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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8810 | |||||||||
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タイトル | Volta phase plate tomogram of SV(Cpx) + PM + Ca2+ vesicle mixture | |||||||||
マップデータ | Tomogram of SV(Cpx) PM Ca2 vesicle mixtures | |||||||||
試料 |
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生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Gipson P | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017 タイトル: Morphologies of synaptic protein membrane fusion interfaces. 著者: Preeti Gipson / Yoshiyuki Fukuda / Radostin Danev / Ying Lai / Dong-Hua Chen / Wolfgang Baumeister / Axel T Brunger / 要旨: Neurotransmitter release is orchestrated by synaptic proteins, such as SNAREs, synaptotagmin, and complexin, but the molecular mechanisms remain unclear. We visualized functionally active synaptic ...Neurotransmitter release is orchestrated by synaptic proteins, such as SNAREs, synaptotagmin, and complexin, but the molecular mechanisms remain unclear. We visualized functionally active synaptic proteins reconstituted into proteoliposomes and their interactions in a native membrane environment by electron cryotomography with a Volta phase plate for improved resolvability. The images revealed individual synaptic proteins and synaptic protein complex densities at prefusion contact sites between membranes. We observed distinct morphologies of individual synaptic proteins and their complexes. The minimal system, consisting of neuronal SNAREs and synaptotagmin-1, produced point and long-contact prefusion states. Morphologies and populations of these states changed as the regulatory factors complexin and Munc13 were added. Complexin increased the membrane separation, along with a higher propensity of point contacts. Further inclusion of the priming factor Munc13 exclusively restricted prefusion states to point contacts, all of which efficiently fused upon Ca triggering. We conclude that synaptic proteins have evolved to limit possible contact site assemblies and morphologies to those that promote fast Ca-triggered release. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8810.map.gz | 98.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8810-v30.xml emd-8810.xml | 8.1 KB 8.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8810.png | 132.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8810 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8810 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8810_validation.pdf.gz | 77.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8810_full_validation.pdf.gz | 77 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8810_validation.xml.gz | 498 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8810 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8810 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8810.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 105.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Tomogram of SV(Cpx) PM Ca2 vesicle mixtures | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 6.84 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Synaptic protein complexes
全体 | 名称: Synaptic protein complexes |
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要素 |
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-超分子 #1: Synaptic protein complexes
超分子 | 名称: Synaptic protein complexes / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
位置合わせマーカー | Manufacturer: EMdiasum / 直径: 10 nm |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 0.632 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 使用した粒子像数: 130 |
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