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- EMDB-8814: 70S ribosome-EF-Tu H84A complex with GppNHp -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8814
タイトル70S ribosome-EF-Tu H84A complex with GppNHp
マップデータ
試料
  • 複合体: 70S ribosome-EF-Tu (H84A) in complex with GppNHp
    • RNA: x 6種
    • タンパク質・ペプチド: x 52種
  • リガンド: x 6種
キーワードtranslation / GTPase / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


guanyl-nucleotide exchange factor complex / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / translational elongation / RNA folding ...guanyl-nucleotide exchange factor complex / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / translational elongation / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translation elongation factor activity / translational termination / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / response to reactive oxygen species / transcription antitermination / regulation of cell growth / translational initiation / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / : / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 ...Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / : / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / : / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / : / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L20 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 ...Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Elongation factor Tu 2 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Fislage M / Brown Z
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM29169 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM shows stages of initial codon selection on the ribosome by aa-tRNA in ternary complex with GTP and the GTPase-deficient EF-TuH84A.
著者: Marcus Fislage / Jingji Zhang / Zuben Patrick Brown / Chandra Sekhar Mandava / Suparna Sanyal / Måns Ehrenberg / Joachim Frank /
要旨: The GTPase EF-Tu in ternary complex with GTP and aminoacyl-tRNA (aa-tRNA) promotes rapid and accurate delivery of cognate aa-tRNAs to the ribosomal A site. Here we used cryo-EM to study the molecular ...The GTPase EF-Tu in ternary complex with GTP and aminoacyl-tRNA (aa-tRNA) promotes rapid and accurate delivery of cognate aa-tRNAs to the ribosomal A site. Here we used cryo-EM to study the molecular origins of the accuracy of ribosome-aided recognition of a cognate ternary complex and the accuracy-amplifying role of the monitoring bases A1492, A1493 and G530 of the 16S rRNA. We used the GTPase-deficient EF-Tu variant H84A with native GTP, rather than non-cleavable GTP analogues, to trap a near-cognate ternary complex in high-resolution ribosomal complexes of varying codon-recognition accuracy. We found that ribosome complexes trapped by GTPase-deficicent ternary complex due to the presence of EF-TuH84A or non-cleavable GTP analogues have very similar structures. We further discuss speed and accuracy of initial aa-tRNA selection in terms of conformational changes of aa-tRNA and stepwise activation of the monitoring bases at the decoding center of the ribosome.
履歴
登録2017年7月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年8月2日-
マップ公開2018年4月25日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5we4
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8814.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8814.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 240.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.98 Å/pix.
x 398 pix.
= 390.04 Å		0.98 Å/pix.
x 398 pix.
= 390.04 Å		0.98 Å/pix.
x 398 pix.
= 390.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.98 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00677 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.1492412 - 0.30676153
平均 (標準偏差)0.0011343576 (±0.009996673)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ398398398
Spacing398398398
セルA=B=C: 390.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.980.980.98
M x/y/z398398398
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z390.040390.040390.040
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS398398398
D min/max/mean-0.1490.3070.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_8814_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_8814_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_8814_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 70S ribosome-EF-Tu (H84A) in complex with GppNHp

全体名称: 70S ribosome-EF-Tu (H84A) in complex with GppNHp
要素
  • 複合体: 70S ribosome-EF-Tu (H84A) in complex with GppNHp
    • RNA: 23S rRNA
    • RNA: 5S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L11
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L10
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
    • RNA: 16S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S21
    • RNA: tRNA-fMet
    • RNA: mRNA
    • RNA: Phe-tRNA-Phe
    • タンパク質・ペプチド: Elongation factor Tu 2
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: N-FORMYLMETHIONINE
  • リガンド: PHENYLALANINE
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
  • リガンド: water

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超分子 #1: 70S ribosome-EF-Tu (H84A) in complex with GppNHp

超分子名称: 70S ribosome-EF-Tu (H84A) in complex with GppNHp / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#58
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)

