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- EMDB-8507: 92BR SOSIP.664 trimer in complex with DH270.1 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8507
タイトル92BR SOSIP.664 trimer in complex with DH270.1 Fab
マップデータDH270.1 Fab in complex with 92BR SOSIP.664
試料
  • 複合体: 92BR HIV Env SOSIP and DH720.1 Fab
    • Other: 92BR SOSIP.664
    • Other: DH270.1 Fab Heavy Chain
    • Other: DH270.1 Fab Light Chain
機能・相同性
機能・相同性情報


virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / : / virion component => GO:0044423 / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / viral protein processing ...virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / : / virion component => GO:0044423 / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 29.4 Å
データ登録者Fera D / Harrison SC
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2017
タイトル: Staged induction of HIV-1 glycan-dependent broadly neutralizing antibodies.
著者: Mattia Bonsignori / Edward F Kreider / Daniela Fera / R Ryan Meyerhoff / Todd Bradley / Kevin Wiehe / S Munir Alam / Baptiste Aussedat / William E Walkowicz / Kwan-Ki Hwang / Kevin O Saunders ...著者: Mattia Bonsignori / Edward F Kreider / Daniela Fera / R Ryan Meyerhoff / Todd Bradley / Kevin Wiehe / S Munir Alam / Baptiste Aussedat / William E Walkowicz / Kwan-Ki Hwang / Kevin O Saunders / Ruijun Zhang / Morgan A Gladden / Anthony Monroe / Amit Kumar / Shi-Mao Xia / Melissa Cooper / Mark K Louder / Krisha McKee / Robert T Bailer / Brendan W Pier / Claudia A Jette / Garnett Kelsoe / Wilton B Williams / Lynn Morris / John Kappes / Kshitij Wagh / Gift Kamanga / Myron S Cohen / Peter T Hraber / David C Montefiori / Ashley Trama / Hua-Xin Liao / Thomas B Kepler / M Anthony Moody / Feng Gao / Samuel J Danishefsky / John R Mascola / George M Shaw / Beatrice H Hahn / Stephen C Harrison / Bette T Korber / Barton F Haynes /
要旨: A preventive HIV-1 vaccine should induce HIV-1-specific broadly neutralizing antibodies (bnAbs). However, bnAbs generally require high levels of somatic hypermutation (SHM) to acquire breadth, and ...A preventive HIV-1 vaccine should induce HIV-1-specific broadly neutralizing antibodies (bnAbs). However, bnAbs generally require high levels of somatic hypermutation (SHM) to acquire breadth, and current vaccine strategies have not been successful in inducing bnAbs. Because bnAbs directed against a glycosylated site adjacent to the third variable loop (V3) of the HIV-1 envelope protein require limited SHM, the V3-glycan epitope is an attractive vaccine target. By studying the cooperation among multiple V3-glycan B cell lineages and their coevolution with autologous virus throughout 5 years of infection, we identify key events in the ontogeny of a V3-glycan bnAb. Two autologous neutralizing antibody lineages selected for virus escape mutations and consequently allowed initiation and affinity maturation of a V3-glycan bnAb lineage. The nucleotide substitution required to initiate the bnAb lineage occurred at a low-probability site for activation-induced cytidine deaminase activity. Cooperation of B cell lineages and an improbable mutation critical for bnAb activity defined the necessary events leading to breadth in this V3-glycan bnAb lineage. These findings may, in part, explain why initiation of V3-glycan bnAbs is rare, and suggest an immunization strategy for inducing similar V3-glycan bnAbs.
履歴
登録2016年12月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年2月8日-
マップ公開2017年3月15日-
更新2018年2月14日-
現状2018年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.28
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.28
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8507.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8507.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DH270.1 Fab in complex with 92BR SOSIP.664
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.13 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.28 / ムービー #1: 3.28
最小 - 最大-31.809094999999999 - 25.922125000000001
平均 (標準偏差)-0.055014014 (±1.659475)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-84-84-84
サイズ168168168
Spacing168168168
セルA=B=C: 357.84003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.132.132.13
M x/y/z168168168
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z357.840357.840357.840
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-84-84-84
NC/NR/NS168168168
D min/max/mean-31.80925.922-0.055

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 92BR HIV Env SOSIP and DH720.1 Fab

全体名称: 92BR HIV Env SOSIP and DH720.1 Fab
要素
  • 複合体: 92BR HIV Env SOSIP and DH720.1 Fab
    • Other: 92BR SOSIP.664
    • Other: DH270.1 Fab Heavy Chain
    • Other: DH270.1 Fab Light Chain

