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万見
- EMDB-8992: Cryo-electron tomogram of mouse rod connecting cilium and mother ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8992
タイトルCryo-electron tomogram of mouse rod connecting cilium and mother centriole with C9 sub-tomogram averaging
マップデータMap derived from C9 sub-tomogram averaging of B04.mrc. Used to generate Fig. 1a(1,3) and 1b-1h.
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Base of connecting cilium and mother centriole of mouse rod cell.
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Zhang Z / Liu J / Schmid MF / Wensel TG
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Eye InstituteR01-EY026545 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesP41-GM103832 米国
National Institutes of Health/National Eye InstituteR01-EY007981 米国
Robert A. Welch FoundationQ-0035 米国
Robert A. Welch FoundationAU-1714 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: Defining the layers of a sensory cilium with STORM and cryoelectron nanoscopy.
著者: Michael A Robichaux / Valencia L Potter / Zhixian Zhang / Feng He / Jun Liu / Michael F Schmid / Theodore G Wensel /
要旨: Primary cilia carry out numerous signaling and sensory functions, and defects in them, "ciliopathies," cause a range of symptoms, including blindness. Understanding of their nanometer-scale ciliary ...Primary cilia carry out numerous signaling and sensory functions, and defects in them, "ciliopathies," cause a range of symptoms, including blindness. Understanding of their nanometer-scale ciliary substructures and their disruptions in ciliopathies has been hindered by limitations of conventional microscopic techniques. We have combined cryoelectron tomography, enhanced by subtomogram averaging, with superresolution stochastic optical reconstruction microscopy (STORM) to define subdomains within the light-sensing rod sensory cilium of mouse retinas and reveal previously unknown substructures formed by resident proteins. Domains are demarcated by structural features such as the axoneme and its connections to the ciliary membrane, and are correlated with molecular markers of subcompartments, including the lumen and walls of the axoneme, the membrane glycocalyx, and the intervening cytoplasm. Within this framework, we report spatial distributions of key proteins in wild-type (WT) mice and the effects on them of genetic deficiencies in 3 models of Bardet-Biedl syndrome.
履歴
登録2018年7月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月2日-
マップ公開2019年10月2日-
更新2019年12月4日-
現状2019年12月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.16
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.16
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8992.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8992.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map derived from C9 sub-tomogram averaging of B04.mrc. Used to generate Fig. 1a(1,3) and 1b-1h.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8.9 Å/pix.
x 800 pix.
= 7120. Å		8.9 Å/pix.
x 800 pix.
= 7120. Å		8.9 Å/pix.
x 800 pix.
= 7120. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.9 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルムービー #1: 4.16
最小 - 最大-0.00000565859 - 4.4027042
平均 (標準偏差)2.3207843 (±1.6486316)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin27-160
サイズ800800800
Spacing800800800
セルA=B=C: 7119.9995 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z8.98.98.9
M x/y/z800800800
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z7120.0007120.0007120.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-16270
NC/NR/NS800800800
D min/max/mean-0.0004.4032.321

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添付データ

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追加マップ: Map constructed from IMOD. Used to generate Fig.1i (1).

ファイルemd_8992_additional_1.map
注釈Map constructed from IMOD. Used to generate Fig.1i (1).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map constructed from IMOD. Used to generate Fig. 1a(1,3).

ファイルemd_8992_additional_2.map
注釈Map constructed from IMOD. Used to generate Fig. 1a(1,3).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map constructed from IMOD. Used to generate Fig. 1i(3,4).

ファイルemd_8992_additional_3.map
注釈Map constructed from IMOD. Used to generate Fig. 1i(3,4).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Base of connecting cilium and mother centriole of mouse rod cell.

全体名称: Base of connecting cilium and mother centriole of mouse rod cell.
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Base of connecting cilium and mother centriole of mouse rod cell.

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超分子 #1: Base of connecting cilium and mother centriole of mouse rod cell.

超分子名称: Base of connecting cilium and mother centriole of mouse rod cell.
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Mouse rod cell fragments were isolated by density gradient centrifugation and applied to EM grid for plunge freezing.
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57Bl6/J / 器官: eye / 組織: retina / Organelle: connecting cilium and basal body / 細胞中の位置: base of outer segment

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: Ringer's buffer
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細Isolate rod cell fragments applied to grid.
Cryo protectantNone- aqueous buffer
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Electron Microscopy Sciences / 直径: 15 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-8 / 平均電子線量: 1.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.009 µm / 倍率（公称値）: 9400
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア: (名称: IMOD, EMAN2, UCSF Chimera) / 使用した粒子像数: 35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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