+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a1r | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | cryo-EM structure of thioredoxin glutathione reductase in complex with a non-competitive inhibitor | ||||||
要素 | Thioredoxin glutathione reductase | ||||||
キーワード | FLAVOPROTEIN / inhibitor / complex / flavoreductase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thioredoxin-disulfide reductase / glutathione-disulfide reductase (NADPH) activity / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Ardini, M. / Angelucci, F. / Fata, F. / Gabriele, F. / Effantin, G. / Ling, W. / Williams, D.L. / Petukhova, V.Z. / Petukhov, P.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Non-covalent inhibitors of thioredoxin glutathione reductase with schistosomicidal activity in vivo. 著者: Valentina Z Petukhova / Sammy Y Aboagye / Matteo Ardini / Rachel P Lullo / Francesca Fata / Margaret E Byrne / Federica Gabriele / Lucy M Martin / Luke N M Harding / Vamshikrishna Gone / ...著者: Valentina Z Petukhova / Sammy Y Aboagye / Matteo Ardini / Rachel P Lullo / Francesca Fata / Margaret E Byrne / Federica Gabriele / Lucy M Martin / Luke N M Harding / Vamshikrishna Gone / Bikash Dangi / Daniel D Lantvit / Dejan Nikolic / Rodolfo Ippoliti / Grégory Effantin / Wai Li Ling / Jeremy J Johnson / Gregory R J Thatcher / Francesco Angelucci / David L Williams / Pavel A Petukhov / 要旨: Only praziquantel is available for treating schistosomiasis, a disease affecting more than 200 million people. Praziquantel-resistant worms have been selected for in the lab and low cure rates from ...Only praziquantel is available for treating schistosomiasis, a disease affecting more than 200 million people. Praziquantel-resistant worms have been selected for in the lab and low cure rates from mass drug administration programs suggest that resistance is evolving in the field. Thioredoxin glutathione reductase (TGR) is essential for schistosome survival and a validated drug target. TGR inhibitors identified to date are irreversible and/or covalent inhibitors with unacceptable off-target effects. In this work, we identify noncovalent TGR inhibitors with efficacy against schistosome infections in mice, meeting the criteria for lead progression indicated by WHO. Comparisons with previous in vivo studies with praziquantel suggests that these inhibitors outperform the drug of choice for schistosomiasis against juvenile worms. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8a1r.cif.gz | 205.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8a1r.ent.gz | 170 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8a1r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8a1r_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8a1r_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8a1r_validation.xml.gz | 51.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8a1r_validation.cif.gz | 74.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/8a1r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/8a1r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15084MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65061.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 遺伝子: TGR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q962Y6, EC: 1.6.4.5 #2: 化合物 | #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
| |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 |
| |||||||||||||||||||||
由来(天然) |
| |||||||||||||||||||||
由来(組換発現) |
| |||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: filtered aqueous fresh solution | |||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| |||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Mono-dispersed TGR molecules in aqueous sample buffer containing DMSO and inhibitor | |||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293.15 K / 詳細: Blotting time= 7s, wait time= 10 s |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS / 詳細: Manual preliminar screening |
---|---|
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: DIFFRACTION / 倍率(公称値): 12000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 150 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2600 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50 |
-解析
EMソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1479588 | |||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 173572 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 2V6O |