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- EMDB-8482: Cryo-EM structure of the human TAP ATP-Binding Cassette Transporter -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8482
タイトルCryo-EM structure of the human TAP ATP-Binding Cassette Transporter
マップデータHuman TAP ATP-Binding Cassette Transporter, full map from Frealign alignment, scaled to molecule, B-factor corrected to -150 Angstrom^2, and moved into new padded unit cell
試料
  • 複合体: TAP ATP-Binding Cassette Transporter
    • タンパク質・ペプチド: Antigen peptide transporter 1
    • タンパク質・ペプチド: Antigen peptide transporter 2
    • タンパク質・ペプチド: TAP transporter inhibitor ICP47
キーワードmembrane / protein / ABC transporter / antigen / presentation / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib via ER pathway, TAP-dependent / tapasin binding / ABC-type peptide antigen transporter activity / ABC-type antigen peptide transporter / TAP complex / ABC-type peptide transporter activity / TAP2 binding / TAP1 binding / MHC class Ib protein binding ...symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib via ER pathway, TAP-dependent / tapasin binding / ABC-type peptide antigen transporter activity / ABC-type antigen peptide transporter / TAP complex / ABC-type peptide transporter activity / TAP2 binding / TAP1 binding / MHC class Ib protein binding / peptide antigen transport / cytosol to endoplasmic reticulum transport / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / MHC class I protein binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / centriolar satellite / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / defense response / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / ADP binding / peptide antigen binding / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / transmembrane transport / phagocytic vesicle membrane / protein transport / ER-Phagosome pathway / adaptive immune response / host cell cytoplasm / nuclear speck / : / endoplasmic reticulum membrane / host cell nucleus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus ICP47 / Herpesvirus US12 family / Antigen peptide transporter 2 / ABC transporter Tap-like / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site ...Herpesvirus ICP47 / Herpesvirus US12 family / Antigen peptide transporter 2 / ABC transporter Tap-like / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ICP47 protein / Antigen peptide transporter 1 / Antigen peptide transporter 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.97 Å
データ登録者Oldham ML / Chen J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Structure of the transporter associated with antigen processing trapped by herpes simplex virus.
著者: Michael L Oldham / Nikolaus Grigorieff / Jue Chen /
要旨: The transporter associated with antigen processing (TAP) is an ATP-binding cassette (ABC) transporter essential to cellular immunity against viral infection. Some persistent viruses have evolved ...The transporter associated with antigen processing (TAP) is an ATP-binding cassette (ABC) transporter essential to cellular immunity against viral infection. Some persistent viruses have evolved strategies to inhibit TAP so that they may go undetected by the immune system. The herpes simplex virus for example evades immune surveillance by blocking peptide transport with a small viral protein ICP47. In this study, we determined the structure of human TAP bound to ICP47 by electron cryo-microscopy (cryo-EM) to 4.0 Å. The structure shows that ICP47 traps TAP in an inactive conformation distinct from the normal transport cycle. The specificity and potency of ICP47 inhibition result from contacts between the tip of the helical hairpin and the apex of the transmembrane cavity. This work provides a clear molecular description of immune evasion by a persistent virus. It also establishes the molecular structure of TAP to facilitate mechanistic studies of the antigen presentation process.
履歴
登録2016年11月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年1月11日-
マップ公開2017年1月11日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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ムービー
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  • 原子モデル: PDB-5u1d
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8482.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8482.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human TAP ATP-Binding Cassette Transporter, full map from Frealign alignment, scaled to molecule, B-factor corrected to -150 Angstrom^2, and moved into new padded unit cell
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軸Y (Sec.)X (Row.)Z (Col.)
0.45 Å/pix.
x 256 pix.
= 115.999 Å		0.36 Å/pix.
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= 92.5 Å		0.45 Å/pix.
x 256 pix.
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ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.6 / ムービー #1: 0.6
最小 - 最大-2.1199465 - 2.8055391
平均 (標準偏差)0.03569515 (±0.2523155)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZXY
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA: 92.50048 Å / B: 115.99872 Å / C: 115.99872 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.3613281250.453121093750.45312109375
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z92.500115.999115.999
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S312
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-2.1202.8060.036

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添付データ

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追加マップ: Human TAP ATP-Binding Cassette Transporter, half map 2...

ファイルemd_8482_additional_1.map
注釈Human TAP ATP-Binding Cassette Transporter, half map 2 from Frealign alignment before move to new unit cell
投影像・断面図
軸ZYX

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ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Human TAP ATP-Binding Cassette Transporter, half map 1...

ファイルemd_8482_additional_2.map
注釈Human TAP ATP-Binding Cassette Transporter, half map 1 from Frealign alignment before move to new unit cell
投影像・断面図
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追加マップ: Human TAP ATP-Binding Cassette Transporter, full map 1...

ファイルemd_8482_additional_3.map
注釈Human TAP ATP-Binding Cassette Transporter, full map 1 from Frealign alignment, scaled to molecule, and moved into new padded unit cell
投影像・断面図
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追加マップ: Human TAP ATP-Binding Cassette Transporter, full map from...

ファイルemd_8482_additional_4.map
注釈Human TAP ATP-Binding Cassette Transporter, full map from Frealign alignment before moving to new unit cell
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追加マップ: Human TAP ATP-Binding Cassette Transporter, half map 2...

ファイルemd_8482_additional_5.map
注釈Human TAP ATP-Binding Cassette Transporter, half map 2 from Frealign alignment, scaled to molecule, and moved into new padded unit cell
投影像・断面図
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追加マップ: Human TAP ATP-Binding Cassette Transporter, half map 1...

ファイルemd_8482_additional_6.map
注釈Human TAP ATP-Binding Cassette Transporter, half map 1 from Frealign alignment, scaled to molecule, and moved into new padded unit cell
投影像・断面図
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試料の構成要素

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全体 : TAP ATP-Binding Cassette Transporter

全体名称: TAP ATP-Binding Cassette Transporter
要素
  • 複合体: TAP ATP-Binding Cassette Transporter
    • タンパク質・ペプチド: Antigen peptide transporter 1
    • タンパク質・ペプチド: Antigen peptide transporter 2
    • タンパク質・ペプチド: TAP transporter inhibitor ICP47

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超分子 #1: TAP ATP-Binding Cassette Transporter

超分子名称: TAP ATP-Binding Cassette Transporter / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Antigen peptide transporter 1

分子名称: Antigen peptide transporter 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 81.034289 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: MASSRCPAPR GCRCLPGASL AWLGTVLLLL ADWVLLRTAL PRIFSLLVPT ALPLLRVWAV GLSRWAVLWL GACGVLRATV GSKSENAGA QGWLAALKPL AAALGLALPG LALFRELISW GAPGSADSTR LLHWGSHPTA FVVSYAAALP AAALWHKLGS L WVPGGQGG ...文字列:
MASSRCPAPR GCRCLPGASL AWLGTVLLLL ADWVLLRTAL PRIFSLLVPT ALPLLRVWAV GLSRWAVLWL GACGVLRATV GSKSENAGA QGWLAALKPL AAALGLALPG LALFRELISW GAPGSADSTR LLHWGSHPTA FVVSYAAALP AAALWHKLGS L WVPGGQGG SGNPVRRLLG CLGSETRRLS LFLVLVVLSS LGEMAIPFFT GRLTDWILQD GSADTFTRNL TLMSILTIAS AV LEFVGDG IYNNTMGHVH SHLQGEVFGA VLRQETEFFQ QNQTGNIMSR VTEDTSTLSD SLSENLSLFL WYLVRGLCLL GIM LWGSVS LTMVTLITLP LLFLLPKKVG KWYQLLEVQV RESLAKSSQV AIEALSAMPT VRSFANEEGE AQKFREKLQE IKTL NQKEA VAYAVNSWTT SISGMLLKVG ILYIGGQLVT SGAVSSGNLV TFVLYQMQFT QAVEVLLSIY PRVQKAVGSS EKIFE YLDR TPRCPPSGLL TPLHLEGLVQ FQDVSFAYPN RPDVLVLQGL TFTLRPGEVT ALVGPNGSGK STVAALLQNL YQPTGG QLL LDGKPLPQYE HRYLHRQVAA VGQEPQVFGR SLQENIAYGL TQKPTMEEIT AAAVKSGAHS FISGLPQGYD TEVDEAG SQ LSGGQRQAVA LARALIRKPC VLILDDATSA LDANSQLQVE QLLYESPERY SRSVLLITQH LSLVEQADHI LFLEGGAI R EGGTHQQLME KKGCYWAMVQ APADAPE

