+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vgf | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | cryo-EM structure of AMP-PNP bound human ABCB7 | ||||||
要素 | Iron-sulfur clusters transporter ABCB7, mitochondrial | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / transporter / dimer / mitochondrial | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ABC-type iron-sulfur cluster transporter activity / positive regulation of iron-sulfur cluster assembly / iron-sulfur cluster export from the mitochondrion / positive regulation of heme biosynthetic process / Mitochondrial ABC transporters / : / iron ion transmembrane transport / heme transmembrane transporter activity / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / iron-sulfur cluster assembly ...ABC-type iron-sulfur cluster transporter activity / positive regulation of iron-sulfur cluster assembly / iron-sulfur cluster export from the mitochondrion / positive regulation of heme biosynthetic process / Mitochondrial ABC transporters / : / iron ion transmembrane transport / heme transmembrane transporter activity / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / iron-sulfur cluster assembly / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / transmembrane transport / intracellular iron ion homeostasis / membrane => GO:0016020 / mitochondrial inner membrane / protein homodimerization activity / mitochondrion / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Yan, Q. / Yang, X. / Shen, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structure of AMP-PNP-bound human mitochondrial ATP-binding cassette transporter ABCB7. 著者: Qinqin Yan / Yuequan Shen / Xue Yang / 要旨: ATP-binding cassette subfamily B member 7 (ABCB7) is localized in the inner membrane of mitochondria, playing a critical role in iron metabolism. Here, we determined the structure of the ...ATP-binding cassette subfamily B member 7 (ABCB7) is localized in the inner membrane of mitochondria, playing a critical role in iron metabolism. Here, we determined the structure of the nonhydrolyzable ATP analog adenosine-5'-(β-γ-imido) triphosphate (AMP-PNP) bound human ABCB7 at 3.3 Å by single-particle electron cryo-microscopy (cryo-EM). The AMP-PNP-bound human ABCB7 shows an inverted V-shaped homodimeric architecture with an inward-facing open conformation. One AMP-PNP molecule and Mg were identified in each nucleotide-binding domain (NBD) of the hABCB7 monomer. Moreover, four disease-causing missense mutations of human ABCB7 have been mapped to the structure, creating a hotspot map for X-linked sideroblastic anemia and ataxia disease. Our results provide a structural basis for further understanding the transport mechanism of the mitochondrial ABC transporter. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vgf.cif.gz | 198.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7vgf.ent.gz | 153.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vgf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/7vgf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vg/7vgf | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 76879.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABCB7, ABC7 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O75027 #2: 化合物 | #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: human ABCB7 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 値: 150 kDa/nm / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 6.5 / 詳細: 1 mM MgCl2 and 5 mM AMP-PNP |
試料 | 濃度: 14 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 56 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4092: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / バージョン: 3 / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 39927 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|