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万見
- PDB-8bcv: Photosystem I assembly intermediate of Avena sativa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bcv
タイトルPhotosystem I assembly intermediate of Avena sativa
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein ...) x 4
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 9
  • Photosystem I iron-sulfur center
キーワードPHOTOSYNTHESIS / PSI structure / assembly intermediate / Monocotyledons / etiolation
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid thylakoid membrane / chloroplast thylakoid / photosynthesis, light harvesting / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis ...plastid thylakoid membrane / chloroplast thylakoid / photosynthesis, light harvesting / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site ...Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / Chem-C7Z / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / PHYLLOQUINONE ...BETA-CAROTENE / Chem-C7Z / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / PHYLLOQUINONE / Antheraxanthin / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-XAT / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit VIII / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Avena sativa (エンバク)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Naschberger, A. / Amunts, A. / Nelson, N.
資金援助 スウェーデン, イスラエル, 3件
組織認可番号国
The Swedish Foundation for Strategic ResearchARC19-0051 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0080 スウェーデン
Israel Science Foundation569/17 イスラエル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Photosystem I assembly intermediate of Avena sativa
著者: Naschberger, A. / Amunts, A. / Nelson, N.
履歴
登録2022年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月1日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年11月1日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年11月1日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年7月9日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II
E: Photosystem I reaction center subunit IV
H: Photosystem I reaction center subunit VI
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
L: Photosystem I reaction center subunit XI
F: Photosystem I reaction center subunit III
G: Photosystem I reaction center subunit V
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit X
1: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
2: Chlorophyll a-b binding protein 2, chloroplastic
3: Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic
4: Chlorophyll a-b binding protein 4, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)586,619240
ポリマ－408,68616
非ポリマー177,932224
水12,665703
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PsaA


分子量: 83263.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク) / 参照: UniProt: A0A3G1AUL2, photosystem I
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PsaB


分子量: 82605.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク) / 参照: UniProt: A0A3G1AZK6, photosystem I

-
タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8909.345 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク) / 参照: UniProt: A0A3G1ATU7, photosystem I

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 9種, 9分子 DEHILFGJK

#4: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II


分子量: 22081.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク)
#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV


分子量: 15298.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク)
#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit VI


分子量: 10088.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク)
#7: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII / PsaI


分子量: 3995.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク) / 参照: UniProt: A0A3G1AZM6
#8: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI


分子量: 22575.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク)
#9: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III


分子量: 19346.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク)
#10: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit V


分子量: 15113.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク)
#11: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IX


分子量: 5849.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク)
#12: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit X


分子量: 13583.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク)

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Chlorophyll a-b binding protein ... , 4種, 4分子 1234

#13: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic / Lhca1


分子量: 26137.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク) / 参照: UniProt: A0A482JYH1
#14: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein 2, chloroplastic


分子量: 22706.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク)
#15: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic


分子量: 29344.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク)
#16: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein 4, chloroplastic


分子量: 27786.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Avena sativa (エンバク)

-
糖 , 2種, 21分子

#24: 糖
ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM
#25: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 13種, 906分子

#17: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#18: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#19: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#20: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#21: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#22: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#23: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#26: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#27: 化合物
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#28: 化合物 ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / (9Z)-ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#29: 化合物 ChemComp-C7Z / (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol / (3S)-β,β-カロテン-3α,3′α-ジオ-ル


分子量: 568.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#30: 化合物 ChemComp-QDL / Antheraxanthin / (1~{R},3~{S},6~{S})-1,5,5-trimethyl-6-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-3-ol / アンテラキサンチンA


分子量: 584.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#31: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 703 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Assembly Intermediate of PSI from Avena sativa / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Avena sativa (エンバク)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2100 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 300 nm
撮影電子線照射量: 51.346 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 96997 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00938874
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.06655177
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.98613113
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0474758
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00511787

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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