PDB-8aij: STRUCTURE OF THE LECB LECTIN FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA STRAIN P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8aij

タイトル

STRUCTURE OF THE LECB LECTIN FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA STRAIN PAO1 IN COMPLEX WITH N-(alpha-L-Fucopyranosyl)benzamide (6)

要素

Fucose-binding lectin PA-IIL

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / P. aeruginosa lectin / LecB / Inhibitor

機能・相同性

Lectin, sugar-binding / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin superfamily / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / single-species biofilm formation / carbohydrate binding / metal ion binding / N-(alpha-L-Fucopyranosyl)benzamide / Fucose-binding lectin PA-IIL

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Meiers, J. / Mala, P. / Varrot, A. / Siebs, E. / Imberty, A. / Titz, A.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of N -beta-l-Fucosyl Amides as High-Affinity Ligands for the Pseudomonas aeruginosa Lectin LecB.
著者: Mala, P. / Siebs, E. / Meiers, J. / Rox, K. / Varrot, A. / Imberty, A. / Titz, A.

履歴

登録	2022年7月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8aij.cif.gz	118.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8aij.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8aij.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8aij_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8aij_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	8aij_validation.xml.gz	24.9 KB	表示
CIF形式データ	8aij_validation.cif.gz	36.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/8aij ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/8aij	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8aiyC 5a3oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Fucose-binding lectin PA-IIL

BBB: Fucose-binding lectin PA-IIL

CCC: Fucose-binding lectin PA-IIL

DDD: Fucose-binding lectin PA-IIL

ヘテロ分子

48.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, P. aeruginosa LecB is well described in literature, e.g. by Imberty et al., Gilboa-Carter et al., Titz et al..

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.376, 51.589, 52.604
Angle α, β, γ (deg.)	101.809, 99.474, 115.811
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Fucose-binding lectin PA-IIL 分子量: 11734.707 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: lecB, PA3361 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HYN5
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-M9I / N-(alpha-L-Fucopyranosyl)benzamide / ~{N}-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S},6~{S})-6-methyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]benzamide 分子量: 267.278 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₇NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 509 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.44 % / 解説: plates
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4 詳細: 24% PEG 8K, 1M LiCl and 100 mM sodium acetate pH = 4.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月19日詳細: Cryogenically cooled channel cut crystal monochromator, a convex prefocussing mirror and a Kirkpatrick-Baez pair of focussing mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→40.69 Å / Num. obs: 211861 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.051 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 1.53 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 9941 / CC_1/2: 0.881 / R_pim(I) all: 0.318 / R_rim(I) all: 0.45 / % possible all: 92.49

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5A3O

5a3o

解像度: 1.5→40.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 1.154 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.074 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1688	7571	12.291 %	random selection
R_work	0.1383	54018	-	-
all	0.142	-	-	-
obs	-	61588	95.507 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.341 Å²	0.222 Å²	-0.038 Å²
2-	-	0.097 Å²	0.067 Å²
3-	-	-	-0.542 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→40.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3286	0	100	509	3895

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	3578
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	3297
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.824	1.628	4935
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.609	1.573	7527
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.066	5	491
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.361	26.049	162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.679	15	486
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.432	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	512
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4424
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	854
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.252	0.2	645
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	2965
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	1829
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1932
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	316
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.103	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.068	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.219	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.213	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.319	1.252	1919
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.314	1.252	1917
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.907	1.878	2425
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.907	1.878	2425
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.334	1.496	1659
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.334	1.497	1660
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.413	2.153	2510
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.412	2.154	2511
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.747	17.479	3932
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.748	17.462	3930

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.539	0.247	528	0.207	3873	X-RAY DIFFRACTION	92.3416
1.539-1.581	0.22	535	0.178	3819	X-RAY DIFFRACTION	93.715
1.581-1.627	0.2	504	0.165	3808	X-RAY DIFFRACTION	94.7692
1.627-1.677	0.212	529	0.154	3639	X-RAY DIFFRACTION	94.9863
1.677-1.732	0.19	478	0.147	3564	X-RAY DIFFRACTION	95.2628
1.732-1.792	0.169	495	0.138	3401	X-RAY DIFFRACTION	95.2102
1.792-1.86	0.181	453	0.137	3342	X-RAY DIFFRACTION	95.3997
1.86-1.936	0.167	482	0.131	3174	X-RAY DIFFRACTION	95.782
1.936-2.022	0.152	418	0.125	3084	X-RAY DIFFRACTION	95.1889
2.022-2.12	0.162	431	0.124	2905	X-RAY DIFFRACTION	95.1783
2.12-2.235	0.155	377	0.121	2817	X-RAY DIFFRACTION	96.2338
2.235-2.37	0.168	364	0.127	2692	X-RAY DIFFRACTION	96.5866
2.37-2.533	0.175	343	0.136	2497	X-RAY DIFFRACTION	96.4346
2.533-2.736	0.166	311	0.138	2382	X-RAY DIFFRACTION	97.4665
2.736-2.996	0.164	326	0.134	2168	X-RAY DIFFRACTION	97.6125
2.996-3.348	0.155	259	0.135	1942	X-RAY DIFFRACTION	97.1315
3.348-3.863	0.152	256	0.131	1707	X-RAY DIFFRACTION	96.8426
3.863-4.724	0.152	208	0.128	1495	X-RAY DIFFRACTION	98.7819
4.724-6.65	0.153	180	0.141	1118	X-RAY DIFFRACTION	98.1104
6.65-40.69	0.182	93	0.18	591	X-RAY DIFFRACTION	93.0612

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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