UniProtKB: Antigen peptide transporter 1

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分子 #2: Antigen peptide transporter 2

分子名称: Antigen peptide transporter 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 75.736508 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: MRLPDLRPWT SLLLVDAALL WLLQGPLGTL LPQGLPGLWL EGTLRLGGLW GLLKLRGLLG FVGTLLLPLC LATPLTVSLR ALVAGASRA PPARVASAPW SWLLVGYGAA GLSWSLWAVL SPPGAQEKEQ DQVNNKVLMW RLLKLSRPDL PLLVAAFFFL V LAVLGETL ...文字列:
MRLPDLRPWT SLLLVDAALL WLLQGPLGTL LPQGLPGLWL EGTLRLGGLW GLLKLRGLLG FVGTLLLPLC LATPLTVSLR ALVAGASRA PPARVASAPW SWLLVGYGAA GLSWSLWAVL SPPGAQEKEQ DQVNNKVLMW RLLKLSRPDL PLLVAAFFFL V LAVLGETL IPHYSGRVID ILGGDFDPHA FASAIFFMCL FSFGSSLSAG CRGGCFTYTM SRINLRIREQ LFSSLLRQDL GF FQETKTG ELNSRLSSDT TLMSNWLPLN ANVLLRSLVK VVGLYGFMLS ISPRLTLLSL LHMPFTIAAE KVYNTRHQEV LRE IQDAVA RAGQVVREAV GGLQTVRSFG AEEHEVCRYK EALEQCRQLY WRRDLERALY LLVRRVLHLG VQMLMLSCGL QQMQ DGELT QGSLLSFMIY QESVGSYVQT LVYIYGDMLS NVGAAEKVFS YMDRQPNLPS PGTLAPTTLQ GVVKFQDVSF AYPNR PDRP VLKGLTFTLR PGEVTALVGP NGSGKSTVAA LLQNLYQPTG GQVLLDEKPI SQYEHCYLHS QVVSVGQEPV LFSGSV RNN IAYGLQSCED DKVMAAAQAA HADDFIQEME HGIYTDVGEK GSQLAAGQKQ RLAIARALVR DPRVLILDEA TSALDVQ CE QALQDWNSRG DRTVLVIAHR LQTVQRAHQI LVLQEGKLQK LAQL

UniProtKB: Antigen peptide transporter 2

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分子 #3: TAP transporter inhibitor ICP47

分子名称: TAP transporter inhibitor ICP47 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 9.850086 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MSWALEMADT FLDNMRVGPR TYADVRDEIN KRGREDREAA RTAVHDPERP LLRSPGLLPE IAPNASLGVV HRRTGGTVTD SPRNPVTR

UniProtKB: ICP47 protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClsodium chloride
2.0 mMTCEP
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 4C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 22 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 100.0 K / 最高: 100.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3875 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 1.48 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 501973
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

6533

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.09) / 使用した粒子像数: 501973
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 150 / 当てはまり具合の基準: R factor and FSC
得られたモデル

PDB-5u1d:
Cryo-EM structure of the human TAP ATP-Binding Cassette Transporter

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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