PDB-8b0b: Crystal structure of human heparanase in complex with covalent in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8b0b

タイトル

Crystal structure of human heparanase in complex with covalent inhibitor VB151

要素

Heparanase 50 kDa subunit
Heparanase 8 kDa subunit

キーワード

HYDROLASE / heparanase

機能・相同性

機能・相同性情報

heparanase / heparanase activity / regulation of hair follicle development / heparin metabolic process / proteoglycan metabolic process / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / beta-glucuronidase activity / positive regulation of hair follicle development / HS-GAG degradation / protein transmembrane transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Armstrong, Z. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2023
タイトル: 4-O-Substituted Glucuronic Cyclophellitols are Selective Mechanism-Based Heparanase Inhibitors.
著者: Borlandelli, V. / Armstrong, Z. / Nin-Hill, A. / Codee, J.D.C. / Raich, L. / Artola, M. / Rovira, C. / Davies, G.J. / Overkleeft, H.S.

履歴

登録	2022年9月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年3月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8b0b.cif.gz	197.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8b0b.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8b0b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8b0b_validation.pdf.gz	747 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8b0b_full_validation.pdf.gz	754.6 KB	表示
XML形式データ	8b0b_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	8b0b_validation.cif.gz	28.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/8b0b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/8b0b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8b0cC 8b0dC 8b0eC 5e98S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Heparanase 50 kDa subunit

BBB: Heparanase 8 kDa subunit

ヘテロ分子

52.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.442, 70.846, 78.293
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.702, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	Heparanase 50 kDa subunit 分子量: 43334.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPSE, HEP, HPA, HPA1, HPR1, HPSE1, HSE1 / 発現宿主: Trichoplusia (蝶・蛾) / 参照: UniProt: Q9Y251
#2: タンパク質	Heparanase 8 kDa subunit 分子量: 8273.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPSE, HEP, HPA, HPA1, HPR1, HPSE1, HSE1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Y251

-
糖 , 1種, 3分子

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 122分子

#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-OUU / (1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},6~{S})-2-(2-acetamidoethoxy)-3,4,6-tris(oxidanyl)cyclohexane-1-carboxylic acid 分子量: 277.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₉NO₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 5.5, 0.1 M MgCl2, 17% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976284 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976284 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→52.312 Å / Num. obs: 35113 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.8 % / CC_1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 4.3
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / Num. unique obs: 2450 / CC_1/2: 0.621

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 開始モデル: 5.0E+98 / 解像度: 1.95→52.312 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 8.572 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.194 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2908	1711	4.876 %
R_work	0.2322	33379	-
all	0.235	-	-
obs	-	35090	99.946 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.986 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.018 Å²	0 Å²	1.173 Å²
2-	-	-3.758 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→52.312 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3592	0	65	120	3777

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	3747
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3516
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.677	1.658	5087
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.272	1.59	8157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.018	5	455
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.386	22	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.745	15	625
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.31	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	481
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4122
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	792
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	832
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	3480
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	1823
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1769
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	169
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.09	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.167	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.25	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.988	3.762	1826
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.989	3.761	1825
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.322	5.632	2279
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.321	5.633	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.351	4.151	1921
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.35	4.152	1922
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.197	6.078	2808
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.196	6.079	2809
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.085	45.173	4199
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.076	45.182	4190

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.001	0.396	124	0.384	2447	X-RAY DIFFRACTION	99.9611
2.001-2.055	0.328	124	0.354	2358	X-RAY DIFFRACTION	99.9597
2.055-2.115	0.363	116	0.36	2374	X-RAY DIFFRACTION	99.9599
2.115-2.18	0.309	94	0.293	2250	X-RAY DIFFRACTION	99.9574
2.18-2.251	0.346	118	0.309	2212	X-RAY DIFFRACTION	99.9142
2.251-2.33	0.32	116	0.294	2121	X-RAY DIFFRACTION	99.9553
2.33-2.418	0.32	102	0.25	2028	X-RAY DIFFRACTION	99.8594
2.418-2.517	0.386	102	0.253	1992	X-RAY DIFFRACTION	99.9523
2.517-2.629	0.341	105	0.25	1884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.629-2.757	0.317	100	0.261	1796	X-RAY DIFFRACTION	99.9473
2.757-2.906	0.311	88	0.222	1728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.906-3.082	0.287	90	0.202	1620	X-RAY DIFFRACTION	100
3.082-3.294	0.309	80	0.204	1528	X-RAY DIFFRACTION	100
3.294-3.558	0.291	66	0.198	1451	X-RAY DIFFRACTION	99.9341
3.558-3.896	0.249	68	0.196	1320	X-RAY DIFFRACTION	99.8561
3.896-4.355	0.293	59	0.186	1205	X-RAY DIFFRACTION	100
4.355-5.026	0.206	40	0.163	1078	X-RAY DIFFRACTION	100
5.026-6.149	0.247	43	0.194	895	X-RAY DIFFRACTION	100
6.149-8.669	0.249	56	0.188	689	X-RAY DIFFRACTION	99.866
8.669-52.312	0.143	20	0.193	403	X-RAY DIFFRACTION	99.2958

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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