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万見
- EMDB-8634: KVQIINKKLD, Structure of the amyloid spine from microtubule assoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8634
タイトルKVQIINKKLD, Structure of the amyloid spine from microtubule associated protein tau Repeat 2
マップデータamyloid spine from microtubule associated protein tau Repeat 2
試料
  • 細胞器官・細胞要素: KVQIINKKLD Tau peptide
    • タンパク質・ペプチド: Microtubule-associated protein tau
  • リガンド: water
キーワードAmyloid / tau / Alzheimer's Disease / tauopathy / MAPT / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end-directed organelle transport along microtubule / axonal transport / histone-dependent DNA binding / neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of diacylglycerol kinase activity / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / positive regulation of protein localization to synapse / microtubule lateral binding / tubulin complex ...plus-end-directed organelle transport along microtubule / axonal transport / histone-dependent DNA binding / neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of diacylglycerol kinase activity / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / positive regulation of protein localization to synapse / microtubule lateral binding / tubulin complex / phosphatidylinositol bisphosphate binding / main axon / regulation of long-term synaptic depression / negative regulation of kinase activity / negative regulation of tubulin deacetylation / generation of neurons / regulation of chromosome organization / positive regulation of protein localization / rRNA metabolic process / internal protein amino acid acetylation / regulation of mitochondrial fission / intracellular distribution of mitochondria / axonal transport of mitochondrion / axon development / central nervous system neuron development / regulation of microtubule polymerization / microtubule polymerization / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / lipoprotein particle binding / dynactin binding / apolipoprotein binding / glial cell projection / negative regulation of mitochondrial membrane potential / protein polymerization / negative regulation of mitochondrial fission / axolemma / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / positive regulation of axon extension / regulation of microtubule cytoskeleton organization / Activation of AMPK downstream of NMDARs / supramolecular fiber organization / regulation of cellular response to heat / stress granule assembly / cytoplasmic microtubule organization / regulation of calcium-mediated signaling / axon cytoplasm / positive regulation of microtubule polymerization / somatodendritic compartment / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / synapse assembly / phosphatidylinositol binding / nuclear periphery / cellular response to nerve growth factor stimulus / positive regulation of superoxide anion generation / protein phosphatase 2A binding / regulation of autophagy / astrocyte activation / response to lead ion / synapse organization / microglial cell activation / Hsp90 protein binding / regulation of synaptic plasticity / PKR-mediated signaling / protein homooligomerization / memory / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cellular response to reactive oxygen species / SH3 domain binding / microtubule cytoskeleton organization / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / neuron projection development / microtubule cytoskeleton / cell-cell signaling / protein-macromolecule adaptor activity / actin binding / single-stranded DNA binding / cellular response to heat / protein-folding chaperone binding / cell body / growth cone / microtubule binding / double-stranded DNA binding / microtubule / amyloid fibril formation / sequence-specific DNA binding / dendritic spine / learning or memory / nuclear speck / neuron projection / membrane raft / axon / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / DNA damage response / dendrite / protein kinase binding / enzyme binding / mitochondrion / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Microtubule-associated protein Tau / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule-associated protein tau
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Seidler PM / Sawaya MR
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)1R01 AG029430 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)RF1 AG054022 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)1F32 NS095661 米国
BrightFocus FoundationA2016588F 米国
引用ジャーナル: Nat Chem / 年: 2018
タイトル: Structure-based inhibitors of tau aggregation.
著者: P M Seidler / D R Boyer / J A Rodriguez / M R Sawaya / D Cascio / K Murray / T Gonen / D S Eisenberg /
要旨: Aggregated tau protein is associated with over 20 neurological disorders, which include Alzheimer's disease. Previous work has shown that tau's sequence segments VQIINK and VQIVYK drive its ...Aggregated tau protein is associated with over 20 neurological disorders, which include Alzheimer's disease. Previous work has shown that tau's sequence segments VQIINK and VQIVYK drive its aggregation, but inhibitors based on the structure of the VQIVYK segment only partially inhibit full-length tau aggregation and are ineffective at inhibiting seeding by full-length fibrils. Here we show that the VQIINK segment is the more powerful driver of tau aggregation. Two structures of this segment determined by the cryo-electron microscopy method micro-electron diffraction explain its dominant influence on tau aggregation. Of practical significance, the structures lead to the design of inhibitors that not only inhibit tau aggregation but also inhibit the ability of exogenous full-length tau fibrils to seed intracellular tau in HEK293 biosensor cells into amyloid. We also raise the possibility that the two VQIINK structures represent amyloid polymorphs of tau that may account for a subset of prion-like strains of tau.
履歴
登録2017年3月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年2月7日-
マップ公開2018年2月7日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
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  • 原子モデル: PDB-5v5b
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8634.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8634.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈amyloid spine from microtubule associated protein tau Repeat 2
ボクセルのサイズX: 0.362 Å / Y: 0.302 Å / Z: 0.36 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-3.9691255 - 6.3345394
平均 (標準偏差)0.009696766 (±1.0072529)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin-25-47-19
サイズ5212878
Spacing7852128
セルA: 28.236 Å / B: 15.7039995 Å / C: 46.08 Å
α: 90.0 ° / β: 100.53 ° / γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.3620.3020.36
M x/y/z7852128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z28.23615.70446.080
α/β/γ90.000100.53090.000
start NX/NY/NZ-19-25-47
NX/NY/NZ7852128
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS-47-25-19
NC/NR/NS1285278
D min/max/mean-3.9696.3350.010

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : KVQIINKKLD Tau peptide

全体名称: KVQIINKKLD Tau peptide
要素
  • 細胞器官・細胞要素: KVQIINKKLD Tau peptide
    • タンパク質・ペプチド: Microtubule-associated protein tau
  • リガンド: water

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超分子 #1: KVQIINKKLD Tau peptide

超分子名称: KVQIINKKLD Tau peptide / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Microtubule-associated protein tau

分子名称: Microtubule-associated protein tau / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.201478 KDa
配列文字列:
KVQIINKKLD

UniProtKB: Microtubule-associated protein tau

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分子 #2: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 4.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 0.1 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 1850 mm

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画像解析

最終 再構成解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES
Crystallography statisticsNumber intensities measured: 20047 / Number structure factors: 2203 / Fourier space coverage: 84.8 / R sym: 25 / R merge: 25 / Overall phase error: 0 / Overall phase residual: 0.1 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 1.5 Å / 詳細: This is a crystallography experiment. / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 1.5 Å / 殻 - Low resolution: 1.68 Å / 殻 - Number structure factors: 370 / 殻 - Phase residual: 0.1 / 殻 - Fourier space coverage: 82.4 / 殻 - Multiplicity: 6.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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