+
分子 #1: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 941.548438 KDa
配列文字列: GGUUAAGCGA CUAAGCGUAC ACGGUGGAUG CCCUGGCAGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG CUAAUCUGCG AUAAGCGUCG GUAAGGUGA UAUGAACCGU UAUAACCGGC GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGUGUGUUU CGACACACUA UCAUUAACUG A AUCCAUAG ...文字列:
GGUUAAGCGA CUAAGCGUAC ACGGUGGAUG CCCUGGCAGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG CUAAUCUGCG AUAAGCGUCG GUAAGGUGA UAUGAACCGU UAUAACCGGC GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGUGUGUUU CGACACACUA UCAUUAACUG A AUCCAUAG GUUAAUGAGG CGAACCGGGG GAACUGAAAC AUCUAAGUAC CCCGAGGAAA AGAAAUCAAC CGAGAUUCCC CC AGUAGCG GCGAGCGAAC GGGGAGGAGC CCAGAGCCUG AAUCAGUGUG UGUGUUAGUG GAAGCGUCUG GAAAGGCGCG CGA UACAGG GUGACAGCCC CGUACACAAA AAUGCACAUG CUGUGAGCUC GAUGAGUAGG GCGGGACACG UGGUAUCCUG UCUG AAUAU GGGGGGACCA UCCUCCAAGG CUAAAUACUC CUGACUGACC GAUAGUGAAC CAGUACCGUG AGGGAAAGGC GAAAA GAAC CCCGGCGAGG GGAGUGAAAA AGAACCUGAA ACCGUGUACG UACAAGCAGU GGGAGCAUGC UUAGGCGUGU GACUGC GUA CCUUUUGUAU AAUGGGUCAG CGACUUAUAU UCUGUAGCAA GGUUAACCGA AUAGGGGAGC CGAAGGGAAA CCGAGUC UU AACUGGGCGU UAAGUUGCAG GGUAUAGACC CGAAACCCGG UGAUCUAGCC AUGGGCAGGU UGAAGGUUGG GUAACACU A ACUGGAGGAC CGAACCGACU AAU(1MG)(PSU)(5MC)GAAA AAUUAGCGGA UGACUUGUGG CUGGGGGUGA AAGGCCA AU CAAACCGGGA GAUAGCUGGU UCUCCCCGAA AGCUAUUUAG GUAGCGCCUC GUGAACUCAU CUCCGGGGGU AGAGCACU G UUUCGGCAAG GGGGUCAUCC CGACUUACCA ACCCGAUGCA AACUGCGAAU ACCGGAGAAU GUUAUCACGG GAGACACAC GGCGGG(PSU)GCU AACGUCCGUC GUGAAGAGGG AAACAACCCA GACCGCCAGC UAAGGUCCCA AAGUCAUGGU UAAGUG GGA AACGAUGUGG GAAGGCCCAG ACAGCCAGGA UGUUGGCUUA GAAGCAGCCA UCAUUUAAAG AAAGCGUAAU AGCUCAC UG GUCGAGUCGG CCUGCGCGGA AGAUGUAACG GGGCUAAACC AUGCACCGAA GCUGCGGCAG CGACGCUUAU GCGUUGUU G GGUAGGGGAG CGUUCUGUAA GCCUGUGAAG GUGUACUGUG AGGUAUGCUG GAGGUAUCAG AAGUGCGAAU GCUGACAUA AGUAACGAUA AAGCGGGUGA AAAGCCCGCU CGCCGGAAGA CCAAGGGUUC CUGUCCAACG UUAAUCGGGG CAGGGUGAGU CGACCCCUA AGGCGAGGCC GAAAGGCGUA GUCGAUGGGA AACAGGUUAA UAUUCCUGUA CUUGGUGUUA CUGCGAAGGG G GGACGGAG AAGGCUAUGU UGGCCGGGCG ACGGUUGUCC CGGUUUAAGC GUGUAGGCUG GUUUUCCAGG CAAAUCCGGA AA AUCAAGG CUGAGGCGUG AUGACGAGGC ACUACGGUGC UGAAGCAACA AAUGCCCUGC UUCCAGGAAA AGCCUCUAAG CAU CAGGUA ACAUCAAAUC GUACCCCAAA CCGACAC(6MZ)GG UGGUCAGGUA GAGAAUACCA AGGCGCUUGA GAGAACUCGG GUGAAGGAA CUAGGCAAAA UGGUGCCGUA ACUUCGGGAG AAGGCACGCU GAUAUGUAGG UGAGGCGACU UGCUCGUGGA G CUGAAAUC AGUCGAAGAU ACCAGCUGGC UGCAACUGUU UAUUAAAAAC ACAGCACUGU GCAAACACGA AAGUGGACGU AU ACGGUGU GACGCCU(2MG)CC CGGUGCCGGG AGGUUAAUUG AUGGGGUUAG CGCAAGCGAA GCUCUUGAUC GAAGCCCCG GUAAACGGCG GCCG(PSU)AAC(3TD)A (PSU)AACGGUCCU AAGGUAGCGA AA(5MU)UCCUUGU CGGGUAAGUU CCGA C(5MC)UGC ACGAAUGGCG UAAUGAUGGC CAGGCUGUCU CCACCCGAGA CUCAGUGAAA UUGAACUCGC UGUG(6MZ)AG AU GCAGUGUACC CGCGGCAAGA CGGAAAGACC CCGU(7MG)AACCU UUACUAUAGC UUGACACUGA ACAUUGAGCC UUGA UGUGU AGGAUAGGUG GGAGGCUUUG AAGUGUGGAC GCCAGUCUGC AUGGAGCCGA CCUUGAAAUA CCACCCUUUA AUGUU UGAU GUUCUAACGU UGACCCGUAA UCCGGGUUGC GGACAGUGUC UGGUGGGUAG UUUGACUG(OMG)G GCGGUCUCCU CC UAAAGAG UAACGGAGGA GCACGAAGGU UGGCUAAUCC UGGUCGGACA UCAGGAGGUU AGUGCAAUGG CAUAAGCCAG CUU GACUGC GAGCGUGACG GCGCGAGCAG GUGCGAAAGC AGGUCAUAGU GAUCCGGUGG UUCUGAAUGG AAGGGCCAUC GCUC AACGG AUAAAAGGUA CUCCG(2MG)GGA(H2U) AACAGGC(PSU)GA UACCGCCCAA GAGUUCAUAU CGACGGCGGU GUU UGGCA(OMC) CUCG(2MA)(PSU)GUCG GCUCAUCACA UCCUGGGGCU GAAGUAGGUC CCAAGGGUAU GGC(OMU)GUUC G CCAUUUAAAG UGGUACGCGA GC(PSU)GGGUUUA GAACGUCGUG AGACAG(PSU)(PSU)CG GUCCCUAUCU GCCGUGG GC GCUGGAGAAC UGAGGGGGGC UGCUCCUAGU ACGAGAGGAC CGGAGUGGAC GCAUCACUGG UGUUCGGGUU GUCAUGCC A AUGGCACUGC CCGGUAGCUA AAUGCGGAAG AGAUAAGUGC UGAAAGCAUC UAAGCACGAA ACUUGCCCCG AGAUGAGUU CUCCCUGACU CCUUGAGAGU CCUGAAGGAA CGUUGAAGAC GACGACGUUG AUAGGCCGGG UGUGUAAGCG CAGCGAUGCG UUGAGCUAA CCGGUACUAA UGAACCGUGA GGCUUAACCU

