncik, C. / Detemple, F. / Einsle, O.
資金援助 ドイツ, European Union, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)PP 1927, project ID 311061829 ドイツ
German Research Foundation (DFG)RTG 1976, project ID 235777276 ドイツ
European Research Council (ERC)310676European Union
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2023
タイトル: Iron-only Fe-nitrogenase underscores common catalytic principles in biological nitrogen fixation
著者: Trncik, C. / Detemple, F. / Einsle, O.
履歴
登録2022年11月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrogenase protein alpha chain
B: Fe-only nitrogenase, beta subunit
C: Nitrogenase iron-iron protein delta chain
D: Nitrogenase protein alpha chain
E: Fe-only nitrogenase, beta subunit
F: Nitrogenase iron-iron protein delta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,18318
ポリマ－246,7856
非ポリマー3,39812
水25,7251428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33320 Å2
ΔGint-212 kcal/mol
Surface area65930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.969, 151.048, 158.863
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Nitrogenase protein alpha chain


分子量: 58196.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定) / 参照: UniProt: C1DK94, nitrogenase
#2: タンパク質 Fe-only nitrogenase, beta subunit


分子量: 51107.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定) / 参照: UniProt: C1DK92
#3: タンパク質 Nitrogenase iron-iron protein delta chain / Nitrogenase component I


分子量: 14088.839 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定) / 参照: UniProt: C1DK93, nitrogenase

-
非ポリマー , 7種, 1440分子

#4: 化合物 ChemComp-S5Q / FeFe cofactor


分子量: 747.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CFe8S9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-HCA / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / (2R)-2-ヒドロキシ-1,2,4-ブタントリカルボン酸


分子量: 206.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10O7
#6: 化合物 ChemComp-CLF / FE(8)-S(7) CLUSTER


分子量: 671.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe8S7
#7: 化合物 ChemComp-O / OXYGEN ATOM / オキシド


分子量: 15.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#8: 化合物 ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素


分子量: 34.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Bis Tris propane/HCl at pH 8.5 18 % (w/v) of polyethylene glycol 4000 18 % (v/v) of ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月8日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.547→20.1 Å / Num. obs: 153829 / % possible obs: 39.9 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 21.98 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 1.55→1.75 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 1.285 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 7691 / CC1/2: 0.662 / Rpim(I) all: 0.387 / % possible all: 70.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
REFMAC5.8.0352精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5N6Y

5n6y


解像度: 1.547→20.003 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.486 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.165 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2155 7578 4.926 %
Rwork0.1688 146250 -
all0.171 --
obs-153828 91.8 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 27.129 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å2-0 Å2
2--0.042 Å20 Å2
3---0.078 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.547→20.003 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17320 0 100 1428 18848
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01217921
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01616238
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3391.66424372
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4461.56937899
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.18552196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.1545105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.947103092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg9.471103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.23210839
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.22637
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other0.0250.22
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0220315
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023505
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.23987
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1910.216675
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.28769
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0760.29199
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.20.21450
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0650.27
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.10.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1060.26
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1750.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1480.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9172.8748781
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9162.8748781
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9214.30210978
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9214.30210979
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2033.0429140
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2033.0429140
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4744.48613286
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4744.48613287
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.95635.91221247
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.85235.3720904
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.547-1.5870.402120.311265X-RAY DIFFRACTION98.96
1.915-1.9930.2942730.2465630X-RAY DIFFRACTION26.2029
1.993-2.080.2422290.2234482X-RAY DIFFRACTION21.8021
2.08-2.1810.2463800.2218028X-RAY DIFFRACTION40.7049
2.181-2.2970.2783810.2277936X-RAY DIFFRACTION42.1029
2.297-2.4350.2597850.21513900X-RAY DIFFRACTION78.5882
2.435-2.60.2538130.20415530X-RAY DIFFRACTION92.8527
2.6-2.8040.2518200.19415610X-RAY DIFFRACTION99.8966
2.804-3.0660.2387430.18514446X-RAY DIFFRACTION99.9934
3.066-3.4180.2297310.17413043X-RAY DIFFRACTION99.9492
3.418-3.9280.2015610.15311713X-RAY DIFFRACTION100
3.928-4.7650.1595340.1129977X-RAY DIFFRACTION99.9905
4.765-6.5550.1623740.1217945X-RAY DIFFRACTION100
6.555-20.0030.1372490.1164950X-RAY DIFFRACTION99.9615

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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