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- EMDB-8733: The C-terminus of the herpes simplex virus pUL25 protein is requi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8733
タイトルThe C-terminus of the herpes simplex virus pUL25 protein is required for release of viral genomes from capsids bound to nuclear pores.
マップデータVirion with deletion of three C-terminal amino acids (578-580) of the UL25 protein
試料herpes simplex virus != Human alphaherpesvirus 1

herpes simplex virus

  • ウイルス: Human alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
生物種Human alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.4 Å
データ登録者Huffman JB / Daniel GR / Falck-Pedersen E / Huet A / Smith GA / Conway JF / Homa FL
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI089803 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM08061 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AIO56346 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10 OD019995 米国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2017
タイトル: The C Terminus of the Herpes Simplex Virus UL25 Protein Is Required for Release of Viral Genomes from Capsids Bound to Nuclear Pores.
著者: Jamie B Huffman / Gina R Daniel / Erik Falck-Pedersen / Alexis Huet / Greg A Smith / James F Conway / Fred L Homa /
要旨: The herpes simplex virus (HSV) capsid is released into the cytoplasm after fusion of viral and host membranes, whereupon dynein-dependent trafficking along microtubules targets it to the nuclear ...The herpes simplex virus (HSV) capsid is released into the cytoplasm after fusion of viral and host membranes, whereupon dynein-dependent trafficking along microtubules targets it to the nuclear envelope. Binding of the capsid to the nuclear pore complex (NPC) is mediated by the capsid protein pUL25 and the capsid-tethered tegument protein pUL36. Temperature-sensitive mutants in both pUL25 and pUL36 dock at the NPC but fail to release DNA. The uncoating reaction has been difficult to study due to the rapid release of the genome once the capsid interacts with the nuclear pore. In this study, we describe the isolation and characterization of a truncation mutant of pUL25. Live-cell imaging and immunofluorescence studies demonstrated that the mutant was not impaired in penetration of the host cell or in trafficking of the capsid to the nuclear membrane. However, expression of viral proteins was absent or significantly delayed in cells infected with the pUL25 mutant virus. Transmission electron microscopy revealed capsids accumulated at nuclear pores that retained the viral genome for at least 4 h postinfection. In addition, cryoelectron microscopy (cryo-EM) reconstructions of virion capsids did not detect any obvious differences in the location or structural organization for the pUL25 or pUL36 proteins on the pUL25 mutant capsids. Further, in contrast to wild-type virus, the antiviral response mediated by the viral DNA-sensing cyclic guanine adenine synthase (cGAS) was severely compromised for the pUL25 mutant. These results demonstrate that the pUL25 capsid protein has a critical role in releasing viral DNA from NPC-bound capsids. Herpes simplex virus 1 (HSV-1) is the causative agent of several pathologies ranging in severity from the common cold sore to life-threatening encephalitic infection. Early steps in infection include release of the capsid into the cytoplasm, docking of the capsid at a nuclear pore, and release of the viral genome into the nucleus. A key knowledge gap is how the capsid engages the NPC and what triggers release of the viral genome into the nucleus. Here we show that the C-terminal region of the HSV-1 pUL25 protein is required for releasing the viral genome from capsids docked at nuclear pores. The significance of our research is in identifying pUL25 as a key viral factor for genome uncoating. pUL25 is found at each of the capsid vertices as part of the capsid vertex-specific component and implicates the importance of this complex for NPC binding and genome release.
履歴
登録2017年5月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年6月21日-
マップ公開2017年6月21日-
更新2020年1月29日-
現状2020年1月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8733.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8733.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Virion with deletion of three C-terminal amino acids (578-580) of the UL25 protein
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.8 Å/pix.
x 825 pix.
= 1485. Å		1.8 Å/pix.
x 825 pix.
= 1485. Å		1.8 Å/pix.
x 825 pix.
= 1485. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.2220644 - 0.490131
平均 (標準偏差)0.0067447457 (±0.047714412)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ825825825
Spacing825825825
セルA=B=C: 1485.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.81.81.8
M x/y/z825825825
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1485.0001485.0001485.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS825825825
D min/max/mean-0.2220.4900.007

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : herpes simplex virus

全体名称: herpes simplex virus (ヘルペスウイルス)
要素
  • ウイルス: Human alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)

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超分子 #1: Human alphaherpesvirus 1

超分子名称: Human alphaherpesvirus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 10298 / 生物種: Human alphaherpesvirus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 144 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 1200.0 Å / T番号(三角分割数): 16

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
10.0 mMTRIS
150.0 mMsodium chlorideNaCl
1.0 mMEDTA
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: 8 second blot.
詳細Virion

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-6 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4503 / 平均露光時間: 1.3 sec. / 平均電子線量: 10.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 6665
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND3
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Auto3DEM / 使用した粒子像数: 4666
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: Auto3DEM
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: Auto3DEM
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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