PDB-8agq: Crystal structure of anthocyanin-related GSTF8 from Populus trich...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8agq

タイトル

Crystal structure of anthocyanin-related GSTF8 from Populus trichocarpa in complex with (-)-catechin and glutathione

要素

Glutathione transferase

キーワード

TRANSFERASE / Anthocyanin / Dehydratase

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione binding / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / response to toxic substance / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Populus trichocarpa (ブラックコットンウッド（ポプラ）)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.093 Å

データ登録者

Eichenberger, M. / Hueppi, S. / Schwander, T. / Mittl, P. / Buller, M.R.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Nat Catal / 年: 2023
タイトル: The catalytic role of glutathione transferases in heterologous anthocyanin biosynthesis.
著者: Eichenberger, M. / Schwander, T. / Huppi, S. / Kreuzer, J. / Mittl, P.R.E. / Peccati, F. / Jimenez-Oses, G. / Naesby, M. / Buller, R.M.

履歴

登録	2022年7月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8agq.cif.gz	204.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8agq.ent.gz	133 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8agq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8agq_validation.pdf.gz	995.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8agq_full_validation.pdf.gz	995.7 KB	表示
XML形式データ	8agq_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	8agq_validation.cif.gz	21.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/8agq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/8agq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5f07S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (11) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Glutathione transferase

ヘテロ分子

25.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutathione transferase

ヘテロ分子

A: Glutathione transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology, Homologous structures are dimeric
50.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.948, 55.447, 54.787
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.550, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-680- HOH

#1: タンパク質	Glutathione transferase 分子量: 24458.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Populus trichocarpa (ブラックコットンウッド（ポプラ）) 遺伝子: POPTR_017G138800 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B9MWW0, glutathione transferase
#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-M5O / (2~{S},3~{R})-2-[3,4-bis(oxidanyl)phenyl]-3,4-dihydro-2~{H}-chromene-3,5,7-triol / (-)-catechin / (-)-カテキン分子量: 290.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.96 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 1 part protein solution (30mM Tris pH 8, 200mM NaCl, 1mM EDTA) 1 part buffer (100mM MES pH 6.4, 200mM MgCl2, 17.9% PEG200)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999995 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999995 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.093→38.496 Å / Num. obs: 101092 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.051 / R_rim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 1.093→1.11 Å / R_merge(I) obs: 0.608 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 5007 / CC_1/2: 0.817 / R_rim(I) all: 0.667

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5F07

5f07

解像度: 1.093→38.496 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.978 / WR_factor R_free: 0.143 / WR_factor R_work: 0.124 / SU B: 0.888 / SU ML: 0.018 / Average fsc free: 0.977 / Average fsc work: 0.9799 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.026 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1488	4917	4.881 %
R_work	0.1324	95821	-
all	0.133	-	-
obs	-	100738	98.833 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.844 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.062 Å²	0 Å²	0.703 Å²
2-	-	-0.702 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.093→38.496 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1718	0	46	312	2076

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	2013
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	1857
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.727	1.641	2756
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.626	1.571	4358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.997	5	257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.589	5.769	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.937	10	365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.525	10	97
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	291
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2384
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	400
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.242	0.2	447
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	1641
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.2	956
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	956
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.22	0.2	215
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.377	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.232	0.2	97
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.331	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.808	1.372	962
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.807	14.686	962
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.533	2.065	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.532	2.152	1239
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	11.445	1.769	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	11.44		1052
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.808	2.484	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.805	2.484	1518
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.943	24.578	2504
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.731	20.543	2391
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	24.941	3	2013

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.093-1.122	0.231	338	0.209	7056	0.21	7546	0.963	0.971	97.9857	0.193
1.122-1.152	0.246	368	0.24	6907	0.24	7306	0.945	0.945	99.5757	0.228
1.152-1.186	0.166	340	0.145	6722	0.146	7080	0.982	0.986	99.7458	0.125
1.186-1.222	0.23	326	0.199	6541	0.2	6912	0.962	0.967	99.349	0.184
1.222-1.262	0.207	305	0.208	6364	0.208	6735	0.953	0.961	99.02	0.191
1.262-1.306	0.248	295	0.258	5963	0.257	6421	0.952	0.948	97.4615	0.239
1.306-1.356	0.146	274	0.119	5991	0.12	6293	0.988	0.991	99.5551	0.094
1.356-1.411	0.125	326	0.096	5690	0.098	6017	0.99	0.994	99.9834	0.079
1.411-1.474	0.155	302	0.125	5500	0.127	5804	0.984	0.991	99.9655	0.106
1.474-1.546	0.124	263	0.089	5234	0.09	5515	0.99	0.995	99.6736	0.073
1.546-1.629	0.103	246	0.076	5015	0.077	5264	0.993	0.997	99.943	0.066
1.629-1.728	0.121	231	0.077	4730	0.079	4965	0.992	0.996	99.9194	0.068
1.728-1.847	0.12	235	0.087	4439	0.089	4675	0.991	0.995	99.9786	0.08
1.847-1.994	0.207	186	0.197	4158	0.198	4374	0.971	0.966	99.3141	0.171
1.994-2.184	0.116	218	0.098	3776	0.099	4005	0.992	0.994	99.7253	0.098
2.184-2.441	0.134	180	0.11	3026	0.111	3649	0.99	0.993	87.8597	0.113
2.441-2.816	0.138	172	0.115	3064	0.116	3240	0.989	0.992	99.8765	0.125
2.816-3.445	0.128	131	0.123	2593	0.123	2732	0.991	0.99	99.7072	0.14
3.445-4.852	0.129	105	0.119	1902	0.119	2131	0.991	0.992	94.1811	0.144
4.852-38.496	0.144	76	0.158	1150	0.157	1226	0.989	0.987	100	0.197

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