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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b7b | |||||||||
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タイトル | Tubulin - maytansinoid - 6 complex | |||||||||
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![]() | CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() tubulin-tyrosine ligase / tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / spindle microtubule ...tubulin-tyrosine ligase / tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / neuron projection development / nervous system development / mitotic cell cycle / growth cone / microtubule / neuron projection / protein heterodimerization activity / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Boiarska, Z. / Perez-Pena, H. / Abel, A.-C. / Marzullo, P. / Alvarez-Bernad, B. / Bonato, F. / Santini, B. / Horvath, D. / Lucena-Agell, D. / Vasile, F. ...Boiarska, Z. / Perez-Pena, H. / Abel, A.-C. / Marzullo, P. / Alvarez-Bernad, B. / Bonato, F. / Santini, B. / Horvath, D. / Lucena-Agell, D. / Vasile, F. / Sironi, M. / Diaz, J.F. / Steinmetz, M.O. / Prota, A.E. / Pieraccini, S. / Passarella, D. | |||||||||
資金援助 | European Union, ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Maytansinol Functionalization: Towards Useful Probes for Studying Microtubule Dynamics. 著者: Boiarska, Z. / Perez-Pena, H. / Abel, A.C. / Marzullo, P. / Alvarez-Bernad, B. / Bonato, F. / Santini, B. / Horvath, D. / Lucena-Agell, D. / Vasile, F. / Sironi, M. / Diaz, J.F. / Prota, A.E. ...著者: Boiarska, Z. / Perez-Pena, H. / Abel, A.C. / Marzullo, P. / Alvarez-Bernad, B. / Bonato, F. / Santini, B. / Horvath, D. / Lucena-Agell, D. / Vasile, F. / Sironi, M. / Diaz, J.F. / Prota, A.E. / Pieraccini, S. / Passarella, D. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 752.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 87.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 119.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8b7aC ![]() 8b7cC ![]() 5lxtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 9種, 751分子 ![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PX0.gif)
![](data/chem/img/ACP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PX0.gif)
![](data/chem/img/ACP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MG / #7: 化合物 | ChemComp-CA / #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-MES / | #10: 化合物 | ChemComp-GOL / | #11: 化合物 | ChemComp-PX0 / (~{ | #12: 化合物 | ChemComp-ACP / | #13: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 5% PEG 4K, 8% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.999995 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→47.83 Å / Num. obs: 139947 / % possible obs: 99.36 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 49.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.04133 / Rrim(I) all: 0.1546 / Net I/σ(I): 16.76 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 2.913 / Mean I/σ(I) obs: 0.86 / Num. unique obs: 13689 / CC1/2: 0.357 / CC star: 0.725 / Rpim(I) all: 0.8236 / Rrim(I) all: 3.029 / % possible all: 98.84 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5LXT 解像度: 2.25→47.83 Å / SU ML: 0.3245 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.3769 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.23 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→47.83 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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