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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8149 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a full archaeal ribosomal translation initiation complex in the P-INconformation | |||||||||
![]() | None | |||||||||
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![]() | transcription | |||||||||
機能・相同性 | ![]() translation reinitiation / protein-synthesizing GTPase / formation of translation preinitiation complex / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / translation elongation factor activity / translation initiation factor activity / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA ...translation reinitiation / protein-synthesizing GTPase / formation of translation preinitiation complex / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / translation elongation factor activity / translation initiation factor activity / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / translational initiation / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.34 Å | |||||||||
![]() | COUREUX P-D / SCHMITT E | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM study of start codon selection during archaeal translation initiation. 著者: Pierre-Damien Coureux / Christine Lazennec-Schurdevin / Auriane Monestier / Eric Larquet / Lionel Cladière / Bruno P Klaholz / Emmanuelle Schmitt / Yves Mechulam / ![]() 要旨: Eukaryotic and archaeal translation initiation complexes have a common structural core comprising e/aIF1, e/aIF1A, the ternary complex (TC, e/aIF2-GTP-Met-tRNA) and mRNA bound to the small ribosomal ...Eukaryotic and archaeal translation initiation complexes have a common structural core comprising e/aIF1, e/aIF1A, the ternary complex (TC, e/aIF2-GTP-Met-tRNA) and mRNA bound to the small ribosomal subunit. e/aIF2 plays a crucial role in this process but how this factor controls start codon selection remains unclear. Here, we present cryo-EM structures of the full archaeal 30S initiation complex showing two conformational states of the TC. In the first state, the TC is bound to the ribosome in a relaxed conformation with the tRNA oriented out of the P site. In the second state, the tRNA is accommodated within the peptidyl (P) site and the TC becomes constrained. This constraint is compensated by codon/anticodon base pairing, whereas in the absence of a start codon, aIF2 contributes to swing out the tRNA. This spring force concept highlights a mechanism of codon/anticodon probing by the initiator tRNA directly assisted by aIF2. | |||||||||
履歴 |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 153.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 53.8 KB 53.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 124.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 11.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 411.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 411 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.12 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : 30S archaeal translation initiation complex
+超分子 #1: 30S archaeal translation initiation complex
+超分子 #2: 30S archaeal translation initiation complex
+超分子 #3: 30S archaeal translation initiation complex
+超分子 #4: 30S archaeal translation initiation complex
+超分子 #5: 30S archaeal translation initiation complex
+分子 #1: 16S ribosomal RNA
+分子 #30: mRNA
+分子 #32: initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant)
+分子 #2: 30S ribosomal protein uS3
+分子 #3: 50S ribosomal protein uL30
+分子 #4: 30S ribosomal protein uS10
+分子 #5: 30S ribosomal protein uS13
+分子 #6: 30S ribosomal protein uS14
+分子 #7: 30S ribosomal protein eS17
+分子 #8: 30S ribosomal protein uS19
+分子 #9: 30S ribosomal protein eS19
+分子 #10: 30S ribosomal protein eS28
+分子 #11: 30S ribosomal protein eS27
+分子 #12: 30S ribosomal protein uS7
+分子 #13: 30S ribosomal protein uS9
+分子 #14: 30S ribosomal protein uS11
+分子 #15: 30S ribosomal protein uS12
+分子 #16: 30S ribosomal protein uS15
+分子 #17: 30S ribosomal protein uS17
+分子 #18: 30S ribosomal protein uS3
+分子 #19: 30S ribosomal protein uS2
+分子 #20: 30S ribosomal protein eS24
+分子 #21: 30S ribosomal protein eS27
+分子 #22: 30S ribosomal protein uS4
+分子 #23: 30S ribosomal protein eS4
+分子 #24: 30S ribosomal protein uS5
+分子 #25: 30S ribosomal protein eS6
+分子 #26: 30S ribosomal protein uS8
+分子 #27: 30S ribosomal protein eS8
+分子 #28: 30S ribosomal protein SX
+分子 #29: 30S ribosomal protein eL41
+分子 #31: aIF1
+分子 #33: aIF1A
+分子 #34: aIF2-gamma
+分子 #35: aIF2-beta
+分子 #36: aIF2-alpha
+分子 #37: METHIONINE
+分子 #38: MAGNESIUM ION
+分子 #39: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
+分子 #40: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 44.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |