PDB-8atb: Discovery of IRAK4 Inhibitor 16

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8atb

タイトル

Discovery of IRAK4 Inhibitor 16

要素

Interleukin-1 receptor-associated kinase 4

キーワード

TRANSFERASE / IRAK4 / KINASE

機能・相同性

機能・相同性情報

IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / neutrophil migration / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Schafer, M. / Bothe, U. / Schmidt, N. / Gunther, J. / Nubbemeyer, R. / Siebeneicher, H. / Ring, S. / Boemer, U. / Peters, M. / Denner, K. ...

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery of IRAK4 Inhibitors BAY1834845 (Zabedosertib) and BAY1830839 .
著者: Bothe, U. / Gunther, J. / Nubbemeyer, R. / Siebeneicher, H. / Ring, S. / Bomer, U. / Peters, M. / Rausch, A. / Denner, K. / Himmel, H. / Sutter, A. / Terebesi, I. / Lange, M. / Wengner, A.M. ...

履歴

登録	2022年8月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8atb.cif.gz	226.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8atb.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8atb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8atb_validation.pdf.gz	940.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8atb_full_validation.pdf.gz	949.5 KB	表示
XML形式データ	8atb_validation.xml.gz	22.9 KB	表示
CIF形式データ	8atb_validation.cif.gz	30.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/8atb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/8atb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8atlC 8atnC 8br5C 8br6C 8br7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (4) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (2) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (2) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (2) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (4)
#83 - 2006年11月
フィブリン (Fibrin)
類似性 (2)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (2)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (2)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (2)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (1)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4

BBB: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4

ヘテロ分子

67.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: MONOMERIC
33.9 kDa, 1 ポリマー

2

BBB: Interleukin-1 receptor-associated kinase 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.8 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.200, 117.500, 136.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Interleukin-1 receptor-associated kinase 4 / IRAK-4 / Renal carcinoma antigen NY-REN-64 分子量: 33318.582 Da / 分子数: 2 / 変異: K400A E401A E402A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRAK4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9NWZ3, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-O0H / ~{N}-[6-ethoxy-2-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)-2-oxidanylidene-ethyl]indazol-5-yl]-6-(trifluoromethyl)pyridine-2-carboxamide 分子量: 490.478 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₅F₃N₆O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9 詳細: 0.1M sodium acetate buffer, 2.13-2.145M sodium malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.34→48.95 Å / Num. obs: 178315 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 16.25
反射シェル	解像度: 2.34→2.48 Å / Num. unique obs: 4796 / CC_1/2: 0.805 / R_rim(I) all: 0.83 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse structure

解像度: 2.35→48.893 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 18.145 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.336 / ESU R Free: 0.247 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2601	888	3 %
R_work	0.2123	28708	-
all	0.214	-	-
obs	-	29596	99.865 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.616 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.049 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.564 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.516 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→48.893 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4416	0	76	94	4586

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	4579
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4329
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.157	1.639	6188
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.052	1.583	10000
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.449	5	557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.695	24.009	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.809	15	805
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.318	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.036	0.2	598
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	5107
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	969
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.164	0.2	899
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.161	0.2	4109
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.148	0.2	2222
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	2101
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.105	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.154	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.11	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.187	4.083	2245
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.186	4.081	2244
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.813	9.158	2797
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.813	9.162	2798
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.379	4.44	2333
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.379	4.441	2334
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.188	9.797	3391
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.187	9.799	3392
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.105	49.089	4946
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.095	49.067	4934

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.35-2.411	0.3	65	0.291	2099	0.291	2164	0.784	0.801	100	0.257
2.411-2.477	0.317	63	0.274	2045	0.275	2109	0.828	0.851	99.9526	0.24
2.477-2.548	0.246	61	0.264	1980	0.264	2041	0.881	0.866	100	0.232
2.548-2.627	0.276	60	0.271	1945	0.272	2006	0.849	0.853	99.9501	0.239
2.627-2.713	0.32	58	0.241	1867	0.244	1925	0.849	0.882	100	0.213
2.713-2.807	0.255	56	0.244	1803	0.245	1859	0.897	0.889	100	0.212
2.807-2.913	0.312	54	0.23	1761	0.233	1815	0.883	0.902	100	0.203
2.913-3.032	0.246	52	0.228	1683	0.229	1736	0.918	0.911	99.9424	0.199
3.032-3.166	0.269	50	0.209	1606	0.211	1658	0.877	0.923	99.8794	0.186
3.166-3.32	0.238	48	0.215	1569	0.216	1618	0.915	0.923	99.9382	0.191
3.32-3.498	0.304	46	0.21	1470	0.213	1516	0.893	0.922	100	0.19
3.498-3.709	0.243	43	0.189	1410	0.19	1454	0.905	0.944	99.9312	0.174
3.709-3.964	0.247	42	0.176	1331	0.178	1374	0.921	0.952	99.9272	0.162
3.964-4.279	0.177	37	0.159	1224	0.159	1261	0.959	0.963	100	0.15
4.279-4.684	0.24	36	0.165	1137	0.167	1176	0.94	0.964	99.7449	0.16
4.684-5.231	0.303	32	0.192	1057	0.194	1089	0.927	0.953	100	0.185
5.231-6.028	0.276	29	0.226	910	0.227	941	0.916	0.926	99.7875	0.214
6.028-7.355	0.312	24	0.232	803	0.235	830	0.904	0.916	99.6385	0.222
7.355-10.286	0.213	20	0.202	624	0.203	650	0.945	0.95	99.0769	0.208
10.286-48.893	0.234	12	0.254	384	0.253	409	0.934	0.94	96.8215	0.278

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4832	0.5782	-0.2131	1.1765	-0.8043	1.3825	0.1639	-0.1558	0.1914	0.1249	-0.1486	-0.0248	0.0391	0.1963	-0.0153	0.0375	-0.0127	-0.007	0.1727	-0.0243	0.0457	28.417	31.264	13.854
2	2.7545	-0.1643	0.0489	0.3642	-0.2172	2.1079	0.0578	0.2793	-0.1123	0.0718	0.0072	-0.0043	0.2185	0.0867	-0.065	0.0935	-0.0035	0.0242	0.1471	-0.0251	0.0451	10.801	25.226	-16.037

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	165 - 459
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	165 - 459

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関連情報:EMDBヘッダ

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