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- PDB-8b20: NDM-1 metallo-beta-lactamase in complex with triazole-based inhib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b20
タイトルNDM-1 metallo-beta-lactamase in complex with triazole-based inhibitor CP57
要素Beta-lactamase NDM-1
キーワードHYDROLASE / Beta-lactamase / Antibiotic resistance / Beta-lactamase inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OQK / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Vascon, F. / Lazzarato, L. / Bersani, M. / Gianquinto, E. / Docquier, J.D. / Spyrakis, F. / Tondi, D. / Cendron, L.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Italian Ministry of Education イタリア
引用ジャーナル: Pharmaceuticals / 年: 2023
タイトル: Structure-Based Optimization of 1,2,4-Triazole-3-Thione Derivatives: Improving Inhibition of NDM-/VIM-Type Metallo-beta-Lactamases and Synergistic Activity on Resistant Bacteria.
著者: Bersani, M. / Failla, M. / Vascon, F. / Gianquinto, E. / Bertarini, L. / Baroni, M. / Cruciani, G. / Verdirosa, F. / Sannio, F. / Docquier, J.D. / Cendron, L. / Spyrakis, F. / Lazzarato, L. / Tondi, D.
履歴
登録2022年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase NDM-1
B: Beta-lactamase NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,46214
ポリマ－51,2642
非ポリマー1,19912
水2,414134
1
A: Beta-lactamase NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2977
ポリマ－25,6321
非ポリマー6656
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1657
ポリマ－25,6321
非ポリマー5336
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.068, 70.444, 73.803
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / New Delhi metallo-beta-lactamase 1 / ...Metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / New Delhi metallo-beta-lactamase 1 / Subclass B1 metallo-beta-lactamase NDM-1


分子量: 25631.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: blaNDM-1, blaNDM1, E5D53_33975 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F6IAY7

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非ポリマー , 6種, 146分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-OQK / 2-[(~{E})-[3-sulfanyl-5-[4-(trifluoromethyl)phenyl]-1,2,4-triazol-4-yl]iminomethyl]benzoic acid


分子量: 392.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H11F3N4O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES, 0.1 M MOPS, pH 7.5, 0.03 M MgCl2 hexahydrate, 0.03 M CaCl2 dihydrate, 12.5% v/v MPD, 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→53.31 Å / Num. obs: 39230 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.178 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.78→1.82 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.956 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2195 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6TGD

6tgd


解像度: 1.78→53.306 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.117 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2073 1900 4.851 %RANDOM
Rwork0.184 37269 --
all0.185 ---
obs-39169 99.931 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.603 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.418 Å2-0 Å2
3----2.021 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→53.306 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3434 0 61 134 3629
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0123576
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5741.6274867
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7775462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.70823.095168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.67315521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.341516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2472
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022758
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.21609
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.22415
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1140.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3280.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1970.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1822.3871851
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0653.5622312
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2782.7421725
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8623.952555
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.14533.4395279
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.78-1.8260.2461440.23427160.23528610.8660.86999.9650.23
1.826-1.8760.2251450.21426230.21527690.9010.89599.96390.207
1.876-1.930.2721340.20125680.20427020.8950.9111000.196
1.93-1.990.1931320.18325220.18426540.9330.931000.18
1.99-2.0550.2151170.18824390.18925560.930.9331000.184
2.055-2.1270.2011110.18823730.18924840.9380.9391000.186
2.127-2.2070.225960.1822830.18223790.9280.9411000.178
2.207-2.2970.224810.17122010.17322820.9330.9491000.17
2.297-2.3990.209910.17621170.17722080.9410.9471000.177
2.399-2.5160.251960.19720390.221360.9220.94199.95320.2
2.516-2.6520.2861080.20219060.20620140.9220.9341000.209
2.652-2.8120.2141020.20318190.20419270.9350.94499.68860.214
2.812-3.0060.208920.18517090.18618020.9510.95399.94450.198
3.006-3.2460.171920.17915980.17816910.9580.95699.94090.201
3.246-3.5540.1791080.17114630.17215730.9620.9699.87290.194
3.554-3.9710.232500.17613630.17814150.9260.95599.85870.206
3.971-4.5810.144610.16712070.16612680.9670.9591000.198
4.581-5.6010.269530.17410340.17810880.9170.96199.90810.212
5.601-7.8770.216590.1888040.198630.9450.9591000.232
7.877-53.3060.122280.1814850.1785240.9850.96997.90080.477

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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