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- PDB-8aoq: Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in compl... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8aoq | ||||||
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Title | Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with compound 20a | ||||||
![]() | Cereblon isoform 4 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / PROTEOLYSIS TARGETING CHIMERA / PROTAC / PROTEIN DEGRADATION | ||||||
Function / homology | CULT domain / CULT domain profile. / metal ion binding / Chem-N8F / Cereblon isoform 4![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Maiwald, S. / Heim, C. / Hartmann, M.D. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Synthesis of novel glutarimide ligands for the E3 ligase substrate receptor Cereblon (CRBN): Investigation of their binding mode and antiproliferative effects against myeloma cell lines. Authors: Krasavin, M. / Adamchik, M. / Bubyrev, A. / Heim, C. / Maiwald, S. / Zhukovsky, D. / Zhmurov, P. / Bunev, A. / Hartmann, M.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 81.4 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 896.9 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 903 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 11.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 15.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8aopC ![]() 4v2yS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 19 - 123 / Label seq-ID: 19 - 123
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-
Components
#1: Protein | Mass: 13632.500 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: MGR_0879 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.4M Ammonium Phosphate |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 10, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.088→49.2 Å / Num. obs: 18215 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 17.04 |
Reflection shell | Resolution: 2.09→2.21 Å / Redundancy: 6.96 % / Rmerge(I) obs: 0.857 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5523 / CC1/2: 0.784 / % possible all: 99.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4v2y Resolution: 2.088→49.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 8.959 / SU ML: 0.107 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.167 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL PLUS MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 49.942 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.088→49.16 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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