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万見
- EMDB-8693: BG505 SOSIP.664 in complex with broadly neutralizing antibodies B... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8693
タイトルBG505 SOSIP.664 in complex with broadly neutralizing antibodies BG1 and 8ANC195
マップデータcryo-EM map of BG505 SOSIP.664 in complex with broadly neutralizing antibodies BG1 and 8ANC195
試料
  • 複合体: BG505 SOSIP-BG1-8ANC195 complex
    • 複合体: BG505 SOSIP
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • 複合体: BG1
      • タンパク質・ペプチド: BG1 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: BG1 Fab heavy chain
    • 複合体: 8ANC195
      • タンパク質・ペプチド: 8ANC195 G52K5 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 8ANC195 G52K5 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHIV-1 Env / broadly neutralizing antibodies / cryo-EM / single particle analysis / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response ...IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / immunoglobulin complex / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / symbiont-mediated perturbation of host defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / host cell endosome membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / blood microparticle / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / Potential therapeutics for SARS / adaptive immune response / immune response / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / : / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain ...: / : / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa constant / Envelope glycoprotein gp160 / Ig-like domain-containing protein / IgG H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å
データ登録者Wang H / Bjorkman PJ
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P50 19 GM082545-06 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI100148 米国
Bill & Melinda Gates FoundationCollaboration for AIDS Vaccine Discovery Grant 593 1040753 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Asymmetric recognition of HIV-1 Envelope trimer by V1V2 loop-targeting antibodies.
著者: Haoqing Wang / Harry B Gristick / Louise Scharf / Anthony P West / Rachel P Galimidi / Michael S Seaman / Natalia T Freund / Michel C Nussenzweig / Pamela J Bjorkman /
要旨: The HIV-1 envelope (Env) glycoprotein binds to host cell receptors to mediate membrane fusion. The prefusion Env trimer is stabilized by V1V2 loops that interact at the trimer apex. Broadly ...The HIV-1 envelope (Env) glycoprotein binds to host cell receptors to mediate membrane fusion. The prefusion Env trimer is stabilized by V1V2 loops that interact at the trimer apex. Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) against V1V2 loops, exemplified by PG9, bind asymmetrically as a single Fab to the apex of the symmetric Env trimer using a protruding CDRH3 to penetrate the Env glycan shield. Here we characterized a distinct mode of V1V2 epitope recognition by the new bNAb BG1 in which two Fabs bind asymmetrically per Env trimer using a compact CDRH3. Comparisons between cryo-EM structures of Env trimer complexed with BG1 (6.2 Å resolution) and PG9 (11.5 Å resolution) revealed a new V1V2-targeting strategy by BG1. Analyses of the EM structures provided information relevant to vaccine design including molecular details for different modes of asymmetric recognition of Env trimer and a binding model for BG1 recognition of V1V2 involving glycan flexibility.
履歴
登録2017年4月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年6月21日-
マップ公開2017年6月21日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0342
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0342
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5viy
  • 表面レベル: 0.0342
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8693.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8693.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 51.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo-EM map of BG505 SOSIP.664 in complex with broadly neutralizing antibodies BG1 and 8ANC195
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 238 pix.
= 321.3 Å		1.35 Å/pix.
x 238 pix.
= 321.3 Å		1.35 Å/pix.
x 238 pix.
= 321.3 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0342 / ムービー #1: 0.0342
最小 - 最大-0.014185969 - 0.084809035
平均 (標準偏差)0.0009000785 (±0.005458961)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ238238238
Spacing238238238
セルA=B=C: 321.30002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z238238238
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z321.300321.300321.300
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS238238238
D min/max/mean-0.0140.0850.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : BG505 SOSIP-BG1-8ANC195 complex

全体名称: BG505 SOSIP-BG1-8ANC195 complex
要素
  • 複合体: BG505 SOSIP-BG1-8ANC195 complex
    • 複合体: BG505 SOSIP
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • 複合体: BG1
      • タンパク質・ペプチド: BG1 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: BG1 Fab heavy chain
    • 複合体: 8ANC195
      • タンパク質・ペプチド: 8ANC195 G52K5 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 8ANC195 G52K5 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

+
超分子 #1: BG505 SOSIP-BG1-8ANC195 complex

超分子名称: BG505 SOSIP-BG1-8ANC195 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6

