ChemComp-84G: Arbekacin

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB化学物質要素 / ID: 84G
• 名称: 名称: Arbekacin; 別称: (2S)-4-amino-N-{(1R,2S,3S,4R,5S)-5-amino-2-[(3-amino-3-deoxy-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]-4-[(2,6-diamino-2,3,4,6-tetradeoxy-alpha-D-erythro-hexopyranosyl)oxy]-3-hydroxycyclohexyl}-2-hydroxybutanamide
• コメント: 抗生剤*YM

Chemical information

組成

組成式: C₂₂H₄₄N₆O₁₀ / 原子数: 82 / 化学式量: 552.619 / 形式電荷: 0

その他

5u8b
PDB 未公開エントリ

タイプ: NON-POLYMER / PDB分類: HETAIN / 3文字コード: 84G / 理論座標の詳細: Corina / モデル座標のPDB-ID: 5U8B

履歴

作成	2016年12月23日
公開	2018年4月11日
Modify synonyms	2021年3月13日

• 外部リンク: UniChem / ChemSpider / ChEBI / ChEMBL / DrugBank / HMDB / PubChem / SureChEMBL / Wikipedia search / Google search

詳細

SMILES

• ACDLabs 12.01: C(CN)C(C(=O)NC3C(OC1OC(C(C(C1O)N)O)CO)C(O)C(OC2OC(CCC2N)CN)C(C3)N)O
• CACTVS 3.385: NCC[CH](O)C(=O)N[CH]1C[CH](N)[CH](O[CH]2O[CH](CN)CC[CH]2N)[CH](O)[CH]1O[CH]3O[CH](CO)[CH](O)[CH](N)[CH]3O
• OpenEye OEToolkits 2.0.6: C1CC(C(OC1CN)OC2C(CC(C(C2O)OC3C(C(C(C(O3)CO)O)N)O)NC(=O)C(CCN)O)N)N

SMILES CANONICAL

• CACTVS 3.385: NCC[C@H](O)C(=O)N[C@@H]1C[C@H](N)[C@@H](O[C@H]2O[C@H](CN)CC[C@H]2N)[C@H](O)[C@H]1O[C@H]3O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](N)[C@H]3O
• OpenEye OEToolkits 2.0.6: C1C[C@H]([C@H](O[C@@H]1CN)O[C@@H]2[C@H](C[C@H]([C@@H]([C@H]2O)O[C@@H]3[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O3)CO)O)N)O)NC(=O)[C@H](CCN)O)N)N

InChI

• InChI 1.03: InChI=1S/C22H44N6O10/c23-4-3-12(30)20(34)28-11-5-10(26)18(37-21-9(25)2-1-8(6-24)35-21)17(33)19(11)38-22-16(32)14(27)15(31)13(7-29)36-22/h8-19,21-22,29-33H,1-7,23-27H2,(H,28,34)/t8-,9+,10-,11+,12-,13+,14-,15+,16+,17-,18+,19-,21+,22+/m0/s1

InChIKey

• InChI 1.03: MKKYBZZTJQGVCD-XTCKQBCOSA-N

SYSTEMATIC NAME

• ACDLabs 12.01: (2S)-4-amino-N-{(1R,2S,3S,4R,5S)-5-amino-2-[(3-amino-3-deoxy-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]-4-[(2,6-diamino-2,3,4,6-tetradeoxy-alpha-D-erythro-hexopyranosyl)oxy]-3-hydroxycyclohexyl}-2-hydroxybutanamide
• OpenEye OEToolkits 2.0.6: (2~{S})-~{N}-[(1~{R},2~{S},3~{S},4~{R},5~{S})-4-[(2~{R},3~{R},6~{S})-6-(aminomethyl)-3-azanyl-oxan-2-yl]oxy-5-azanyl-2-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-4-azanyl-6-(hydroxymethyl)-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-cyclohexyl]-4-azanyl-2-oxidanyl-butanamide

PDBエントリ

全6件を表示しています

PDB-6cgg:
Aminoglycoside Phosphotransferase (2'')-Ia in complex with GMPPNP, Magnesium, and Arbekacin

PDB-8ifc:
Arbekacin-bound E.coli 70S ribosome in the PURE system

PDB-8ife:
Arbekacin-added human 80S ribosome

PDB-9b4z:
E. coli 70S ribosome complex (N1-methylated 16S A1408 + arbekacin)

PDB-9b50:
E. coli 70S ribosome complex (unmethylated 16S A1408 + arbekacin)

PDB-9mkk:
Structure of arbekacin bound Escherichia coli 70S ribosome