GENBANK: GENBANK: CP009789.1

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分子 #2: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 38.813133 KDa
配列文字列:
UGCCUGGCGG CCGUAGCGCG GUGGUCCCAC CUGACCCCAU GCCGAACUCA GAAGUGAAAC GCCGUAGCGC CGAUGGUAGU GUGGGGUCU CCCCAUGCGA GAGUAGGGAA CUGCCAGGCA A

GENBANK: GENBANK: AP017610.1

+
分子 #34: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 34 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 499.239 KDa
配列文字列: AAAUUGAAGA GUUUGAUCAU GGCUCAGAUU GAACGCUGGC GGCAGGCCUA ACACAUGCAA GUCGAACGGU AACAGGAAGA AGCUUGCUU CUUUGCUGAC GAGUGGCGGA CGGGUGAGUA AUGUCUGGGA AACUGCCUGA UGGAGGGGGA UAACUACUGG A AACGGUAG ...文字列:
AAAUUGAAGA GUUUGAUCAU GGCUCAGAUU GAACGCUGGC GGCAGGCCUA ACACAUGCAA GUCGAACGGU AACAGGAAGA AGCUUGCUU CUUUGCUGAC GAGUGGCGGA CGGGUGAGUA AUGUCUGGGA AACUGCCUGA UGGAGGGGGA UAACUACUGG A AACGGUAG CUAAUACCGC AUAACGUCGC AAGACCAAAG AGGGGGACCU UCGGGCCUCU UGCCAUCGGA UGUGCCCAGA UG GGAUUAG CUAGUAGGUG GGGUAACGGC UCACCUAGGC GACGAUCCCU AGCUGGUCUG AGAGGAUGAC CAGCCACACU GGA ACUGAG ACACGGUCCA GACUCCUACG GGAGGCAGCA GUGGGGAAUA UUGCACAAUG GGCGCAAGCC UGAUGCAGCC AUGC CGCGU GUAUGAAGAA GGCCUUCGGG UUGUAAAGUA CUUUCAGCGG GGAGGAAGGG AGUAAAGUUA AUACCUUUGC UCAUU GACG UUACCCGCAG AAGAAGCACC GGCUAACUCC G(PSU)GCCAGCAG CC(7MG)CGGUAAU ACGGAGGGUG CAAGCGUU A AUCGGAAUUA CUGGGCGUAA AGCGCACGCA GGCGGUUUGU UAAGUCAGAU GUGAAAUCCC CGGGCUCAAC CUGGGAACU GCAUCUGAUA CUGGCAAGCU UGAGUCUCGU AGAGGGGGGU AGAAUUCCAG GUGUAGCGGU GAAAUGCGUA GAGAUCUGGA GGAAUACCG GUGGCGAAGG CGGCCCCCUG GACGAAGACU GACGCUCAGG UGCGAAAGCG UGGGGAGCAA ACAGGAUUAG A UACCCUGG UAGUCCACGC CGUAAACGAU GUCGACUUGG AGGUUGUGCC CUUGAGGCGU GGCUUCCGGA GCUAACGCGU UA AGUCGAC CGCCUGGGGA GUACGGCCGC AAGGUUAAAA CUCAAAUGAA UUGACGGGGG CCCGCACAAG CGGUGGAGCA UGU GGUUUA AUUCGAU(2MG)(5MC)A ACGCGAAGAA CCUUACCUGG UCUUGACAUC CACGGAAGUU UUCAGAGAUG AGAAUG UGC CUUCGGGAAC CGUGAGACAG GUGCUGCAUG GCUGUCGUCA GCUCGUGUUG UGAAAUGUUG GGUUAAGUCC CGCAACG AG CGCAACCCUU AUCCUUUGUU GCCAGCGGUC CGGCCGGGAA CUCAAAGGAG ACUGCCAGUG AUAAACUGGA GGAAGGUG G GGAUGACGUC AAGUCAUCAU G(2MG)CCCUUACG ACCAGGGCUA CACACGUGCU ACAAUGGCGC AUACAAAGAG AAGCG ACCU CGCGAGAGCA AGCGGACCUC AUAAAGUGCG UCGUAGUCCG GAUUGGAGUC UGCAACUCGA CUCCAUGAAG UCGGAA UCG CUAGUAAUCG UGGAUCAGAA UGCCACGGUG AAUACGUUCC CGGGCCUUGU ACACACCG(4OC)C CGU(5MC)ACACC AUGGGAGUGG GUUGCAAAAG AAGUAGGUAG CUUAACCUUC GGGAGGGCGC UUACCACUUU GUGAUUCAUG ACUGGGGUGA AGUCG(UR3)AAC AAGGUAACCG UAGG(2MG)G(MA6)(MA6)CC UGCGGUUGGA UCACCUCCU

GENBANK: GENBANK: CP010152.1

+
分子 #55: tRNA-fMet

分子名称: tRNA-fMet / タイプ: rna / ID: 55 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 24.818893 KDa
配列文字列:
CGCGGGG(4SU)GG AGCAGCCUGG (H2U)AGCUCGUCG GGCUCAUAAC CCGAAGAUCG UCGG(5MU)(PSU)CAAA UCCG GCCCC CGCAACCA

GENBANK: GENBANK: CP009789.1

+
分子 #56: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 56 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli
分子量理論値: 3.77328 KDa
配列文字列:
ACUAUGUUCA CG

+
分子 #57: Phe-tRNA-Phe

分子名称: Phe-tRNA-Phe / タイプ: rna / ID: 57 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 24.649912 KDa
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+
分子 #3: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
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AVVKCKPTSP GRRHVVKVVN PELHKGKPFA PLLEKNSKSG GRNNNGRITT RHIGGGHKQA YRIVDFKRNK DGIPAVVERL EYDPNRSAN IALVLYKDGE RRYILAPKGL KAGDQIQSGV DAAIKPGNTL PMRNIPVGST VHNVEMKPGK GGQLARSAGT Y VQIVARDG AYVTLRLRSG EMRKVEADCR ATLGEVGNAE HMLRVLGKAG AARWRGVRPT VRGTAMNPVD HPHGGGEGRN FG KHPVTPW GVQTKGKKTR SNKRTDKFIV RRRS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
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IGLVGKKVGM TRIFTEDGVS IPVTVIEVEA NRVTQVKDLA NDGYRAIQVT TGAKKANRVT KPEAGHFAKA GVEAGRGLWE FRLAEGEEF TVGQSISVEL FADVKKVDVT GTSKGKGFAG TVKRWNFRTQ DATHGNSLSH RVPGSIGQNQ TPGKVFKGKK M AGQMGNER VTVQSLDVVR VDAERNLLLV KGAVPGATGS DLIVKPAVKA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
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ELVLKDAQSA LTVSETTFGR DFNEALVHQV VVAYAAGARQ GTRAQKTRAE VTGSGKKPWR QKGTGRARSG SIKSPIWRSG GVTFAARPQ DHSQKVNKKM YRGALKSILS ELVRQDRLIV VEKFSVEAPK TKLLAQKLKD MALEDVLIIT GELDENLFLA A RNLHKVDV RDATGIDPVS LIAFDKVVMT ADAVKQVEEM LA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 20.073234 KDa
配列文字列:
AKLHDYYKDE VVKKLMTEFN YNSVMQVPRV EKITLNMGVG EAIADKKLLD NAAADLAAIS GQKPLITKAR KSVAGFKIRQ GYPIGCKVT LRGERMWEFF ERLITIAVPR IRDFRGLSAK SFDGRGNYSM GVREQIIFPE IDYDKVDRVR GLDITITTTA K SDEEGRAL LAAFDFPFR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 18.543238 KDa
配列文字列:
SRVAKAPVVV PAGVDVKING QVITIKGKNG ELTRTLNDAV EVKHADNTLT FGPRDGYADG WAQAGTARAL LNSMVIGVTE GFTKKLQLV GVGYRAAVKG NVINLSLGFS HPVDHQLPAG ITAECPTQTE IVLKGADKQV IGQVAADLRA YRRPEPYKGK G VRYADEVV RTKEAK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 15.78902 KDa
配列文字列:
MQVILLDKVA NLGSLGDQVN VKAGYARNFL VPQGKAVPAT KKNIEFFEAR RAELEAKLAE VLAAANARAE KINALETVTI ASKAGDEGK LFGSIGTRDI ADAVTAAGVE VAKSEVRLPN GVLRTTGEHE VSFQVHSEVF AKVIVNVVAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL9

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L11

分子名称: 50S ribosomal protein L11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 14.763165 KDa
配列文字列:
AKKVQAYVKL QVAAGMANPS PPVGPALGQQ GVNIMEFCKA FNAKTDSIEK GLPIPVVITV YADRSFTFVT KTPPAAVLLK KAAGIKSGS GKPNKDKVGK ISRAQLQEIA QTKAADMTGA DIEAMTRSIE GTARSMGLVV ED

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL11

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 15.937448 KDa
配列文字列:
MKTFTAKPET VKRDWYVVDA TGKTLGRLAT ELARRLRGKH KAEYTPHVDT GDYIIVLNAD KVAVTGNKRT DKVYYHHTGH IGGIKQATF EEMIARRPER VIEIAVKGML PKGPLGRAMF RKLKVYAGNE HNHAAQQPQV LD

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 13.45191 KDa
配列文字列:
MIQEQTMLNV ADNSGARRVM CIKVLGGSHR RYAGVGDIIK ITIKEAIPRG KVKKGDVLKA VVVRTKKGVR RPDGSVIRFD GNACVLLNN NSEQPIGTRI FGPVTRELRS EKFMKIISLA PEV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 14.879357 KDa
配列文字列:
MRLNTLSPAE GSKKAGKRLG RGIGSGLGKT GGRGHKGQKS RSGGGVRRGF EGGQMPLYRR LPKFGFTSRK AAITAEIRLS DLAKVEGGV VDLNTLKAAN IIGIQIEFAK VILAGEVTTP VTVRGLRVTK GARAAIEAAG GKIE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 15.312269 KDa
配列文字列:
MLQPKRTKFR KMHKGRNRGL AQGTDVSFGS FGLKAVGRGR LTARQIEAAR RAMTRAVKRQ GKIWIRVFPD KPITEKPLAV RMGKGKGNV EYWVALIQPG KVLYEMDGVP EELAREAFKL AAAKLPIKTT FVTKTVM

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 13.592823 KDa
配列文字列:
MRHRKSGRQL NRNSSHRQAM FRNMAGSLVR HEIIKTTLPK AKELRRVVEP LITLAKTDSV ANRRLAFART RDNEIVAKLF NELGPRFAS RAGGYTRILK CGFRAGDNAP MAYIELVDRS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 12.663471 KDa
配列文字列:
DKKSARIRRA TRARRKLQEL GATRLVVHRT PRHIYAQVIA PNGSEVLVAA STVEKAIAEQ LKYTGNKDAA AAVGKAVAER ALEKGIKDV SFDRSGFQYH GRVQALADAA REAGLQF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 13.028082 KDa
配列文字列:
SNIIKQLEQE QMKQDVPSFR PGDTVEVKVW VVEGSKKRLQ AFEGVVIAIR NRGLHSAFTV RKISNGEGVE RVFQTHSPVV DSISVKRRG AVRKAKLYYL RERTGKAARI KERLN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 13.212593 KDa
配列文字列:
ARVKRGVIAR ARHKKILKQA KGYYGARSRV YRVAFQAVIK AGQYAYRDRR QRKRQFRQLW IARINAAARQ NGISYSKFIN GLKKASVEI DRKILADIAV FDKVAFTALV EKAKAA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 11.515297 KDa
配列文字列:
MYAVFQSGGK QHRVSEGQTV RLEKLDIATG ETVEFAEVLM IANGEEVKIG VPFVDGGVIK AEVVAHGRGE KVKIVKFRRR KHYRKQQGH RQWFTDVKIT GIS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 12.096166 KDa
配列文字列:
METIAKHRHA RSSAQKVRLV ADLIRGKKVS QALDILTYTN KKAAVLVKKV LESAIANAEH NDGADIDDLK VTKIFVDEGP SMKRIMPRA KGRADRILKR TSHITVVVSD

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 10.415276 KDa
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IREERLLKVL RAPHVSEKAS TAMEKSNTIV LKVAKDATKA EIKAAVQKLF EVEVEVVNTL VVKGKVKRHG QRIGRRSDWK KAYVTLKEG QNL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 11.078874 KDa
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UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 10.51119 KDa
配列文字列:
FTINAEVRKE QGKGASRRLR AANKFPAIIY GGKEAPLAIE LDHDKVMNMQ AKAEFYSEVL TIVVDGKEIK VKAQDVQRHP YKPKLQHID FVR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL25

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 8.146384 KDa
配列文字列:
TRNGRDSEAK RLGVKRFGGE SVLAGSIIVR QRGTKFHAGA NVGCGRDHTL FAKADGKVKF EVKGPKNRKF ISIEA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 8.896354 KDa
配列文字列:
SRVCQVTGKR PVTGNNRSHA LNATKRRFLP NLHSHRFWVE SEKRFVTLRV SAKGMRVIDK KGIDTVLAEL RARGEKY

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 7.087256 KDa
配列文字列:
MKAKELREKS VEELNTELLN LLREQFNLRM QAASGQLQQS HLLKQVRRDV ARVKTLLNEK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 6.223433 KDa
配列文字列:
KTIKITQTRS AIGRLPKHKA TLLGLGLRRI GHTVEREDTP AIRGMINAVS FMVKVE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 6.203069 KDa
配列文字列:
AVQQNKPTRS KRGMRRSHDA LTAVTSLSVD KTSGEKHLRH HITADGYYRG RKVIA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 5.928 KDa
配列文字列:
GIREKIKLVS SAGTGHFYTT TKNKRTKPEK LELKKFDPVV RQHVIYKEAK I

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 5.268283 KDa
配列文字列:
MKRTFQPSVL KRNRSHGFRA RMATKNGRQV LARRRAKGRA RLTVS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 7.181835 KDa
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PKIKTVRGAA KRFKKTGKGG FKHKHANLRH ILTKKATKRK RHLRPKAMVS KGDLGLVIAC LPYA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 4.37739 KDa
配列文字列:
MKVRASVKKL CRNCKIVKRD GVIRVICSAE PKHKQRQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36A

+
分子 #32: 50S ribosomal protein L10

分子名称: 50S ribosomal protein L10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 14.112345 KDa
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MALNLQDKQA IVAEVSEVAK GALSAVVADS RGVTVDKMTE LRKAGREAGV YMRVVRNTLL RRAVEGTPFE CLKDAFVGPT LIAYSMEHP GAAARLFKEF AKANAKFEVK AAAFEGELIP ASQIDRLATL PT

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL10

+
分子 #33: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
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分子量理論値: 7.516693 KDa
配列文字列:
MKKDIHPKYE EITASCSCGN VMKIRSTVGH DLNLDVCSKC HPFFTGKQRD VATGGRVDRF NKRFNI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL31

+
分子 #35: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
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分子量理論値: 24.253943 KDa
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MLKAGVHFGH QTRYWNPKMK PFIFGARNKV HIINLEKTVP MFNEALAELN KIASRKGKIL FVGTKRAASE AVKDAALSCD QFFVNHRWL GGMLTNWKTV RQSIKRLKDL ETQSQDGTFD KLTKKEALMR TRELEKLENS LGGIKDMGGL PDALFVIDAD H EHIAIKEA NNLGIPVFAI VDTNSDPDGV DFVIPGNDDA IRAVTLYLGA VAATVREGRS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #36: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 23.078785 KDa
配列文字列: GQKVHPNGIR LGIVKPWNST WFANTKEFAD NLDSDFKVRQ YLTKELAKAS VSRIVIERPA KSIRVTIHTA RPGIVIGKKG EDVEKLRKV VADIAGVPAQ INIAEVRKPE LDAKLVADSI TSQLERRVMF RRAMKRAVQN AMRLGAKGIK VEVSGRLGGA E IARTEWYR ...文字列:
GQKVHPNGIR LGIVKPWNST WFANTKEFAD NLDSDFKVRQ YLTKELAKAS VSRIVIERPA KSIRVTIHTA RPGIVIGKKG EDVEKLRKV VADIAGVPAQ INIAEVRKPE LDAKLVADSI TSQLERRVMF RRAMKRAVQN AMRLGAKGIK VEVSGRLGGA E IARTEWYR EGRVPLHTLR ADIDYNTSEA HTTYGVIGVK VWIFKGEI