+
超分子 #2: BG505 SOSIP

超分子名称: BG505 SOSIP / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

+
超分子 #3: BG1

超分子名称: BG1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: 8ANC195

超分子名称: 8ANC195 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Envelope glycoprotein gp160

分子名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.146482 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

+
分子 #2: Envelope glycoprotein gp160

分子名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 54.064277 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT ...文字列:
AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT SAITQACPKV SFEPIPIHYC APAGFAILKC KDKKFNGTGP CPSVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EV MIRSENI TNNAKNILVQ FNTPVQINCT RPNNNTRKSI RIGPGQAFYA TGDIIGDIRQ AHCNVSKATW NETLGKVVKQ LRK HFGNNT IIRFANSSGG DLEVTTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSTWIS NTSVQGSNST GSNDSITLPC RIKQIINMWQ RIGQ AMYAP PIQGVIRCVS NITGLILTRD GGSTNSTTET FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRVVG RRRRR R

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

+
分子 #3: BG1 Fab light chain

分子名称: BG1 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.527102 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIHMTQSPVS LSASVGDRVT ITCRASHFIA NYVNWYQQKP GKAPTLLIFE SSTLQRGVPS RFSAYGDGTE FTLSINTLQP EDFASYICQ QSHSPPVTFG AGTRVDQKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIHMTQSPVS LSASVGDRVT ITCRASHFIA NYVNWYQQKP GKAPTLLIFE SSTLQRGVPS RFSAYGDGTE FTLSINTLQP EDFASYICQ QSHSPPVTFG AGTRVDQKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

UniProtKB: Immunoglobulin kappa constant

+
分子 #4: BG1 Fab heavy chain

分子名称: BG1 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.931861 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AEQLVESGGG LVPPGRSLRL SCSASGFYFP DYAMAWVRQA PGQGLQWVGF MRGWAYGGSA QFAAFAVGKF AISRDDGRNV VYLDVKNPT FEDTGVYFCA REQRNKDYRY GQEGFGYSYG MDVWGRGTTV VVSTASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG C LVKDYFPE ...文字列:
AEQLVESGGG LVPPGRSLRL SCSASGFYFP DYAMAWVRQA PGQGLQWVGF MRGWAYGGSA QFAAFAVGKF AISRDDGRNV VYLDVKNPT FEDTGVYFCA REQRNKDYRY GQEGFGYSYG MDVWGRGTTV VVSTASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG C LVKDYFPE PVTVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KRVEP

UniProtKB: IgG H chain

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分子 #5: 8ANC195 G52K5 Fab heavy chain

分子名称: 8ANC195 G52K5 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.788809 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QIHLVQSGTE VKKPGSSVTV SCKAYGVNTF GLYAVNWVRQ APGQSLEYIG QIWRWKSSAS HHFRGRVLIS AVDLTGSSPP ISSLEIKNL TSDDTAVYFC TTTSTYDRWS GLHHDGVMAF SSWGQGTLIS VSAASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP ...文字列:
QIHLVQSGTE VKKPGSSVTV SCKAYGVNTF GLYAVNWVRQ APGQSLEYIG QIWRWKSSAS HHFRGRVLIS AVDLTGSSPP ISSLEIKNL TSDDTAVYFC TTTSTYDRWS GLHHDGVMAF SSWGQGTLIS VSAASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK RVEPK

UniProtKB: IgG H chain

+
分子 #6: 8ANC195 G52K5 Fab light chain

分子名称: 8ANC195 G52K5 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.460047 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPST LSASTGDTVR ISCRASQSIT GNWVAWYQQR PGKAPRLLIY RGAALLGGVP SRFRGSAAGT DFTLTIGNLQ AEDFGTFYC QQYDTYPGTF GQGTKVEVKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
DIQMTQSPST LSASTGDTVR ISCRASQSIT GNWVAWYQQR PGKAPRLLIY RGAALLGGVP SRFRGSAAGT DFTLTIGNLQ AEDFGTFYC QQYDTYPGTF GQGTKVEVKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

UniProtKB: Ig-like domain-containing protein

+
分子 #15: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 13 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 66000
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5viy:
BG505 SOSIP.664 in complex with broadly neutralizing antibodies BG1 and 8ANC195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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