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- PDB-8atp: Small molecule stabilizer (1075481) for ERalpha and 14-3-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8atp
タイトルSmall molecule stabilizer (1075481) for ERalpha and 14-3-3
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Estrogen receptor
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / 14-3-3 / ERalpha / stabilizer
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / prostate epithelial cord elongation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of epidermal cell division ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / prostate epithelial cord elongation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / nuclear estrogen receptor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / keratinocyte development / epithelial cell development / keratinization / vagina development / regulation of cell-cell adhesion / mammary gland branching involved in pregnancy / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / uterus development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / Regulation of localization of FOXO transcription factors / steroid hormone receptor signaling pathway / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / negative regulation of keratinocyte proliferation / Activation of BAD and translocation to mitochondria / mammary gland alveolus development / cellular response to estrogen stimulus / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / estrogen response element binding / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / negative regulation of stem cell proliferation / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Nuclear signaling by ERBB4 / positive regulation of protein localization / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / RHO GTPases activate PKNs / 14-3-3 protein binding / negative regulation of innate immune response / protein localization to chromatin / estrogen receptor signaling pathway / protein sequestering activity / protein kinase A signaling / steroid binding / nitric-oxide synthase regulator activity / TBP-class protein binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / protein export from nucleus / positive regulation of cell adhesion / ESR-mediated signaling / release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / transcription corepressor binding / negative regulation of miRNA transcription / positive regulation of protein export from nucleus / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / stem cell proliferation / cellular response to estradiol stimulus / transcription coregulator binding / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / stem cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / TP53 Regulates Metabolic Genes / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of protein kinase activity / SUMOylation of intracellular receptors / euchromatin / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / transcription coactivator binding / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / male gonad development / nuclear receptor activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / positive regulation of fibroblast proliferation / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / protein localization / Ovarian tumor domain proteases / PIP3 activates AKT signaling / response to estradiol / regulation of protein localization / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / ATPase binding / regulation of inflammatory response / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / fibroblast proliferation / positive regulation of cell growth
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / 14-3-3 protein sigma / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. ...Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / 14-3-3 protein sigma / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-O0O / Estrogen receptor / 14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Vandenboorn, E.M.F. / Visser, E.J. / Ottmann, C.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)024.001.035 オランダ
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: Structure-Based Optimization of Covalent, Small-Molecule Stabilizers of the 14-3-3 sigma /ER alpha Protein-Protein Interaction from Nonselective Fragments.
著者: Konstantinidou, M. / Visser, E.J. / Vandenboorn, E. / Chen, S. / Jaishankar, P. / Overmans, M. / Dutta, S. / Neitz, R.J. / Renslo, A.R. / Ottmann, C. / Brunsveld, L. / Arkin, M.R.
履歴
登録2022年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6576
ポリマ－27,1572
非ポリマー5004
水6,431357
1
A: 14-3-3 protein sigma
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,31412
ポリマ－54,3134
非ポリマー1,0018
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.113, 112.517, 62.496
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

MG

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26542.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 613.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03372
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-O0O / 2-chloranyl-~{N}-[[1-[4-[(4-chlorophenyl)amino]piperidin-4-yl]carbonylpiperidin-4-yl]methyl]ethanamide


分子量: 427.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28Cl2N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.72 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.095 M HEPES (pH 7.1), 26% (v/v) PEG400, 0.19 CaCl2, 5% (v/v) Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→45.53 Å / Num. obs: 56961 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 34.1
反射 シェル解像度: 1.4→1.452 Å / Num. unique obs: 5599 / CC1/2: 0.99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JC3

4jc3


解像度: 1.4→45.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.208 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15548 2900 5.1 %RANDOM
Rwork0.12781 ---
obs0.12921 54061 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.804 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.34 Å2-0 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→45.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1899 0 30 357 2286
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0171956
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0191854
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6921.92633
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3222.7034287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5095239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.44422.642106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.91715360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2091513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022194
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02420
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1561.049962
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1551.048961
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5921.5811199
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5921.5811200
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8781.388994
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8771.389995
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.3841.9681435
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.65115.012433
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.05514.012343
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.49233810
LS精密化 シェル解像度: 1.401→1.438 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.176 203 -
Rwork0.13 3912 -
obs--98.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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