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超分子 #1: 92BR HIV Env SOSIP and DH720.1 Fab

超分子名称: 92BR HIV Env SOSIP and DH720.1 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293T / 組換プラスミド: pVRC-8400

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分子 #1: 92BR SOSIP.664

分子名称: 92BR SOSIP.664 / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
配列文字列: KDNLWVTVYY GVPVWKEATT TLFCASDAKA YKAEVHNVWA THACVPTDPN PQEIVLENVT ENFNMWKNNM VEQMHEDIIS LWDQSLKPCV KLTPLCVTLN CIDLNNSTNN NNSSGVKTGI DKGEIKNCSF NTTTSVKDKE KKEYALFYNL DVVQIGNDNT SYRLTSCNTS ...文字列:
KDNLWVTVYY GVPVWKEATT TLFCASDAKA YKAEVHNVWA THACVPTDPN PQEIVLENVT ENFNMWKNNM VEQMHEDIIS LWDQSLKPCV KLTPLCVTLN CIDLNNSTNN NNSSGVKTGI DKGEIKNCSF NTTTSVKDKE KKEYALFYNL DVVQIGNDNT SYRLTSCNTS VITQACPKVT FEPIPIHYCT PAGYAILKCN GKKFNGTGPC TNVSTVQCTH GIKPVVSTQL LLNGSLAEED IVIRSENLTN NAKTIIVQLK DPVDINCTRP NNNTRKSIHI GPGRAFYATG DIIGDIRQAH CNLSRAQWND TLSKIVTKLR EQFENKTIKF QPPSGGDPEI VFHSFNCGGE FFYCNTTQLF NSTWTNNTEG TSNTTGNDTI TLPCRIKQIV NMWQEVGKAM YAPPIKGKIK CSSNITGLLL TRDGGNNEMN TTEIFRPGGG DMRDNWRSEL YKYKVVRIEP LGIAPTRCKR RVVGRRRRRR AVGTLGAMFL GFLGAAGSTM GAASVALTVQ ARQLLSGIVQ QQNNLLRAPE AQQHMLQLTV WGIKQLQARV LAVERYLGDQ QLLGIWGCSG KLICCTTVPW NTSWSNKSLD DIWTNMTWME WKREIDNYTS LIYTLIEESQ RQQEKNEQEL LELD
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #2: DH270.1 Fab Heavy Chain

分子名称: DH270.1 Fab Heavy Chain / タイプ: other / ID: 2 / 分類: other
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE MKKPGASVRV SCKASGYTFT DYYIHWVRQA PGQGPEWMGW INPSTGRTNS PQKFQGRVTM TRDTSISTAY MDLNRLTSDD TAMYYCTTGG WIGLYSDTSG YPNFDYWGQG TLVTVSGAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS ...文字列:
QVQLVQSGAE MKKPGASVRV SCKASGYTFT DYYIHWVRQA PGQGPEWMGW INPSTGRTNS PQKFQGRVTM TRDTSISTAY MDLNRLTSDD TAMYYCTTGG WIGLYSDTSG YPNFDYWGQG TLVTVSGAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKRVEPKSC DKHHHHHH
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #3: DH270.1 Fab Light Chain

分子名称: DH270.1 Fab Light Chain / タイプ: other / ID: 3 / 分類: other
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSALTQPASV SGSPGQSITI SCTGTNYDVG SYNLVSWYQQ HPGKVPKYII YEVNKRPSGV SNRFSGSKSG NTASLTISGL QAEDEATYYC CSYAGSSIIF FGGGTKLTVI GQPKGAPSVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI SDFYPGAVTV AWKADSSPVK AGVETTTPSK ...文字列:
QSALTQPASV SGSPGQSITI SCTGTNYDVG SYNLVSWYQQ HPGKVPKYII YEVNKRPSGV SNRFSGSKSG NTASLTISGL QAEDEATYYC CSYAGSSIIF FGGGTKLTVI GQPKGAPSVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI SDFYPGAVTV AWKADSSPVK AGVETTTPSK QSNNKYAASS YLSLTPEQWK SHRSYSCQVT HEGSTVEKTV APTECS
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態2D array

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 10 mM HEPES, pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.02% sodium azide
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: 2% uranyl formate
グリッドモデル: Electron Microscopy Sciences / 材質: COPPER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 29.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 5419
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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