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- PDB-8atr: Small molecular stabilizer for C-RAF (pS259) and 14-3-3 (1075297) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8atr
タイトルSmall molecular stabilizer for C-RAF (pS259) and 14-3-3 (1075297)
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / 14-3-3 / ERalpha / stabilization / 1080272 / covalent
機能・相同性
機能・相同性情報


death-inducing signaling complex assembly / intermediate filament cytoskeleton organization / type B pancreatic cell proliferation / regulation of Rho protein signal transduction / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / regulation of cell motility / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / MAP kinase kinase kinase activity ...death-inducing signaling complex assembly / intermediate filament cytoskeleton organization / type B pancreatic cell proliferation / regulation of Rho protein signal transduction / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / regulation of cell motility / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / MAP kinase kinase kinase activity / Negative feedback regulation of MAPK pathway / GP1b-IX-V activation signalling / IFNG signaling activates MAPKs / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / regulation of cell differentiation / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / face development / pseudopodium / somatic stem cell population maintenance / thyroid gland development / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / negative regulation of protein-containing complex assembly / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Schwann cell development / type II interferon-mediated signaling pathway / activation of adenylate cyclase activity / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of stem cell proliferation / RHO GTPases activate PKNs / protein sequestering activity / protein kinase A signaling / response to muscle stretch / negative regulation of innate immune response / myelination / protein export from nucleus / CD209 (DC-SIGN) signaling / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / thymus development / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / RAF activation / negative regulation of protein kinase activity / wound healing / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / Stimuli-sensing channels / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / MAPK cascade / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / protein localization / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of cell growth / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of MAPK cascade / regulation of cell cycle / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / cadherin binding / protein phosphorylation / negative regulation of cell population proliferation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / apoptotic process / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / 14-3-3 protein sigma / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / 14-3-3 protein sigma / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-O6L / RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / 14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Visser, E.J. / Overmans, M.J.A.M. / Vandenboorn, E.M.F. / Ottmann, C.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO) オランダ
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: Structure-Based Optimization of Covalent, Small-Molecule Stabilizers of the 14-3-3 sigma /ER alpha Protein-Protein Interaction from Nonselective Fragments.
著者: Konstantinidou, M. / Visser, E.J. / Vandenboorn, E. / Chen, S. / Jaishankar, P. / Overmans, M. / Dutta, S. / Neitz, R.J. / Renslo, A.R. / Ottmann, C. / Brunsveld, L. / Arkin, M.R.
履歴
登録2022年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1106
ポリマ－27,6132
非ポリマー4974
水4,810267
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,22112
ポリマ－55,2264
非ポリマー9958
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area5740 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area23900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.106, 113.239, 63.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-449-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AP

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26542.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / Proto-oncogene c-RAF / cRaf / Raf-1


分子量: 1070.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P04049, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 4種, 271分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-O6L / 2-chloranyl-~{N}-[[1-[1-(4-chloranylphenoxy)cyclopentyl]carbonylpiperidin-4-yl]methyl]ethanamide


分子量: 413.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26Cl2N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.095 M HEPES (pH 7.1), PEG400 (24% (v/v)), 0.19 M CaCl2 and 5% (v/v) Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→42.23 Å / Num. obs: 33236 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 1755 / CC1/2: 0.93

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3iqu

3iqu


解像度: 1.7→42.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 1.867 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21061 1641 4.9 %RANDOM
Rwork0.18652 ---
obs0.18773 31569 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.5 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.84 Å20 Å2-0 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3----0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→42.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1930 0 29 267 2226
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0171985
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0191879
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0681.8982672
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1242.6994345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4215243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.2422.569109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.95215368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2681514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022229
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02427
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3981.535978
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3951.533977
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5932.2841219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5922.2861220
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5111.8871007
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5091.8871008
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.3182.6661454
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.58518.9792336
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.46218.3542270
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 124 -
Rwork0.206 2311 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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