ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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Aimless | | データスケーリング | REFMAC | 5.8.0352精密化 | PDB_EXTRACT | 3.27 | データ抽出 | XDS | | データ削減 | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3pk2 解像度: 1.65→46.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.575 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2007 | 3822 | 5.2 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1689 | - | - | - |
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obs | 0.1706 | 69370 | 99.83 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 90.91 Å2 / Biso mean: 18.693 Å2 / Biso min: 8.37 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.14 Å2 | 0 Å2 | 0.04 Å2 |
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2- | - | -0.07 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | -0.08 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.65→46.01 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3669 | 0 | 184 | 454 | 4307 |
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Biso mean | - | - | 33.87 | 32.86 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 491 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.013 | 0.012 | 4064 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.001 | 0.016 | 3256 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg3.236 | 1.744 | 5707 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg0.567 | 1.552 | 7549 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg7.437 | 5 | 505 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg13.671 | 10 | 16 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg12.634 | 10 | 520 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.083 | 0.2 | 608 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.011 | 0.02 | 4694 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.001 | 0.02 | 842 | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.693 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.277 | 266 | - |
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Rwork | 0.236 | 5076 | - |
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all | - | 5342 | - |
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obs | - | - | 99.55 % |
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