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- PDB-8aj3: X-ray structure of lysozyme obtained upon reaction with [VIVO(mal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8aj3
タイトルX-ray structure of lysozyme obtained upon reaction with [VIVO(malt)2] (Structure A)
要素Lysozyme
キーワードHYDROLASE / metallodrug / vanadium / oxidovanadium / covalent binding / non-covalent binding / protein-metal interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
pentakis(oxidanyl)vanadium / Chem-MKO / Chem-MNW / Lysozyme C
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.13 Å
データ登録者Paolillo, M. / Merlino, A. / Ferraro, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2022
タイトル: Multiple and Variable Binding of Pharmacologically Active Bis(maltolato)oxidovanadium(IV) to Lysozyme.
著者: Ferraro, G. / Paolillo, M. / Sciortino, G. / Garribba, E. / Merlino, A.
履歴
登録2022年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3066
ポリマ－14,3311
非ポリマー9745
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.890, 76.890, 38.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-326-

HOH

21A-346-

HOH

31A-423-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lysozyme


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698

-
非ポリマー , 6種, 163分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-H1W / pentakis(oxidanyl)vanadium


分子量: 135.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H5O5V / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MKO / 8,8-bis($l^{1}-oxidanyl)-2,2'-dimethyl-8,8'-spirobi[3$l^{4},7,9-trioxa-8$l^{6}-vanadabicyclo[4.3.0]nona-1(6),2,4-triene]


分子量: 333.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10O8V / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-MNW / 8,8,8,8-tetrakis($l^{1}-oxidanyl)-2-methyl-3,7,9-trioxa-8$l^{6}-vanadabicyclo[4.3.0]nona-1,5-diene


分子量: 244.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H9O7V / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 2.0 M sodium formate and 0.1 M Hepes, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.13→54.37 Å / Num. obs: 42289 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 16.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 28.4
反射 シェル解像度: 1.13→1.15 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.339 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 1866 / CC1/2: 0.926 / % possible all: 87.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 193L

193l


解像度: 1.13→54.369 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 2.438 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.051
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2493 2091 4.96 %
Rwork0.1994 40065 -
all0.202 --
obs-42156 97.464 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 16.146 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.855 Å20 Å20 Å2
2---0.855 Å20 Å2
3---1.709 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.13→54.369 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 0 57 158 1216
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0121121
X-RAY DIFFRACTIONr_ext_dist_refined_d0.010.011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8831.5751525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4975134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.19520.80662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.34815179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8881511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.02872
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.2599
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.2760
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2020.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2420.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1840.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2790.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0141.186530
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3221.782666
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0671.52591
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5322.187859
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it3.97818.741883
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.46531121
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.13-1.1590.2691430.2327620.23231550.9310.93192.07610.212
1.159-1.1910.3361460.31927700.31930590.7850.85695.32530.291
1.191-1.2260.3431360.29927740.30129920.8240.88697.25940.284
1.226-1.2630.4891040.42226070.42528960.5850.63593.61190.389
1.263-1.3050.3331300.3425530.3428120.6980.72495.41250.301
1.305-1.350.2491320.18825770.19127210.8870.89499.5590.162
1.35-1.4010.4031370.29223470.29926290.7410.81594.48460.249
1.401-1.4590.2271340.19123790.19325500.820.89298.5490.171
1.459-1.5230.3391290.24722610.25224420.7690.85597.87060.217
1.523-1.5980.2041220.1522010.15223410.9270.94299.23110.137
1.598-1.6840.2031180.10421070.10822250.950.9751000.104
1.684-1.7860.1771100.12119910.12421190.960.97199.15050.124
1.786-1.9090.1971000.14518880.14720000.9370.9699.40.151
1.909-2.0620.245890.2117570.21218480.8940.92999.89180.203
2.062-2.2590.284950.23516610.23817560.8850.9141000.221
2.259-2.5250.201650.1614940.16115600.9470.94899.93590.189
2.525-2.9140.214710.16113230.16413950.9480.95899.92830.194
2.914-3.5660.204680.14911360.15212050.9560.96699.9170.194
3.566-5.0330.179390.1489170.1499570.9630.97599.89550.191
5.033-54.3690.318230.2865520.2875810.9220.9498.96730.369

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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