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #37: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 23.383002 KDa
配列文字列: ARYLGPKLKL SRREGTDLFL KSGVRAIDTK CKIEQAPGQH GARKPRLSDY GVQLREKQKV RRIYGVLERQ FRNYYKEAAR LKGNTGENL LALLEGRLDN VVYRMGFGAT RAEARQLVSH KAIMVNGRVV NIASYQVSPN DVVSIREKAK KQSRVKAALE L AEQREKPT ...文字列:
ARYLGPKLKL SRREGTDLFL KSGVRAIDTK CKIEQAPGQH GARKPRLSDY GVQLREKQKV RRIYGVLERQ FRNYYKEAAR LKGNTGENL LALLEGRLDN VVYRMGFGAT RAEARQLVSH KAIMVNGRVV NIASYQVSPN DVVSIREKAK KQSRVKAALE L AEQREKPT WLEVDAGKME GTFKRKPERS DLSADINEHL IVELYSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #38: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 16.532088 KDa
配列文字列:
ELQEKLIAVN RVSKTVKGGR IFSFTALTVV GDGNGRVGFG YGKAREVPAA IQKAMEKARR NMINVALNNG TLQHPVKGVH TGSRVFMQP ASEGTGIIAG GAMRAVLEVA GVHNVLAKAY GSTNPINVVR ATIDGLENMN SPEMVAAKRG KSVEEILG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #39: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 11.669371 KDa
配列文字列:
MRHYEIVFMV HPDQSEQVPG MIERYTAAIT GAEGKIHRLE DWGRRQLAYP INKLHKAHYV LMNVEAPQEV IDELETTFRF NDAVIRSMV MRTKHAVTEA S

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #40: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 16.861523 KDa
配列文字列:
PRRRVIGQRK ILPDPKFGSE LLAKFVNILM VDGKKSTAES IVYSALETLA QRSGKSELEA FEVALENVRP TVEVKSRRVG GSTYQVPVE VRPVRRNALA MRWIVEAARK RGDKSMALRL ANELSDAAEN KGTAVKKRED VHRMAEANKA FA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #41: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 14.015361 KDa
配列文字列:
SMQDPIADML TRIRNGQAAN KAAVTMPSSK LKVAIANVLK EEGFIEDFKV EGDTKPELEL TLKYFQGKAV VESIQRVSRP GLRIYKRKD ELPKVMAGLG IAVVSTSKGV MTDRAARQAG LGGEIICYVA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #42: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 14.554882 KDa
配列文字列:
NQYYGTGRRK SSAARVFIKP GNGKIVINQR SLEQYFGRET ARMVVRQPLE LVDMVEKLDL YITVKGGGIS GQAGAIRHGI TRALMEYDE SLRSELRKAG FVTRDARQVE RKKVGLRKAR RRPQFSKR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #43: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 11.196988 KDa
配列文字列:
RIRIRLKAFD HRLIDQATAE IVETAKRTGA QVRGPIPLPT RKERFTVLIS PHVNKDARDQ YEIRTHLRLV DIVEPTEKTV DALMRLDLA AGVDVQISL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #44: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 12.388068 KDa
配列文字列:
RKQVSDGVAH IHASFNNTIV TITDRQGNAL GWATAGGSGF RGSRKSTPFA AQVAAERCAD AVKEYGIKNL EVMVKGPGPG RESTIRALN AAGFRITNIT DVTPIPHNGC RPPKKRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #45: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 13.436703 KDa
配列文字列:
ATVNQLVRKP RARKVAKSNV PALEACPQKR GVCTRVYTTT PKKPNSALRK VCRVRLTNGF EVTSYIGGEG HNLQEHSVIL IRGGRVKDL PGVRYHTVRG ALDCSGVKDR KQARSKYGVK RP

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #46: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 12.738911 KDa
配列文字列:
ARIAGINIPD HKHAVIALTS IYGVGKTRSK AILAAAGIAE DVKISELSEG QIDTLRDEVA KFVVEGDLRR EISMSIKRLM DLGCYRGLR HRRGLPVRGQ RTKTNARTRK GPRKPI

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #47: 30S ribosomal protein S14

