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- PDB-8bbs: Structure of AKR1C3 in complex with a bile acid fused tetrazole i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bbs
タイトルStructure of AKR1C3 in complex with a bile acid fused tetrazole inhibitor
要素Aldo-keto reductase family 1 member C3
キーワードOXIDOREDUCTASE / AKR1C3 / aldo-keto reductase / steroid metabolism / bile acid / tetrazole / cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-F synthase / testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+) / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / macromolecule metabolic process / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase ...prostaglandin-F synthase / testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+) / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / macromolecule metabolic process / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process / 5alpha-androstane-3beta,17beta-diol dehydrogenase activity / Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase activity / 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) / farnesol catabolic process / geranylgeranyl reductase activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / cellular response to jasmonic acid stimulus / regulation of testosterone biosynthetic process / : / androsterone dehydrogenase activity / testosterone biosynthetic process / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase activity / RA biosynthesis pathway / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / cellular response to prostaglandin D stimulus / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / ketosteroid monooxygenase activity / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / retinal metabolic process / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / progesterone metabolic process / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / aldo-keto reductase (NADPH) activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / cyclooxygenase pathway / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / retinal dehydrogenase activity / bile acid binding / aldose reductase (NADPH) activity / retinoid metabolic process / prostaglandin metabolic process / renal absorption / steroid metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Retinoid metabolism and transport / keratinocyte differentiation / cellular response to starvation / cellular response to calcium ion / response to nutrient / male gonad development / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / extracellular exosome / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Chem-QBO / Aldo-keto reductase family 1 member C3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Petri, E.T. / Skerlova, J. / Marinovic, M. / Brynda, J. / Kugler, M. / Skoric, D. / Bekic, S. / Celic, A.S. / Rezacova, P.
資金援助 Serbia, European Union, 3件
組織認可番号国
Other government451-03-9/2021-14/ 200125 Serbia
Other government142-451-3177/2020-03 Serbia
Other governmentLX22NPO5102European Union
引用ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2023
タイトル: X-ray structure of human aldo-keto reductase 1C3 in complex with a bile acid fused tetrazole inhibitor: experimental validation, molecular docking and structural analysis.
著者: Marinovic, M.A. / Bekic, S.S. / Kugler, M. / Brynda, J. / Skerlova, J. / Skoric, D.D. / Rezacova, P. / Petri, E.T. / Celic, A.S.
履歴
登録2022年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年5月24日Group: Non-polymer description / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.formula
改定 2.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Aldo-keto reductase family 1 member C3
A: Aldo-keto reductase family 1 member C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,93215
ポリマ－74,3772
非ポリマー2,55513
水13,097727
1
B: Aldo-keto reductase family 1 member C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4547
ポリマ－37,1891
非ポリマー1,2666
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Aldo-keto reductase family 1 member C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4778
ポリマ－37,1891
非ポリマー1,2897
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.462, 51.413, 77.879
Angle α, β, γ (deg.)77.260, 86.740, 77.630
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Aldo-keto reductase family 1 member C3 / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 5 / 17-beta-HSD 5 / 3-alpha-HSD type II / brain / 3-alpha- ...17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 5 / 17-beta-HSD 5 / 3-alpha-HSD type II / brain / 3-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase type 2 / 3-alpha-HSD type 2 / Chlordecone reductase homolog HAKRb / Dihydrodiol dehydrogenase 3 / DD-3 / DD3 / Dihydrodiol dehydrogenase type I / HA1753 / Prostaglandin F synthase / PGFS / Testosterone 17-beta-dehydrogenase 5


分子量: 37188.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The N-terminal sequence GSH is a cloning artefact / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1C3, DDH1, HSD17B5, KIAA0119, PGFS / プラスミド: pET28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P42330, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる, 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase, 3alpha(or 20beta)- ...参照: UniProt: P42330, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる, 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase, 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase, 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase, prostaglandin-F synthase, 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+), testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-QBO / (4~{R})-4-[(1~{R},2~{S},5~{R},6~{R},13~{S},14~{S},17~{R},19~{R})-6,14-dimethyl-17-oxidanyl-7,8,9,10-tetrazapentacyclo[11.8.0.0^{2,6}.0^{7,11}.0^{14,19}]henicosa-8,10-dien-5-yl]pentanoic acid


分子量: 430.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H38N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 727 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.23 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD and 0.02 M each of DL-glutamic acid monohydrate, DL-alanine, glycine, DL-lysine monohydrochloride, and DL-serine; in 0.1 M bicine/Trizma base, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→45.93 Å / Num. obs: 107028 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 3.582 % / Biso Wilson estimate: 21.72 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 0.806 / Net I/σ(I): 12.49 / Num. measured all: 383345
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.4-1.483.6380.5822.136276618613172520.8280.67992.7
1.48-1.593.5680.363.335664317444158770.9460.42191
1.59-1.713.6630.2365.25622316320153470.9660.27594
1.71-1.883.5540.1427.924871014932137040.9970.16691.8
1.88-2.13.6230.08714.174665513512128760.9920.10295.3
2.1-2.423.4510.0619.963776411931109420.9950.0791.7
2.42-2.973.6220.04426.64351491009197040.9970.05296.2
2.97-4.183.4450.03333.9125067779472760.9980.03993.4
4.18-45.933.5480.02937.6514368431440500.9980.03493.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0232精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZQ5

1zq5


解像度: 1.4→45.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU R Cruickshank DPI: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1775 1533 1.4 %RANDOM
Rwork0.1546 ---
obs0.155 105499 93.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 72.96 Å2 / Biso mean: 17.31 Å2 / Biso min: 8.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20.01 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→45.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5072 0 167 728 5967
Biso mean--17.89 30.4 -
残基数----632
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0135667
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0340.0175258
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7431.697740
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.2521.61912278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0035692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.74622.072304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.705151001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2721541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2718
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.026332
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0150.021195
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 113 -
Rwork0.267 7795 -
all-7908 -
obs--93.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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