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- PDB-8a2a: EGFR kinase domain in complex with 2-(6,7-dihydro-5H-pyrrolo[1,2-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a2a
タイトルEGFR kinase domain in complex with 2-(6,7-dihydro-5H-pyrrolo[1,2-c]imidazol-1-yl)-2-[6-[2-[4-[[4-(hydroxymethyl)-1-piperidyl]methyl]phenyl]ethynyl]-1-oxo-4-(trifluoromethyl)isoindolin-2-yl]-N-thiazol-2-yl-acetamide (form 2)
要素Epidermal growth factor receptor
キーワードTRANSFERASE / KINASE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / aerobic respiration / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane
類似検索 - 分子機能
NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KY9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Kuglstatter, A. / Ehler, A.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
F. Hoffmann-La Roche LTD スイス
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of Novel Allosteric EGFR L858R Inhibitors for the Treatment of Non-Small-Cell Lung Cancer as a Single Agent or in Combination with Osimertinib.
著者: Obst-Sander, U. / Ricci, A. / Kuhn, B. / Friess, T. / Koldewey, P. / Kuglstatter, A. / Hewings, D. / Goergler, A. / Steiner, S. / Rueher, D. / Imhoff, M.P. / Raschetti, N. / Marty, H.P. / ...著者: Obst-Sander, U. / Ricci, A. / Kuhn, B. / Friess, T. / Koldewey, P. / Kuglstatter, A. / Hewings, D. / Goergler, A. / Steiner, S. / Rueher, D. / Imhoff, M.P. / Raschetti, N. / Marty, H.P. / Dietzig, A. / Rynn, C. / Ehler, A. / Burger, D. / Kornacker, M. / Schaffland, J.P. / Herting, F. / Pao, W. / Bischoff, J.R. / Martoglio, B. / Alice Nagel, Y. / Jaeschke, G.
履歴
登録2022年6月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9963
ポリマ－37,2251
非ポリマー7712
水3,981221
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area15150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.184, 68.591, 104.286
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Epidermal growth factor receptor / Proto-oncogene c-ErbB-1 / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1


分子量: 37225.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-KY9 / (2R)-2-(6,7-dihydro-5H-pyrrolo[1,2-c]imidazol-1-yl)-2-[5-[2-[4-[[4-(hydroxymethyl)piperidin-1-yl]methyl]phenyl]ethynyl]-3-oxidanylidene-7-(trifluoromethyl)-1H-isoindol-2-yl]-N-(1,3-thiazol-2-yl)ethanamide


分子量: 674.735 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H33F3N6O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG Smear Medium, 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→68.59 Å / Num. obs: 40957 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.43→1.58 Å / Num. unique obs: 2156 / CC1/2: 0.67

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8A27

8a27


解像度: 1.43→57.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 3.066 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2233 2074 4.8 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.1897 40957 67.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.11 Å2 / Biso mean: 30.325 Å2 / Biso min: 12.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.43→57.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2456 0 53 221 2730
Biso mean--33.52 38.39 -
残基数----306
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0132599
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0152497
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8481.673534
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4491.5785775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1335315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.78222.114123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.18415474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5141516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022829
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02546
LS精密化 シェル解像度: 1.43→1.467 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 6 -
Rwork0.39 145 -
all-151 -
obs--3.28 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.0271 Å / Origin y: -8.7772 Å / Origin z: -14.3764 Å
111213212223313233
T0.0272 Å2-0.0006 Å20.001 Å2-0.0328 Å20.007 Å2--0.0512 Å2
L0.1154 °20.1172 °20.1921 °2-0.8781 °20.2787 °2--0.7463 °2
S-0.0343 Å °0.0027 Å °-0.0485 Å °-0.0916 Å °0.0134 Å °-0.0997 Å °-0.1348 Å °0.0263 Å °0.0209 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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