分子名称: 30S ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 11.546442 KDa
配列文字列:
AKQSMKAREV KRVALADKYF AKRAELKAII SDVNAASDED RWNAVLKLQT LPRDSSPSRQ RNRCRQTGRP HGFLRKFGLS RIKVREAAM RGEIPGLKKA SW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #48: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 10.159621 KDa
配列文字列:
SLSTEATAKI VSEFGRDAND TGSTEVQVAL LTAQINHLQG HFAEHKKDHH SRRGLLRMVS QRRKLLDYLK RKDVARYTQL IERLGLRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #49: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 9.207572 KDa
配列文字列:
MVTIRLARHG AKKRPFYQVV VADSRNARNG RFIERVGFFN PIASEKEEGT RLDLDRIAHW VGQGATISDR VAALIKEVNK AA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #50: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 9.263946 KDa
配列文字列:
KIRTLQGRVV SDKMEKSIVV AIERFVKHPI YGKFIKRTTK LHVHDENNEC GIGDVVEIRE CRPLSKTKSW TLVRVVEKAV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #51: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 7.606768 KDa
配列文字列:
FCRFTAEGVQ EIDYKDIATL KNYITESGKI VPSRITGTRA KYQRQLARAI KRARYLSLLP YTDRH

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18

+
分子 #52: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 52 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 9.057626 KDa
配列文字列:
RSLKKGPFID LHLLKKVEKA VESGDKKPLR TWSRRSTIFP NMIGLTIAVH NGRQHVPVFV TDEMVGHKLG EFAPTRTYR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #53: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 53 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 9.50619 KDa
配列文字列:
NIKSAKKRAI QSEKARKHNA SRRSMMRTFI KKVYAAIEAG DKAAAQKAFN EMQPIVDRQA AKGLIHKNKA ARHKANLTAQ INKLA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

+
分子 #54: 30S ribosomal protein S21

分子名称: 30S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 54 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 7.763073 KDa
配列文字列:
IKVRENEPFD VALRRFKRSC EKAGVLAEVR RREFYEKPTT ERKRAKASAV KRHAKKLARE NARRT

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS21

+
分子 #58: Elongation factor Tu 2

分子名称: Elongation factor Tu 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 58 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600
分子量理論値: 43.238312 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SKEKFERTKP HVNVGTIGHV DHGKTTLTAA ITTVLAKTYG GAARAFNQID NAPEEKARGI TINTSHVEYD TPTRHYAHVD CPGHADYVK NMITGAAQMD GAILVVAATD GPMPQTREHI LLGRQVGVPY IIVFLNKCDM VDDEELLELV EMEVRELLSQ Y DFPGDDTP ...文字列:
SKEKFERTKP HVNVGTIGHV DHGKTTLTAA ITTVLAKTYG GAARAFNQID NAPEEKARGI TINTSHVEYD TPTRHYAHVD CPGHADYVK NMITGAAQMD GAILVVAATD GPMPQTREHI LLGRQVGVPY IIVFLNKCDM VDDEELLELV EMEVRELLSQ Y DFPGDDTP IVRGSALKAL EGDAEWEAKI LELAGFLDSY IPEPERAIDK PFLLPIEDVF SISGRGTVVT GRVERGIIKV GE EVEIVGI KETQKSTCTG VEMFRKLLDE GRAGENVGVL LRGIKREEIE RGQVLAKPGT IKPHTKFESE VYILSKDEGG RHT PFFKGY RPQFYFRTTD VTGTIELPEG VEMVMPGDNI KMVVTLIHPI AMDDGLRFAI REGGRTVGAG VVAKVLS

UniProtKB: Elongation factor Tu 2

+
分子 #59: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 59 / コピー数: 1618 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #60: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 60 / コピー数: 1 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

+
分子 #61: N-FORMYLMETHIONINE

分子名称: N-FORMYLMETHIONINE / タイプ: ligand / ID: 61 / コピー数: 1 / 式: FME
分子量理論値: 177.221 Da
Chemical component information

ChemComp-FME:
N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン

+
分子 #62: PHENYLALANINE

分子名称: PHENYLALANINE / タイプ: ligand / ID: 62 / コピー数: 1 / 式: PHE
分子量理論値: 165.189 Da
Chemical component information

ChemComp-PHE:
PHENYLALANINE / フェニルアラニン

+
分子 #63: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 63 / コピー数: 1 / 式: GNP
分子量理論値: 522.196 Da
Chemical component information

ChemComp-GNP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

+
分子 #64: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 64 / コピー数: 996 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
1.0 mMPMpolymix
5.0 mMKPpotassium phosphate
14.0 mMMgOAcmagnesium acetate
1.8 mMGppNHp5'-Guanylyl imidodiphosphate
10.0 mMPEPphosphoenolpyruvate
1.0 mMDTEdithioerythritol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.00933 kPa
詳細: grids were manually coated with gold and the carbon support was removed by glow discharge. gas mixture: 20% hydrogen/80% oxygen power: 15 W
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 5 second blot time, no wait time.
詳細300 nM 70S ribosome in final mixture

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2844 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 67.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.5 µm / 倍率（補正後）: 51020 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 39000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 168315
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

5360

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / 使用した粒子像数: 56963
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 84
得られたモデル

PDB-5we4:
70S ribosome-EF-Tu wt complex with GppNHp

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る